| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,896,819 | +C | coding (622/657 nt) | ygcU ← | putative oxidoreductase subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,896,818 | 1 | . | C | 99.4% | 422.6 / ‑3.7 | 153 | coding (623/657 nt) | ygcU | putative oxidoreductase subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base C (85/67); total (85/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
GAAGAGGTTGTTTTCCGGGGTGAATTTAAAGATTTTCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTG‑C‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTGGCACGTTTTTAATGCGTGTGACGGTGCC > NC_000913/2896743‑2896888 | gaagaGGTTGTTTTCCGGGGTGAATTTAAAGATTTTCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTg > 1:5740754/1‑76 (MQ=255) aagaGGTTGTTTTCCGGGGTGAATTTAAAGATTTTCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTG‑c > 1:3447899/1‑76 (MQ=255) aagaGGTTGTTTTCCGGGGTGAATTTAAAGATTTTCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTG‑c < 2:2756563/76‑1 (MQ=255) aagaCGCTGTTTTCCGGGGTGAATTTAAAGATTTTCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTG‑c > 2:3506598/1‑76 (MQ=255) agagGTTGTTTTCCGGGGTGAATTTAAAGATTTTCACTGTTGCTTCAGTTATATAGCTCAATGCCCCTTCATTG‑cc < 1:1783260/76‑2 (MQ=255) agagGTTGTTTTCCGGGGTGAATTTAAAGATTTTCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTG‑cc > 2:1651761/1‑75 (MQ=255) gagGTTGTTTTCCGGGGTGAATTTAAAGATTTTCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTG‑ccg < 2:4820341/76‑3 (MQ=255) tgttTTCCGGGGTGAATTTAAAGATTTTCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑gatgat < 2:4456037/76‑1 (MQ=255) tgttTTCCGGGGTGAATTTAAAGATTTTCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑gatgat > 1:5254726/1‑76 (MQ=255) tgttTTCCGGGGTGAATTTAAAGATTTTCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑gatgat < 2:3891180/76‑1 (MQ=255) tgttTTCCGGGGTGAATTTAAAGATTTTCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑gatgat > 2:381148/1‑76 (MQ=255) gttTTCCGGGGTGAATTTAAAGATTTTCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑gatgatg < 1:4802256/76‑1 (MQ=255) ttCCGGGGTGAATTTAAAGATTTTCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑Gatgatgatg > 1:648732/1‑76 (MQ=255) ttCCGGGGTGAATTTAAAGATTTTCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑Gatgatgatg < 2:5503207/76‑1 (MQ=255) tCCGGGGTGAATTTAAAGATTTTCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGAtgt > 1:2469301/1‑76 (MQ=255) tCCGGGGTGAATTTAAAGATTTTCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGAtgt > 1:5603283/1‑76 (MQ=255) tCCGGGGTGAATTTAAAGATTTTCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGAtgt > 2:2741925/1‑76 (MQ=255) tCCGGGGTGAATTTAAAGATTTTCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGAtgt < 2:107467/76‑1 (MQ=255) ccGGGGTGAATTTAAAGATTCTCAATGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGAtgtg > 2:3164784/1‑76 (MQ=255) cGGGGTGAATTTAAAGATTTTCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGa < 1:2595390/76‑1 (MQ=255) ggggTGAATTTAAAGATTTTCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGAc < 1:4931730/76‑1 (MQ=255) ggggTGAATTTAAAGATTTTCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGAc > 2:727017/1‑76 (MQ=255) ggggTGAATTTAAAGATTTTCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGAc < 2:1881959/76‑1 (MQ=255) ggggTGAATTTAAAGATTTTCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGAc > 2:3101589/1‑76 (MQ=255) ggTGAATTTAAAGATTTTCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGa > 2:4050417/1‑76 (MQ=255) gTGAATTTAAAGATTTTCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGaa < 2:2850848/76‑1 (MQ=255) aTTTAAAGATTTTCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTc > 1:3859158/1‑76 (MQ=255) aTTTAAAGATTCTCACTGTTACGTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTc < 1:429884/76‑1 (MQ=255) tttAAAGATTTTCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACg > 2:1708664/1‑69 (MQ=255) ttAAAGATTTTCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCg > 2:5249346/1‑76 (MQ=255) ttAAAGATTTTCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCg < 1:1180287/76‑1 (MQ=255) ttAAAGATTTTCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCg > 1:4095126/1‑76 (MQ=255) aaaGATTTTCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTGCgcc > 1:1688417/1‑74 (MQ=255) aaGATTTTCACTGTTACTTCAGTGATATGGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGc < 1:5740725/76‑1 (MQ=255) gATTTTCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTc > 1:2553653/1‑69 (MQ=255) gATTTTCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTc < 2:2553653/69‑1 (MQ=255) ttttCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGc > 1:1644628/1‑76 (MQ=255) ttttCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGc < 1:3605953/76‑1 (MQ=255) ttCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCcg < 2:565844/76‑1 (MQ=255) ttCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTACGGGCccgccg > 2:4529313/1‑76 (MQ=255) ttCACTGTTACTTCAGGGATATAGCACAATGCCCCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGcca < 2:5771205/76‑2 (MQ=255) tCACTGTTACTTCTGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCcgc > 2:5721989/1‑76 (MQ=255) tCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCcgc < 2:769874/76‑1 (MQ=255) aCTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCcgcgc < 2:2081345/76‑1 (MQ=255) cTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCcgcgcg > 2:3395095/1‑76 (MQ=255) cTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCcgcgcg > 1:4113779/1‑76 (MQ=255) cTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCcgcgcg < 2:1248475/76‑1 (MQ=255) gTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCGCCTTCGTTGCC‑GCTGCTGATGTGACGAATGTCCGGGTCCGCCGCgcggc < 1:723611/76‑1 (MQ=255) gTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCgcggc > 1:4643777/1‑76 (MQ=255) ttACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCgcggcg > 1:5421789/1‑76 (MQ=255) tACTTCATTGATATAGCACAGTGCGCTTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGt < 1:321091/76‑1 (MQ=255) tACTTCAGTGATATAGCACAATGCCCCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGt < 2:3454385/76‑1 (MQ=255) tACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCgcggcgg > 2:1699834/1‑75 (MQ=255) tACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGt < 1:3489016/76‑1 (MQ=255) aCTTCAGTGATATAGCGCAATGCGCCTTCGGTGCC‑GATGATGATGTGCCGACCGTCCGGTCCATCCTCTCGGCGTg < 1:4755959/76‑1 (MQ=255) aCTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCTGGGCCAGCCGCGCGGCGTg > 2:5031618/1‑76 (MQ=255) aCTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTg > 2:2153945/1‑76 (MQ=255) aCTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTg > 1:5530938/1‑76 (MQ=255) aCTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTg > 1:5189282/1‑76 (MQ=255) aCTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTg > 2:3394905/1‑76 (MQ=255) aCTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTg < 1:4751946/76‑1 (MQ=255) cTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTgg > 1:5502341/1‑76 (MQ=255) cTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGCCCCGCCGCGCGCCgggg > 2:44368/1‑76 (MQ=255) ttCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTGGc < 2:4637215/76‑1 (MQ=255) tCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTGGCa < 2:5210093/76‑1 (MQ=255) cAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTGGCAc < 2:903325/76‑1 (MQ=255) cAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTGGCAc < 2:3646282/76‑1 (MQ=255) cAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTGGCAc > 1:1109204/1‑76 (MQ=255) tGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTGGCACGtt < 1:5690941/76‑1 (MQ=255) tGATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTGGCACGtt > 1:4211125/1‑76 (MQ=255) gATATAGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGGGGCACGttt > 1:2317050/1‑76 (MQ=255) tataGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTGGCACGttttt > 2:3679564/1‑76 (MQ=255) tataGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTGGCACGttttt > 1:4326593/1‑76 (MQ=255) tataGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTGGCACGttttt < 1:3037587/76‑1 (MQ=255) ataGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTGGCACGTTTTTa < 2:2869129/76‑1 (MQ=255) ataGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCACAAGCGCGGCGTGGCTCGtgttct > 2:676453/1‑74 (MQ=255) taGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTGGCACGTTTTTaa > 2:2626157/1‑76 (MQ=255) taGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTGGCACGTTTTTaa < 1:807794/76‑1 (MQ=255) aGCACAATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTGGCACGTTTTTAAt < 2:2256006/76‑1 (MQ=255) acaATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTGGCACGTTTTTAATGCg > 1:4428607/1‑76 (MQ=255) caATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGACTGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTGGCACGCTTTTAATGCgt > 1:2370354/1‑76 (MQ=255) caATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCcgcgcg > 1:1357313/1‑54 (MQ=255) caATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCcgcgcg < 2:1357313/54‑1 (MQ=255) caATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTGGCACGTTTTTAATGCgt > 1:4283814/1‑76 (MQ=255) caATGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTGGCACGTTTTTAATGCgt > 1:5672643/1‑76 (MQ=255) aaTGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTGGCACGTTTTTAATGCgtg > 2:2952854/1‑76 (MQ=255) aaTGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTGGCACGTTTTTAATGCgtg > 1:2207509/1‑76 (MQ=255) aaTGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTGGCACGGTTTTAATGCgtg > 1:197649/1‑76 (MQ=255) aTGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTGGCACGTTTTTAATGCgtgt > 2:4846302/1‑76 (MQ=255) tGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTGGCACGTTTTTAATGCGtgtg > 1:1466095/1‑76 (MQ=255) tGCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTGGCACGTTTTTAATGCGtgtg < 2:2469301/76‑1 (MQ=255) gCACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTGGCACGTTTTTAATGCGtgtgg > 2:4440020/1‑75 (MQ=255) cgccTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGCCCAGCCGCGCGGCGTGGCACGTTTTTAATGCGTGTGAc < 1:2909482/74‑1 (MQ=255) cACCTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTGGCCCGTTTTTAATGCGTGTGAc > 2:2573528/1‑76 (MQ=255) cTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTGGCACGTTTTTAATGCGTGTGACGGt < 2:1575745/76‑1 (MQ=255) cTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTGGCACGTTTTTAATGCGTGTGACGGt < 2:5740753/76‑1 (MQ=255) cTTCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTGGCACGTTTTTAATGCGTGTGACGGt < 1:5289234/76‑1 (MQ=255) tCGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTGGCACGTTTTTAATGCgtg > 1:1699884/1‑67 (MQ=255) cGTTGCC‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTGGCACGTTTTTAATGCGTGTGACGGTGcc > 1:3020051/1‑76 (MQ=255) cGTTG‑CTGATGATGATGTGACGAATGTCCGGTCCAGCCGCGCGGCGTGGCACGTTTTTAATGCGTGTGACGGTGcc < 1:3150286/76‑1 (MQ=255) | GAAGAGGTTGTTTTCCGGGGTGAATTTAAAGATTTTCACTGTTACTTCAGTGATATAGCACAATGCACCTTCGTTG‑C‑GATGATGATGTGACGAATGTCCGGGCCAGCCGCGCGGCGTGGCACGTTTTTAATGCGTGTGACGGTGCC > NC_000913/2896743‑2896888 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |