| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,086,235 | 0 | T | G | 43.1% | 45.2 / 45.7 | 72 | N401T (AAC→ACC) | frvR | putative frv operon regulatory protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (6/35); new base G (31/0); total (37/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.07e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TCGATACCGGCAGCCGTAATGATATTTTTTACGGTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGTTGTTAATGATCAATAACGGCTCAATCTCTTCGCGAATGGCAACAAGTTCGCTTAAGCTACGGGCAATAATTACCC > NC_000913/4086160‑4086310 | tCGATACCGGCAGCCGTAATGATATTTTTTACGGTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCtgt > 2:4643578/1‑76 (MQ=255) gATACCGGCAGCCGTAATGATATTTTTTACGGTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTGAATAATGGCtggtg > 1:1373815/1‑76 (MQ=255) aTACCGGCAGCCGTAATGATATTTTTTACGGTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCtgttgt < 2:4001601/76‑1 (MQ=255) aTACCGGCAGCCGTAATGATATTTTTTACGGTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCtgttgt < 1:3723254/76‑1 (MQ=255) aTACCGGCAGCCGTAATGATATTTTTTACGGTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCtggtgt > 1:1381669/1‑76 (MQ=255) tACCGGCAGCCGTAATGATATTTTTTACGGCGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTgttgtt < 1:671324/76‑1 (MQ=255) aCCGGCAGCCGTAATGATATTTTTTACGGTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTggtgttt > 2:1902502/1‑75 (MQ=255) aCCGGCAGCCGTAATGATATTTTTTACGGTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGTTGTTa < 2:4953077/76‑1 (MQ=255) cAGCCGTAATGATATTTTTTACGGTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGTTGTTAATGAt < 2:2360120/76‑1 (MQ=255) aGCCGTAATGATATTTTTTACGGTGCCGTAATTCTTTCCCGCGTCCTCCCGTAAATAATGGCTGTTGTTTATTATc > 2:2136589/1‑76 (MQ=255) gCCGTAATGATACTTTTTACGGTGATGTAATGATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGGTGCTCATGAACa > 2:2271260/1‑76 (MQ=255) ccGTAATGATATTTTTTACGGTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGTTGTTAATGATCaa < 2:3318670/76‑1 (MQ=255) gTAATGATATTTTTTACGGTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGGTGTTTATTATTAATa > 2:1886041/1‑76 (MQ=255) gTAATGATATTTTTTACGGTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGGTGTTTATGATCAATa > 1:2019466/1‑76 (MQ=255) tAATGATATTTTTTACGGTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGTTGTTAATGATCAATaa < 2:2018002/76‑1 (MQ=255) aaTGATATTTTTTACGGTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGGTGTTTATGATtaataaa > 1:3278459/1‑75 (MQ=255) aaTGATATTTTTTACGGTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGGTGTTTATGATCAATaaa > 1:2691138/1‑75 (MQ=255) aTGATATTTTTTACGGTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGTTGTTAAt < 2:4951633/65‑1 (MQ=255) aTGATATTTTTTACGGTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGTTGTTAAt > 1:4951634/1‑65 (MQ=255) gATATTTTTTACGGTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGTTGTTAATGATCAATAACGGc < 1:3253260/76‑1 (MQ=255) atTTTTTACGGTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGGTGTTTATTATTAAAAAACGCTcc > 2:4399245/1‑75 (MQ=255) ttttACGGTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGTTGTTAATGATCAATAACGGCTCAAtc < 1:4643579/76‑1 (MQ=255) tttACGGTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGTTGTTAATGATCAATAACGGCTCAAtct < 1:3833035/76‑1 (MQ=255) tttACGGTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGTTGTTAATGATCAATAACGGCTCAAtct < 2:4910605/76‑1 (MQ=255) tttACGGTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGTTGTTAATGATCAATAACGGCTCAAtct < 1:5221282/76‑1 (MQ=255) ttACGGTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGGTGTTTATGATCAATAAAAGCTCCAactc > 1:871728/1‑76 (MQ=255) aCGGTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGGTGTTAATGATCAATAAAGGCGCACTCTCtt > 1:5531015/1‑76 (MQ=255) cGGTGATGTCATTCTTTACCTCGTGTTCCAGTAAATAATGGCTGTTGTTAATGATCACTTCCTGCTCAATCTCTTc < 1:3375262/76‑1 (MQ=255) cGGTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGTTGTTAATGATCAATAACGGCTCAATCTCTTc < 1:3203859/76‑1 (MQ=255) cGGTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGTTGTTAATGATCAATAACGGCTCAATCTCTTc < 2:748768/76‑1 (MQ=255) cGGTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGGTGTTTATGATCAATAAAAGCTCCATCTCTTc > 1:4172671/1‑76 (MQ=255) cGGGGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGTTGTTAATGATCAATAACGGCTCAATCTCTTc < 2:874990/76‑1 (MQ=255) gTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGTTGTTAATGATCAATAACGGCTCAATCTCTTcgc < 2:2399818/76‑1 (MQ=255) gTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGGTGTTAATGAATAATAAAAGCTCAAACTCTTcgc > 1:4180114/1‑76 (MQ=255) tGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGGTGTTTATGATTAATAAAGGCTCAATCTCTTcgcg > 2:2019608/1‑76 (MQ=255) tGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGTTGTTAATGATCAATAACGGCTCAATCTCTTCGCGAAt < 1:496313/76‑1 (MQ=255) aaTTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGTTGTTAATGATCAATAACGGCTCAATCTCTTCGCGAATGGc < 2:1806149/76‑1 (MQ=255) attattTACCACATCACCCATTAAATAATCGCTATCATTAATAATCCATGACGGCTCAATCTCTTCGCGAATGGca < 2:980957/76‑1 (MQ=255) ttattTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGTTGTTAATGATCAATAGCGGCTCAATCTCTTCGCGAATGGcaa < 2:1346912/76‑1 (MQ=255) ttattTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGGTGTTAATTATCAATAACCGCTCCATCTCTTCTCGAATTGcca > 2:1291154/1‑74 (MQ=255) tattTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGGTGTTAATGATCAAAAACAGCTCAAACTCTTCCCGAAAGGcaaa > 2:3041442/1‑75 (MQ=255) tttACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGTTGTTAATGATCAATAACGGCTCAATCTCTTCGCGAATGGcaacaa < 1:1102241/76‑1 (MQ=255) ttACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGGTGGTTATGATCAATAACGGCTCAAACTCTTTCCCAATGGcaaccaa > 1:1705191/1‑73 (MQ=255) tACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGTTGTTAATGATCAATAACGGCTCAATCTCTTCGCGAATGGCAACAAGt < 2:529766/76‑1 (MQ=255) tACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGGTGTTAATGATCAATAACGGCTCAATCTCTTCTCGCATGGccacaaat > 2:3368641/1‑74 (MQ=255) tACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGGTGTTAATGATCAAACAAGGCTCAATCTCTTTTCGAATGGCAACAAGt > 1:4910395/1‑76 (MQ=255) tACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGGTGGTAATGATCAATAAAGGCTCAAACTCTTCGCGACTGGcaacaaaa > 1:322651/1‑74 (MQ=255) aCCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGGTGTTAATGATCAATAAAGGCTCAATCTCTTCGCGAATGGgaacaaaat > 1:1617792/1‑73 (MQ=255) gcgTCATCCAGTAAATAATGGCTGGTGGTTATGATTAAAAACAGCTTCATCTCTCTGCGGATGGGAAAAAAATCGc > 2:3949869/1‑76 (MQ=255) cgTCATCCAGTAAATAATGGCTGGTGTTAATGATCAATAACGGCCCCATCTCTTCGCGAATGGCAACAAATTCGCt > 2:3967097/1‑76 (MQ=255) cgTCATCCAGTAAATAATGGCTGGTGTTAATGATCAATAAAGGCTCAATCTCTTCGCGAATGGGAACAAAATCGCt > 1:5271560/1‑76 (MQ=255) gTCATCCAGTAAATAATGGCTGGTGTTAATGATCAATAACGGCTCCATCTCTTCGCGCAAGGCAACAAGCTCGcct > 2:3339181/1‑74 (MQ=255) tCATCCAGTAAATAATGGCTGTTGTTAATGATCAATAACGGCTCAATCTCTTCGCGAATGGCAACAAGTTCGCTTa < 2:887931/76‑1 (MQ=255) taTCCAGTAAATAATGGCTGGTGTTAATGATCAATAACGGCTCAATCCCTTCGCGGATGGCCACAAGATCGCCTaa > 2:1678691/2‑76 (MQ=255) cATCCAGTAAATAATGGCTGTTGTTAATGATCAATAACGGCTCAATCTCTTCGCGAATGGCAACAAGTTCGCTTaa < 1:3978598/76‑1 (MQ=255) cATCCAGTAAATAATGGCTGTTGTTAATGATCAATAACGGCTCAATCTCTTCGCGAATGGCAACAAGTTCGCTTaa < 1:4687337/76‑1 (MQ=255) cATCCAGTAAATAATGGCTGTTGTTAATGATCAATAACGGCTCAATCTCGTCGCGAATGGCAACAAGTTCGCTTac < 1:162059/76‑2 (MQ=255) aTCCAGTAAATAATGGCTGGTGTTTATTATCAATAACGGCTCAATCTCTTTTCGGATGGCAAAAAAATCGCtttaa > 1:3798819/1‑73 (MQ=255) aTCCAGTAAATAATGGCTGGTGTTTATAAACAAAAACAGCTCCATCTTTCCCCGAAAGGGCACAAGATCGCTTTAg > 2:4710332/1‑76 (MQ=255) aTCCAGTAAATAATGGCTGGTGTTAATGATCAAAAACGGCTCAATCTCTTTGCGGATGGGCACAAAATCGCTTTAg > 1:2620308/1‑76 (MQ=255) tCCAGTAAATAATGGCTGTTGTTAATGATCAATAACGGCTCAATCTCTTCGCGAATGGCAACAAGTTCGCTTAAGc < 1:1902502/76‑1 (MQ=255) cAGTAAATAATGGCTGTTGTTAATGATCAATAACGGCTCAATCTCTTCGCGAATGGCGACAAGTTCGCTTAAGCTa < 2:4624196/76‑1 (MQ=255) cAGTAAATAATGGCTGTTGTTAATGATCAATAACGGCTCAATCTCTTCGCGAATGGCAACAAGTTCGCTTAAGCTa < 2:2731383/76‑1 (MQ=255) cAGTAAATAATGGCTGGTGTTAATGATCAATAAAGGCCCCATCTTTTTGCGAATTGCAACCAATTCGCTTAAGCtc > 1:3251982/1‑75 (MQ=255) cAGTAAATAATGGCTGGTGGTAATGATCAATAAAGGCCCCATCTTTTCGCGAATGGCAACAAATTCGCTTAAGCTa > 1:3250542/1‑76 (MQ=255) aGTAAATAATGGCTGTTGTTAATGATCAATAACGGCTCAATCTCTTCGCGAATGGCAACAAGTTCGCTTAAGCTAc < 1:4710333/76‑1 (MQ=255) aGTAAATAATGGCTGTTGTTAATGATCAATAACGGCTCAATCTCTTCGCGAATGGCAACAAGTTCGCTTAAGCTAc < 1:1371980/76‑1 (MQ=255) aGTAAATAATGGCTGTTGTTAATGATCAATAACGGCTCAATCTCTTCGCCAATGGCAACAAGTTCGCTTCAGCCAc > 2:3520513/1‑76 (MQ=255) aGTAAATAATGGCTGGTGGTAATGATTAATAACGGGTCAATCTCTTCGCGGATGGCAACAAGTTCGCTTTAGCTAc > 1:159486/1‑76 (MQ=255) ataatGGCTGGTGTTAATGATCAAAAACGGCCCCATCTCTTCCACAATGCCAACAAAGTCGCTTTAACTACCGGCa > 2:494779/1‑76 (MQ=255) taatGGCTGGTGTTAATGATCAAAAACGGCTCAATCTCTTCGCGAATGGCAACAAAATCGCTTTAGCTACCGGcca > 1:1515157/1‑74 (MQ=255) aatGGCTGTTGTTAATGATCAATAACGGCTCAATCTCTTCGCGAATGGCAACAAGTTCGCTTAAGCTACGGGCaat < 2:2691138/76‑1 (MQ=255) atGGCTGTTGTTAATGATCAATAACGGCTCAATCTCTTCGCGAATGGCAACAAGTTCGCTTAAGCTACGGGCaata > 1:4794050/1‑76 (MQ=255) atGGCTGTTGTTAATGATCAATAACGGCTCAATCTCTTCGCGAATGGCAACAAATTCGCTTTAACTACGGGCcata > 1:2564927/1‑76 (MQ=255) tGGCTGTTGTTAATGATCAATAACGGCTCAATCTCTTCGCGAATGGCAACAAGTTCGCTTAAGCTACGGGCaataa < 2:1237699/76‑1 (MQ=255) tGGCTGTTATTAACGCTCAATACCGGCTCACTCTCTCCGCGAATTTCAACACGTTCGCTTCAGCTACGGGCaatca < 1:2232536/76‑3 (MQ=255) gCTGTTGTTAATGATCAATAACGGCTCAATCTCTTCGCGAATGGCAACAAGTTCGCTTAAGCTACGGGCAATAAtt < 2:2333664/76‑1 (MQ=255) cTGTTGTTAATGATCAATAACGGCTCAATCTCTTCGCGAATGGCAACAAGTTCGCTTAAGCTACGGGCAATAATTa < 1:4151259/76‑1 (MQ=255) cTGTTGTTAATGATCAATAACGGCTCAATCTCTTCGCGAATGGCAACAAGTTCGCTTAAGCTACGGGCAATAATTa > 2:1724478/1‑76 (MQ=255) tgttgtTAATGATCAATAACGGCTCAATCTCTTCGCGAATGGCAACAAGTTCGCTTAAGCTACGGGCAATAATTAc > 2:2486386/1‑76 (MQ=255) tttgttAATGATCAATAACGGCTCAATCTCTTCGCGAATGGCAACAAGTTCGCTTAAGCTACGGGCAGTAATTAcc < 2:12287/75‑1 (MQ=255) gttgttAATGATCAATAACGGCTCAATCTCTTCGCGAATGGCAACAAGTTCGCTTAAGCTACGGGCAATAATTAcc > 1:3030603/1‑76 (MQ=255) ttgttAATGATCAATAACGGCTCAATCTCTTCGCGAATGGCAACAAGTTCGCTTAAGCTACGGGCAATAATTAccc > 1:980416/1‑76 (MQ=255) | TCGATACCGGCAGCCGTAATGATATTTTTTACGGTGATGTAATTATTTACCGCGTCATCCAGTAAATAATGGCTGTTGTTAATGATCAATAACGGCTCAATCTCTTCGCGAATGGCAACAAGTTCGCTTAAGCTACGGGCAATAATTACCC > NC_000913/4086160‑4086310 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |