| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,600,078 | C→T | W135* (TGG→TAG) | yjjP ← | putative structural protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,600,078 | 0 | C | T | 99.4% | 476.5 / NA | 156 | W135* (TGG→TAG) | yjjP | putative structural protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (69/86); minor base G (0/1); total (69/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
GGCACCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCCATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGC > NC_000913/4600005‑4600149 | ggCACCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCCTTAAGGCTCCCAGCTAt > 2:92885/1‑76 (MQ=255) gCACCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATc > 2:3535561/1‑76 (MQ=255) gCACCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATc > 1:2985727/1‑76 (MQ=255) cACCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCt > 1:4746915/1‑76 (MQ=255) aCCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCtt > 1:2105100/1‑76 (MQ=255) ccATCCCAGCCGCCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTg < 2:4219641/76‑1 (MQ=255) cATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTgg < 1:4694927/76‑1 (MQ=255) cATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTgg < 1:3994788/76‑1 (MQ=255) aTCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTggg > 1:1082936/1‑76 (MQ=255) aTCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTggg > 2:1701256/1‑76 (MQ=255) aTCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTggg < 1:223735/76‑1 (MQ=255) cccAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTa < 1:1813075/76‑1 (MQ=255) ccAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTaa < 1:2408186/76‑1 (MQ=255) ccAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTaa < 1:3057280/76‑1 (MQ=255) cAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAAc < 2:4237756/76‑1 (MQ=255) gCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGt < 1:5712816/76‑1 (MQ=255) ccACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTa < 2:475062/76‑1 (MQ=255) ccACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTa < 2:2830936/76‑1 (MQ=255) ccACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTa < 2:2817747/76‑1 (MQ=255) ccGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATg < 2:1697111/76‑1 (MQ=255) cGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATgg > 2:2507830/1‑76 (MQ=255) gTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGc > 2:4108017/1‑76 (MQ=255) gTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGc > 2:3836406/1‑76 (MQ=255) gTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGc > 1:69361/1‑76 (MQ=255) gTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGCAACGTAATGGc > 2:5082081/1‑76 (MQ=255) ttATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGGAATGGCt < 2:674360/76‑1 (MQ=255) tATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTg < 2:2404454/76‑1 (MQ=255) aTTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGa > 2:2218718/1‑76 (MQ=255) gAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAAtt > 2:5171363/1‑76 (MQ=255) gAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAAtt < 2:3405288/76‑1 (MQ=255) gAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAAtt < 2:5072264/76‑1 (MQ=255) aGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAAttt > 2:4480793/1‑76 (MQ=255) aGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAAttt < 2:3275074/76‑1 (MQ=255) gTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTg < 2:2063908/76‑1 (MQ=255) gTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTg > 1:1041974/1‑76 (MQ=255) gTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTg > 1:2798193/1‑76 (MQ=255) tttACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTgg > 2:4532307/1‑76 (MQ=255) tACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCt < 1:4767803/76‑1 (MQ=255) cAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTaa > 1:409291/1‑76 (MQ=255) cAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTaa > 2:1938223/1‑76 (MQ=255) cAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTaa < 2:4746914/76‑1 (MQ=255) aGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTaaa > 2:2913926/1‑76 (MQ=255) gAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAAt < 1:2222847/76‑1 (MQ=255) caaaCAGGCGCAAGAAAGGCCACCCATTACGGCTGCCAGCTATCTTGGGTCACGTAATGGCTGTATTTGGCTAAAt < 1:5698258/75‑1 (MQ=255) aaaCAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGGAATGGCTGAATTTGGCGAAATc > 1:5416222/1‑76 (MQ=255) aaCAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGCAACGTAATGGCTGAATTCGGCTAAATCg > 2:5572028/1‑76 (MQ=255) aCAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGt > 1:1681153/1‑76 (MQ=255) aCAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGt < 2:3784232/76‑1 (MQ=255) aCAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGt < 1:5072292/76‑1 (MQ=255) cAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGtt > 1:1834355/1‑76 (MQ=255) aGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTTGCTAAATCGttt > 2:489178/1‑76 (MQ=255) ggCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTtc < 2:4162772/76‑1 (MQ=255) ggCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTtc < 1:5400809/76‑1 (MQ=255) cAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTa < 2:1131220/76‑1 (MQ=255) cAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTa > 1:4168731/1‑76 (MQ=255) aaGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTAc < 1:1198846/76‑1 (MQ=255) aaGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTAc < 2:3169812/76‑1 (MQ=255) aGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACg < 2:1102985/76‑1 (MQ=255) aGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACg > 2:532783/1‑76 (MQ=255) gAAAGGCCAGCCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTGATGGCTGAATTTGGCTAAGTCGTTTCTCTACGc < 2:2833875/76‑1 (MQ=255) gAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGc < 2:4549644/76‑1 (MQ=255) gAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTGGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTGCTCTACGc < 2:4581572/76‑1 (MQ=255) aaGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCt > 1:601303/1‑76 (MQ=255) aGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCtt < 2:2664223/76‑1 (MQ=255) ggCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCttt < 2:309790/76‑1 (MQ=255) ggCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCttt < 2:418728/76‑1 (MQ=255) gCCAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTg > 1:848145/1‑76 (MQ=255) ccAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGt < 1:551756/76‑1 (MQ=255) cAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTa > 2:1502350/1‑76 (MQ=255) cAACCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTa < 2:4663440/76‑1 (MQ=255) aCCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAAt > 2:2940853/1‑76 (MQ=255) aCCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAAt < 2:5264211/76‑1 (MQ=255) aCCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAAt < 2:1847173/76‑1 (MQ=255) aCCATTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAAt < 1:3683608/76‑1 (MQ=255) cATTAAGGCTTCCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATcc < 1:5011898/76‑1 (MQ=255) aTTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCca > 2:3419541/1‑76 (MQ=255) aTTAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCca < 2:2175786/76‑1 (MQ=255) ttAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCcag > 1:443291/1‑76 (MQ=255) ttAAGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAACCcag > 2:172050/1‑76 (MQ=255) ttAAGCCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTACTGGCTGAATTTTGCTCAATCGTTTCCCTCCGCCTTTGTAAAcccg > 2:176021/1‑74 (MQ=255) aaGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCcagca > 2:5511046/1‑76 (MQ=255) aaGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCcagca < 1:92885/76‑1 (MQ=255) aGGCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCcagcag > 2:4023673/1‑76 (MQ=255) ggCTACCAGCTATCTTGGGTGACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAga < 2:2775122/76‑1 (MQ=255) gcgaCCAGCGATCGTGGGTAACGTAATGGCTGAAGTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAgat < 1:5161449/73‑1 (MQ=255) gCTACCAGCTCTCTGGGGTAAGGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGGCTTTGTAATCGAGCAgat < 2:1559032/76‑1 (MQ=255) gCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAgat > 1:1016832/1‑76 (MQ=255) gCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAgat < 2:670301/76‑1 (MQ=255) gCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAgat > 2:1646223/1‑76 (MQ=255) gCTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAgat < 1:3796004/76‑1 (MQ=255) cTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAgatg < 2:1254770/76‑1 (MQ=255) cTACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAgatg < 2:3289412/76‑1 (MQ=255) tACCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAgatga > 1:1752831/1‑76 (MQ=255) aCCAGCTATCTTGGTTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAgatgat < 2:4893637/76‑1 (MQ=255) aCCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAgatgat < 2:1985635/76‑1 (MQ=255) aCCAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAgatgat < 1:5171364/76‑1 (MQ=255) ccAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGatgatg < 1:3075418/76‑1 (MQ=255) ccAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGatgatg > 2:3328923/1‑76 (MQ=255) cAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGc < 1:2507830/76‑1 (MQ=255) cAGCTATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGc > 1:3470842/1‑76 (MQ=255) | GGCACCATCCCAGCCACCGTTATTGAGTTTACAGAAACAGGCGCAAGAAAGGCCAACCATTAAGGCTACCAGCCATCTTGGGTAACGTAATGGCTGAATTTGGCTAAATCGTTTCTCTACGCCTTTGTAATCCAGCAGATGATGC > NC_000913/4600005‑4600149 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |