| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,739,051 | A→G | M373V (ATG→GTG) | ydhC → | putative transport protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,739,051 | 0 | A | G | 99.4% | 424.7 / NA | 154 | M373V (ATG→GTG) | ydhC | putative transport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (67/86); minor base C (1/0); total (68/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
CTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAATGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATGGCAATGCCGAAG > NC_000913/1738979‑1739123 | cTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCATCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGc < 1:3331799/76‑1 (MQ=255)cTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGc < 2:1613916/76‑1 (MQ=255)cTGGTAGTTTCCTGGCAGAAAGGTATCAGCACGCCATAGCTGACCACCAACAGGGTCGAGTGATCAACAGaaacga > 1:410560/1‑73 (MQ=255) tGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCt < 1:82171/76‑1 (MQ=255) ggTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTg > 1:1069061/1‑76 (MQ=255) tAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTggc > 2:491202/1‑75 (MQ=255) tAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGt > 2:3789293/1‑76 (MQ=255) tAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGt > 2:4822855/1‑76 (MQ=255) aGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTc < 1:4598082/76‑1 (MQ=255) aGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTc < 1:2552731/76‑1 (MQ=255) gTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTcg < 1:4114720/76‑1 (MQ=255) gTTTCCGGGCTGCTCAGTATCCGCACTCGATTGCTCCCCCCCGCCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTcg < 2:779569/76‑1 (MQ=255) ccTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCt < 1:1348524/76‑1 (MQ=255) cTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTg < 1:4638510/76‑1 (MQ=255) cTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTg < 2:3160347/76‑1 (MQ=255) tGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTgg > 1:2415954/1‑76 (MQ=255) cTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGtt > 1:3594397/1‑76 (MQ=255) cTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGtt < 1:5009239/76‑1 (MQ=255) cTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGtt > 1:1364149/1‑76 (MQ=255) cTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGtt > 1:1362483/1‑76 (MQ=255) cTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGtt < 2:3907892/76‑1 (MQ=255) cTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGtt > 1:285934/1‑76 (MQ=255) tGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTa > 2:4097488/1‑76 (MQ=255) tGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTa > 2:5481995/1‑76 (MQ=255) tGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTa < 2:1362483/76‑1 (MQ=255) aTCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACa < 1:1462710/76‑1 (MQ=255) aTCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGATTACa < 1:1466015/76‑1 (MQ=255) aTCAGGATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACa < 2:1382135/76‑1 (MQ=255) tCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACat > 1:1579518/1‑76 (MQ=255) tCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGAGATGTTATCAACAGTAGGGCTGGTCGCGCTGGGGTACat > 2:3739045/1‑76 (MQ=255) cAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACatg < 2:2005683/76‑1 (MQ=255) aGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACatga > 1:4598947/1‑76 (MQ=255) gTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACatgat > 1:2438822/1‑76 (MQ=255) gTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACatgat < 1:2156296/76‑1 (MQ=255) gTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACatgat < 1:3908599/76‑1 (MQ=255) tATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACatgatg < 2:4694381/76‑1 (MQ=255) aTCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGc < 2:4003786/76‑1 (MQ=255) tCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGGTGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCa < 1:4851603/76‑1 (MQ=255) aGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAAc < 1:2086286/76‑1 (MQ=255) aGCACCCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAAc < 2:2432463/76‑1 (MQ=255) gCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACg < 1:5846215/76‑1 (MQ=255) gCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACg < 1:1174850/76‑1 (MQ=255) gCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACg > 1:3041870/1‑76 (MQ=255) gCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACg > 2:3523773/1‑76 (MQ=255) gCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACg < 2:3664703/76‑1 (MQ=255) cACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGt > 2:719895/1‑76 (MQ=255) aCGCCATTGCTCACCACCACNNGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGtt > 1:3793492/1‑76 (MQ=255) gCCATTGCTCCCCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTtgt < 2:3506933/76‑1 (MQ=255) ccATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTtgtg > 2:682437/1‑76 (MQ=255) gCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTgaagaa < 1:4392555/76‑1 (MQ=255) gCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTgaagaa > 1:3483611/1‑76 (MQ=255) cTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGaagaag < 1:2608522/76‑1 (MQ=255) cTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGaagaag > 1:4452523/1‑76 (MQ=255) tCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGt < 1:4872192/76‑1 (MQ=255) tCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGt < 1:4822856/76‑1 (MQ=255) tCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGt < 1:5245757/76‑1 (MQ=255) ccacccccacCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGt < 2:1294543/75‑1 (MQ=255) caccaccacCAGCGTGATGTTATCAACAGTAGCGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGtt < 1:273357/76‑1 (MQ=255) cccccaccaGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTgg < 2:3004416/73‑1 (MQ=255) ccaccaccaGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTgg > 1:4978647/1‑76 (MQ=255) caccaccaGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGc < 1:5307016/76‑1 (MQ=255) atcaccaGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTTGGTTACATGATGCAACGTTGTGAATAAGTTGGCt < 1:5296459/74‑1 (MQ=255) ccaccaGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTg > 1:2008670/1‑76 (MQ=255) cacgaGGGTGATGTTATCGGCGGTAGTGCTGCTCGCCGTGGGTGGCGTGGTGCCGCGTTGTGTAGAAGTTGGCTGc < 2:1058910/76‑1 (MQ=255) accaGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGcc > 1:2984241/1‑76 (MQ=255) cgaGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCa < 2:2742665/74‑1 (MQ=255) ccaGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCa > 2:2321419/1‑76 (MQ=255) aGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGa > 2:2423363/1‑76 (MQ=255) aGCGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGGTGGCTGCCAGa > 1:2639746/1‑76 (MQ=255) cGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAAt < 2:4488730/76‑1 (MQ=255) cGTGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAAt > 1:1594868/1‑76 (MQ=255) tGATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCa > 1:2295974/1‑76 (MQ=255) tGATGTGATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCa < 2:526451/76‑1 (MQ=255) gATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCAt < 2:2774692/76‑1 (MQ=255) gATGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCAt > 2:4138249/1‑76 (MQ=255) gATGTTATCAACAGTAGTGATGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCAt < 1:3563020/76‑1 (MQ=255) aTGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCACCGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCACGAATCATg > 1:3946342/1‑76 (MQ=255) aTGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATg > 1:3918280/1‑76 (MQ=255) aTGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATg > 2:4522003/1‑76 (MQ=255) aTGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATg > 1:2929760/1‑76 (MQ=255) aTGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATg < 2:2019066/76‑1 (MQ=255) tGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATgg < 1:471233/76‑1 (MQ=255) tGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATgg < 2:827483/76‑1 (MQ=255) tGTTATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATgg < 2:4598946/76‑1 (MQ=255) tGTTATCAACAGTAGTGCTGGGCGCGCTGGGTTACATGATTCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATgg < 2:5055764/76‑1 (MQ=255) ttATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATGGCa > 2:1067873/1‑76 (MQ=255) tATCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATGGCaa > 1:997752/1‑76 (MQ=255) aTCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATGGCAAt < 1:3497433/76‑1 (MQ=255) aTCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATGGCAAt > 2:1934048/1‑76 (MQ=255) aTCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATGGCAAt < 2:920784/76‑1 (MQ=255) tCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATGGCAATg > 1:2711844/1‑76 (MQ=255) tCAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATGGCAATg > 1:1338425/1‑76 (MQ=255) cAACAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATGGCAATGc < 1:1787054/76‑1 (MQ=255) aaCAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATGGCAATGcc > 1:2808772/1‑76 (MQ=255) aCAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCt < 2:5244017/55‑1 (MQ=255) aCAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCt > 1:5244018/1‑55 (MQ=255) aCAGTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATGGCAATGCCg < 2:2788784/76‑1 (MQ=255) agtagtGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGTCTGCCAGAATCATGGCAATGCCGaa < 1:3748279/76‑1 (MQ=255) agtagtGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATGGCAATGCCGaa < 1:4847554/76‑1 (MQ=255) gTAGTGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATGGCAATGCCGAAg < 1:2301512/76‑1 (MQ=255) | CTGGTAGTTTCCTGGCTGATCAGTATCAGCACGCCATTGCTCACCACCACCAGCGTGATGTTATCAACAGTAATGCTGGTCGCGCTGGGTTACATGATGCAACGTTGTGAAGAAGTTGGCTGCCAGAATCATGGCAATGCCGAAG > NC_000913/1738979‑1739123 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |