| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 246,747 | 0 | G | T | 66.2% | 409.8 / 206.4 | 323 | S12S (TCG→TCT) | yafL | putative lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (66/43); new base T (136/78); total (202/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 333 total aligned reads displayed.
ATACACTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCCACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCC > NC_000913/246672‑246822 | cacTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGa > 1:3756347/1‑76 (MQ=255) cTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGAtt > 1:4280978/1‑76 (MQ=255) gCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGATTAc > 2:2874431/1‑76 (MQ=255) gCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGATTAc > 1:3196620/1‑76 (MQ=255) aaCATTAAAGCATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTg > 1:4886660/1‑76 (MQ=255) aaCATTAAAGCATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTg > 2:1544148/1‑76 (MQ=255) aCATTAAAGCATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGt > 2:623110/1‑76 (MQ=255) aCATTAAAGCATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGATTACTGt < 1:1618366/76‑1 (MQ=255) aTTAAAGCATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTg < 2:2639279/76‑1 (MQ=255) aTTAAAGCATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTg < 1:4980076/76‑1 (MQ=255) aTTAAAGCATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTg < 2:957475/76‑1 (MQ=255) tAAAGCATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGAt > 1:3120273/1‑76 (MQ=255) tAAAGCATGACCAACCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTCCTGTTgtt > 2:5703741/1‑74 (MQ=255) aaaGCATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGAtt > 2:831414/1‑76 (MQ=255) aaaGCATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGAtt > 1:2868788/1‑76 (MQ=255) aaGCATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGATTACTGTTGAttt < 1:4944613/76‑1 (MQ=255) atcATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGAtttg > 1:3613192/3‑76 (MQ=255) gCATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGATTACTGTTGAtttgt > 1:4179864/1‑76 (MQ=255) cATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGATTACTGTTGAtttgtt > 2:5154591/1‑76 (MQ=255) aTGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGGTTACTGTTGAtttgttt > 2:3590083/1‑76 (MQ=255) gACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGATTACTGTTGATTTGTTTGc > 2:3845564/1‑76 (MQ=255) gACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGATTACTGTTGATTTGTTTGc > 2:1250753/1‑76 (MQ=255) aCCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGcc > 1:1444401/1‑76 (MQ=255) aCCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGcc < 2:1630634/76‑1 (MQ=255) aCCAGCCATTATTGAGTATGGCCTGGACGTAGATTCCATCCGGTGTATTGTCTGGAGTACTGTTGATTTGTTTGcc < 2:1660749/76‑1 (MQ=255) cAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGt < 2:5254290/76‑1 (MQ=255) cAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGt > 2:547031/1‑76 (MQ=255) cAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGATTACTGGTGATTTGCTTTcccg > 2:2845269/1‑74 (MQ=255) aGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGtt > 1:727718/1‑76 (MQ=255) aGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGtt > 1:565460/1‑76 (MQ=255) aGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGtt > 2:4130765/1‑76 (MQ=255) gCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGttt > 1:5400874/1‑76 (MQ=255) ccATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTCTTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGtttt > 2:2416067/1‑76 (MQ=255) ccATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGtttt > 1:3818186/1‑76 (MQ=255) cATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGttttt > 2:682239/1‑75 (MQ=255) cATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTttc < 2:5298677/76‑1 (MQ=255) cATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTttc < 1:2499328/76‑1 (MQ=255) cATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTttc < 2:3835371/76‑1 (MQ=255) attattGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTttct > 2:391212/1‑76 (MQ=255) tattGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTttcttc > 2:2595880/1‑76 (MQ=255) tattGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTttcttc < 1:5286216/76‑1 (MQ=255) ttGAGTATGTGCTTGCCGTCGATTCCGTCCTTTGGATTGTCTGGATTATTGTTGGTTTATTTGGAGTTTTCTTTAt > 1:2581244/1‑76 (MQ=255) ttGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCAt < 2:2128248/76‑1 (MQ=255) ttGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCAt < 2:2968419/76‑1 (MQ=255) tGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCAtt < 2:1915440/76‑1 (MQ=255) gAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCAttt < 2:2234436/76‑1 (MQ=255) gAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCAttt < 2:5693544/76‑1 (MQ=255) aGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTg > 1:4466143/1‑76 (MQ=255) aGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTg > 2:1814621/1‑76 (MQ=255) aGTATGGCATTGCCGTCGATTCCATCCGTTGTAGTGTCGGGATTACTGGTGATTTGTTTGCCGTTTTATTCAtttc > 2:4667111/1‑75 (MQ=255) tATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGcc < 2:560607/76‑1 (MQ=255) aTGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCa > 1:4034338/1‑76 (MQ=255) aTGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTATCGATTACTGTTGATTTCGTTGTCGTTTTCTTCATTTGCCa > 2:3266330/1‑76 (MQ=255) tGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAg > 2:2784839/1‑76 (MQ=255) tGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAg < 1:1711422/76‑1 (MQ=255) gTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAgc < 1:2974486/76‑1 (MQ=255) tCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAgcg > 2:3401084/1‑76 (MQ=255) cTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCAtt > 2:3982063/1‑66 (MQ=255) cTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCAtt < 1:3982064/66‑1 (MQ=255) cTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGcc > 2:4632241/1‑76 (MQ=255) cTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGcc > 1:4052965/1‑76 (MQ=255) ttGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGcca < 1:1932056/76‑1 (MQ=255) tGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGccac < 1:2201673/76‑1 (MQ=255) tGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGccac < 1:1005057/76‑1 (MQ=255) gCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGccacc > 1:780884/1‑76 (MQ=255) gCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGccacc > 1:3722287/1‑76 (MQ=255) gCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGccacc < 1:3312885/76‑1 (MQ=255) cGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCcaccac > 1:5504041/1‑76 (MQ=255) gTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCCACcaca > 1:1125174/1‑76 (MQ=255) gTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCCACcaca > 2:1844851/1‑76 (MQ=255) gTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGccaccccc > 2:306697/1‑73 (MQ=255) gTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCCACcaca > 2:2565789/1‑76 (MQ=255) cGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCCACcacatc < 1:508601/76‑1 (MQ=255) 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ttGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCCACCACATCACATATCTCTTTCAGCt < 2:4965020/76‑1 (MQ=255) tGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCCACCACATCACATATCTCTTTCAGCTa > 2:2049083/1‑76 (MQ=255) tGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCCACCACATCACATATCTCTTTCAGATa > 1:2706092/1‑76 (MQ=255) tGTCGGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCCACCACATCACATATCTCTTTCAGCTa < 1:2048319/76‑1 (MQ=255) gTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCCACCACATCACATATCTCTTTCAGCTAc < 1:4643570/76‑1 (MQ=255) gTCGGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCCACCACATCACATATCTCTTTCAGCTAc > 2:2914172/1‑76 (MQ=255) cGGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCCACCACATCACATATCTCTTTCAGCTAcgc > 2:376328/1‑76 (MQ=255) gggATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCCACCACATCACATATCTCTTTCAGCTAcgcc < 1:4358425/76‑1 (MQ=255) | ATACACTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTGAGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCCACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCC > NC_000913/246672‑246822 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |