| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,139,669 | +C | coding (233/330 nt) coding (132/159 nt) |
yijI → b4558 ← |
hypothetical protein hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,139,667 | 1 | . | C | 97.7% | 336.7 / 1.9 | 128 | coding (231/330 nt) coding (134/159 nt) | yijI b4558 | hypothetical protein hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/1); new base C (49/76); total (51/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.47e-01 | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
CCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑C‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTG > NC_000913/4139592‑4139737 | cccGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTg < 2:2181591/76‑1 (MQ=255)cccGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTg < 2:1794867/76‑1 (MQ=255)cccGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTg > 1:4399224/1‑76 (MQ=255)cccGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGGGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTg > 1:1774552/1‑76 (MQ=255) cGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑c‑c < 2:4868772/76‑1 (MQ=255) ggAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑c‑cc > 2:4035913/1‑75 (MQ=255) aaaTCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑c‑cctt > 2:5706614/1‑73 (MQ=255) aaaTCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑c‑cctt < 1:1511133/76‑4 (MQ=255) aaaTCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑c‑cctt > 1:2563134/1‑73 (MQ=255) aaaTCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑c‑cctt < 1:1751619/76‑4 (MQ=255) aaaGCAGTAACTTGCGGTTATCTCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCTCAAGTGCGCTTTTCGCGTTG‑c‑cctt < 1:4716453/76‑4 (MQ=255) aaaGCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑c‑cctt < 2:939386/76‑4 (MQ=255) aGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAAGCAGCGCAAGGGCGCGTGTGGCGTTGCC‑CTTGCGGt > 2:2073947/1‑76 (MQ=255) gTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTc > 2:4638826/1‑76 (MQ=255) gTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTc > 1:2387873/1‑76 (MQ=255) tatcTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCa < 2:3084629/73‑1 (MQ=255) cTGGCGTTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTg < 2:1066359/76‑1 (MQ=255) cTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTg < 2:4817842/76‑1 (MQ=255) cTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTg > 1:3708423/1‑76 (MQ=255) cTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCCGTGCCAATCAGCGAAAGAGCGCTTTTTGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTg > 1:1238708/1‑76 (MQ=255) tGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCCGTgc > 1:5719452/1‑76 (MQ=255) tGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTgc < 2:2119845/76‑1 (MQ=255) tGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTgc < 2:3276487/76‑1 (MQ=255) tGGCAGTTAGCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCTAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTgc < 2:686067/76‑1 (MQ=255) ggCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTgcg < 1:2837120/76‑1 (MQ=255) ggCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTgcg < 2:3069922/76‑1 (MQ=255) 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cgccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCAc < 1:4765612/76‑1 (MQ=255) cgccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCAc < 2:5628074/76‑1 (MQ=255) agccAGAGTATCGGTGCCAATCAGAGCAAGGGCGCTTTTGGCGGTG‑CACTTGCGGTCAGTGCGCAGGGTATGCCAc > 1:5387802/2‑76 (MQ=255) gccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCCGGTTATGCCACt > 2:4718603/1‑76 (MQ=255) ccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTc < 2:3168466/76‑1 (MQ=255) ccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTc < 2:5094721/76‑1 (MQ=255) aGCGTATCGGTGCCAATCAGCGTAAGGGCGCTTGTGGCGTTGCC‑CTGGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCaa < 2:2793592/76‑1 (MQ=255) aGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCaa < 1:5083228/76‑1 (MQ=255) aGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCaa > 1:3207690/1‑76 (MQ=255) 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gTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGtgatg < 1:2012116/76‑1 (MQ=255) gTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGtgatg < 2:3774347/76‑1 (MQ=255) tGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGtgatga < 1:2770107/76‑1 (MQ=255) tGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGtgatga < 1:3514207/76‑1 (MQ=255) gCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGaa < 2:1181125/76‑1 (MQ=255) cAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGaaaa > 2:1688900/1‑76 (MQ=255) aaTCAGCGCAGGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGaaaaa < 1:1590764/76‑1 (MQ=255) aTCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAg < 1:5327974/76‑1 (MQ=255) aGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTAt > 1:4712781/1‑76 (MQ=255) 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< 1:1570544/65‑1 (MQ=255) aaGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTacac > 1:5591987/1‑76 (MQ=255) aGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTAcaca > 1:493856/1‑76 (MQ=255) aGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTAcaca < 1:3108590/76‑1 (MQ=255) aGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTAcaca < 2:2939079/76‑1 (MQ=255) aGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTAcaca < 1:2650651/76‑1 (MQ=255) gggCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAg < 1:1830826/76‑1 (MQ=255) gcTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGtt < 1:563908/76‑1 (MQ=255) gcTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGtt > 2:1408383/1‑76 (MQ=255) cTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGttt < 2:4405131/76‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |