| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 704,236 | T→C | L357S (TTG→TCG) | nagE → | PTS system, N‑acetylglucosamine‑specific enzyme IIABC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 704,236 | 0 | T | C | 99.4% | 459.1 / ‑5.1 | 168 | L357S (TTG→TCG) | nagE | PTS system, N‑acetylglucosamine‑specific enzyme IIABC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (81/85); total (81/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
CCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTTGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAG > NC_000913/704164‑704307 | cagccagATCGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGtt < 1:1926379/76‑1 (MQ=255) cagccagAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGtt < 1:4552774/76‑1 (MQ=255) agccagAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTa > 2:1929421/1‑76 (MQ=255) agccagAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTa < 1:37310/76‑1 (MQ=255) agccagAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTCCAGTTCGGTTa > 2:4968369/1‑76 (MQ=255) cagAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATcc > 2:777427/1‑76 (MQ=255) cagAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATcc > 1:2541033/1‑76 (MQ=255) agAACGTCTGGATGCTGCTTGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCATTCTACTTCGTGGTGTTCATTTCTGTTATCCg < 1:1601741/76‑1 (MQ=255) agAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCg > 2:3259623/1‑76 (MQ=255) ggaCGTCTGGGTGGTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGc < 2:5306993/74‑1 (MQ=255) aCGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCAt < 2:4219889/76‑1 (MQ=255) aCGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCAt < 2:4042521/76‑1 (MQ=255) cGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATg < 1:3588369/76‑1 (MQ=255) cGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGCTATCCGCATg > 1:4570013/1‑76 (MQ=255) cGTCGGGTTGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTTCTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATg < 2:571293/76‑1 (MQ=255) gTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGt > 2:4551316/1‑76 (MQ=255) gTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGt > 1:1644074/1‑76 (MQ=255) gTCTGGATGCGGCTGGTGATGGGCGTGATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGGGTTCAGCTCGGGTATCCGCATGt > 1:2498420/1‑76 (MQ=255) tCTGGATGCTGCTGGTGATGTGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGtt < 2:2808565/76‑1 (MQ=255) tCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGtt > 2:1632903/1‑76 (MQ=255) cTGGATTCTGCTGGTGATGGGGTTTATCTTCTTCGCTCTCTAGTTCTTGGTGTTCAGTTGGGTTATCCGCCTGTTc < 2:2834777/76‑1 (MQ=255) ggATGCTGCTGGTGGTGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCaa < 2:5561507/76‑1 (MQ=255) ggATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCAt < 1:3792752/70‑1 (MQ=255) ggATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCaa < 2:5405457/76‑1 (MQ=255) ggATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCaa < 2:4080803/76‑1 (MQ=255) gATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAAc < 2:5146916/76‑1 (MQ=255) gATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAAc < 2:4589662/76‑1 (MQ=255) gATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACCTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAAc > 1:4020683/1‑76 (MQ=255) tgctgcTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCt < 1:3607389/76‑1 (MQ=255) ctgctgGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGa > 1:2135206/1‑76 (MQ=255) ctgctgGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGa > 1:5096774/1‑76 (MQ=255) tgctgGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGaa < 1:4160866/76‑1 (MQ=255) gctgGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGaaa < 1:1817282/76‑1 (MQ=255) ggTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCa < 2:1664178/65‑1 (MQ=255) ggTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACg > 1:1908847/1‑76 (MQ=255) ggTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACg < 1:5786006/76‑1 (MQ=255) gTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGc < 2:2852244/76‑1 (MQ=255) gTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGc > 2:1537251/1‑76 (MQ=255) gTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGc < 1:1670809/76‑1 (MQ=255) tGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGcc < 2:4938830/76‑1 (MQ=255) aTGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCgg > 2:2651946/1‑76 (MQ=255) tGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCggg > 1:271639/1‑76 (MQ=255) tGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCggg > 1:5833394/1‑76 (MQ=255) tGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGAGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCggg < 2:3810539/76‑1 (MQ=255) gggCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGt < 2:502873/76‑1 (MQ=255) gggCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGt < 1:1862479/76‑1 (MQ=255) ggCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTc < 2:2331191/76‑1 (MQ=255) gCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCg > 2:4372355/1‑76 (MQ=255) gCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCg > 2:613716/1‑76 (MQ=255) cGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGt < 1:4383985/76‑1 (MQ=255) gTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTg > 2:979429/1‑76 (MQ=255) gTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTg > 1:1606521/1‑76 (MQ=255) ttATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGa < 1:2995298/76‑1 (MQ=255) tATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGaa < 2:2992641/76‑1 (MQ=255) tATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGaa > 2:1587197/1‑76 (MQ=255) tcttctTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGa > 2:1768273/1‑76 (MQ=255) tcttctTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGa > 2:2086307/1‑76 (MQ=255) cttcttCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGAt > 2:2437794/1‑76 (MQ=255) cttcttCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTCCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGAt > 1:2544591/1‑76 (MQ=255) ttcttcGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATa > 1:1453931/1‑76 (MQ=255) ttcttcGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGCCGTGAAGATa > 2:2733205/1‑76 (MQ=255) cttcGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATaaa > 1:3134584/1‑76 (MQ=255) cttcGCTATCTACTACTTGGTGTTCAGTTCGGTTCTCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATaaa < 1:3935355/76‑1 (MQ=38) ttcGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAaag > 1:975476/1‑76 (MQ=255) tcGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAaaga < 1:2357090/76‑1 (MQ=255) cGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAaagaa > 1:756076/1‑76 (MQ=255) gCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAaagaag > 1:4946660/1‑76 (MQ=255) cTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAagaaga > 2:2381273/1‑76 (MQ=255) cTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAagaaga < 2:1000955/76‑1 (MQ=255) tATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGt > 1:4042484/1‑61 (MQ=255) tATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGt < 2:4042483/61‑1 (MQ=255) tATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATaaaaaaaag > 1:4852319/1‑73 (MQ=38) tATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGAc > 1:508769/1‑76 (MQ=255) tATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGAc < 2:3142216/76‑1 (MQ=255) tATCTACTGCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGAc < 1:1249852/76‑1 (MQ=39) caTCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGCGCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGCAGATAACGAAGAc > 2:4722207/2‑76 (MQ=255) agcTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACg < 2:3474665/74‑1 (MQ=255) aCTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGAt < 2:2605505/76‑1 (MQ=255) aCTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGAt > 2:1903820/1‑76 (MQ=255) aCTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGAt < 1:2861065/76‑1 (MQ=255) tCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGt > 1:2415650/1‑76 (MQ=255) tCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGt > 1:3807890/1‑76 (MQ=255) cGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGtt > 1:5560635/1‑76 (MQ=255) cGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGtt > 1:1774356/1‑76 (MQ=255) cGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGtt > 1:5044028/1‑76 (MQ=255) cGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGtt < 1:1147314/76‑1 (MQ=255) cGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGtt < 1:3392688/76‑1 (MQ=255) gtggtgTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTa > 1:2679122/1‑76 (MQ=255) ggtgTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACt < 2:922079/76‑1 (MQ=255) gtgtTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTg > 1:4180519/1‑76 (MQ=255) tgtTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTga > 1:433434/1‑76 (MQ=255) tgtTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTga < 2:2952545/76‑1 (MQ=255) tgtTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTga > 1:5487363/1‑76 (MQ=255) gggtCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTga < 2:5585042/73‑1 (MQ=255) gtTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTgaa < 2:1659838/76‑1 (MQ=255) gtTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTgaa > 2:1374535/1‑76 (MQ=255) tCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTgaaga < 1:4739349/76‑1 (MQ=255) cAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTgaagaa < 2:4180518/76‑1 (MQ=255) cAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTgaagaa < 2:3525790/76‑1 (MQ=255) aGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGaagaag < 1:3020207/76‑1 (MQ=255) | CCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTTGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAG > NC_000913/704164‑704307 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |