| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,152,247 | +C | intergenic (+10/+29) | yghB → / ← yqhC | hypothetical protein/putative ARAC‑type regulatory protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,152,244 | 1 | . | C | 98.0% | 273.7 / ‑1.1 | 99 | intergenic (+7/+32) | yghB/yqhC | hypothetical protein/putative ARAC‑type regulatory protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/2); new base C (59/38); total (59/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
GCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATT‑T‑T‑CCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTC > NC_000913/3152169‑3152314 | gCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGAtt‑t‑t < 1:2753863/76‑1 (MQ=255) cTTGTTAACCGCTGGGTTGTTAGGCGCGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAAGGCCTGACGATT‑t‑t‑cc < 2:1180185/76‑1 (MQ=255) cTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATT‑t‑t‑cc < 2:4299126/76‑1 (MQ=255) cTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATT‑t‑t‑cc < 2:2548128/76‑1 (MQ=255) ttGTTAACCGCTGGCTTGTTCGGCCCGCTTTTTTTGGTGATTACCAAACACTCATGTAAACCCTGACGCTT‑t‑t‑cac > 2:3713949/1‑74 (MQ=255) ttGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATT‑t‑t‑ccc > 2:3698406/1‑76 (MQ=255) ttGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATT‑t‑t‑ccc > 2:4455736/1‑76 (MQ=255) tGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATT‑t‑t‑cccc < 2:5485658/76‑2 (MQ=255) ttAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATT‑t‑t‑ccccgt > 2:4838295/1‑73 (MQ=255) aCCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATT‑T‑tccccgttcc < 1:3776712/76‑1 (MQ=255) aCCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATT‑T‑tccccgttcc < 1:3197339/76‑1 (MQ=255) ccGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATT‑T‑tccccgttccc > 1:4866757/1‑76 (MQ=255) cTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATT‑T‑TCCCCGTTCCCGGt > 2:3549436/1‑76 (MQ=255) tGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATT‑T‑TCCCCGTTCCCGGtt < 1:738744/76‑1 (MQ=255) tGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATT‑T‑TCCCCGTTCCCGGtt < 2:4108060/76‑1 (MQ=255) tGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATT‑T‑TCCCCGTTCCCGGtt < 1:5296808/76‑1 (MQ=255) ttGTTAGGCACGCGGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATT‑T‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTg < 2:5003835/76‑1 (MQ=255) 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gATT‑T‑TCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCtt < 1:5229987/76‑1 (MQ=255) attt‑t‑c‑CCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTc < 2:1675871/74‑1 (MQ=255) | GCCTTGTTAACCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATT‑T‑T‑CCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTC > NC_000913/3152169‑3152314 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |