| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 70,289 | G→T | intergenic (‑241/‑98) | araB ← / → araC | L‑ribulokinase/transcriptional regulator for ara operon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 70,289 | 0 | G | T | 98.5% | 400.6 / NA | 134 | intergenic (‑241/‑98) | araB/araC | L‑ribulokinase/transcriptional regulator for ara operon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base T (67/65); total (67/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
TTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTGGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTT > NC_000913/70216‑70360 | ttGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCCGGTTgg > 1:687926/1‑76 (MQ=255) tGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGt > 2:1711966/1‑76 (MQ=255) gTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGtt < 1:5001399/76‑1 (MQ=255) tACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTCATAATCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAg < 2:5364853/76‑1 (MQ=255) tACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAg < 1:5613726/76‑1 (MQ=255) tACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAg < 1:2186573/76‑1 (MQ=255) tACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGGTTGGTTAg > 2:844076/1‑76 (MQ=255) aCGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGc < 1:1370755/76‑1 (MQ=255) aCGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGc > 1:2098342/1‑76 (MQ=255) cgcgTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCg > 1:5325710/1‑76 (MQ=255) cgcgTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCg < 2:2646939/76‑1 (MQ=255) cgcgTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATACGCGGGGTTC‑CCGGTTTGGTTAGCg < 1:5558648/76‑1 (MQ=255) cgTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCgag > 2:3433423/1‑76 (MQ=255) tttttGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGagaa > 2:554764/1‑76 (MQ=255) tttttGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGagaa < 1:1464204/76‑1 (MQ=255) tttttGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGagaa < 1:2178791/76‑1 (MQ=255) ttttGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGagaag < 2:5094214/76‑1 (MQ=255) ttGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAagag > 2:4380819/1‑76 (MQ=255) ttGTCAGGGCTTTGGACCCGATTTGTTACAGAATGATTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAagag > 1:3405236/1‑76 (MQ=255) tGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGc < 1:5345504/76‑1 (MQ=255) gTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGcc < 1:2097081/76‑1 (MQ=255) gTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGcc < 1:32550/76‑1 (MQ=255) gTCATGGCGGAGGTCCCGCTGTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGcc < 1:46287/76‑1 (MQ=255) tCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCa < 2:4415968/76‑1 (MQ=255) tCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCa < 1:2417979/76‑1 (MQ=255) tCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCa > 2:3452339/1‑76 (MQ=255) tCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCa < 2:2508880/76‑1 (MQ=255) cATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAg > 2:4909112/1‑76 (MQ=255) cATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAg > 1:2892032/1‑76 (MQ=255) aTGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGagaaga < 2:1133825/70‑1 (MQ=255) aTGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGagaaga > 1:1133825/1‑70 (MQ=255) aTGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGt > 2:4925176/1‑76 (MQ=255) aTGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGt > 1:3743210/1‑76 (MQ=255) ggCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTaa < 1:2235270/76‑1 (MQ=255) ggCTTTGGGCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTaa < 2:1316960/76‑1 (MQ=255) gCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTaaa > 2:1584155/1‑76 (MQ=255) gCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTaaa > 1:5511135/1‑76 (MQ=255) cTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTaaaa > 2:5376925/1‑76 (MQ=255) tttGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAg > 1:4904805/1‑76 (MQ=255) tGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGAc < 1:1073689/76‑1 (MQ=255) tGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGAc < 1:3085299/76‑1 (MQ=255) ggTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACg > 1:3368364/1‑76 (MQ=255) gagcccGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGCTTGGGTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACg > 2:5137168/4‑76 (MQ=255) gTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGc < 2:4494485/76‑1 (MQ=255) cccGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAg > 1:5379454/1‑76 (MQ=255) ccGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAACGCAGCAGt > 1:4235097/1‑76 (MQ=255) ccGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGt > 1:3241709/1‑76 (MQ=255) gtgttGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGa < 2:2859682/73‑1 (MQ=255) gCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGa > 1:3311184/1‑76 (MQ=255) tttGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACg < 1:2012032/76‑1 (MQ=255) tttGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACg > 1:2170415/1‑76 (MQ=255) tttGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACg > 2:1843125/1‑76 (MQ=255) tttGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACg > 1:1579702/1‑76 (MQ=255) ttGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACgg > 1:5422856/1‑76 (MQ=255) tGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCGAGTAAAAGACGCAGTGACGGc < 2:4095628/76‑1 (MQ=255) tGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGc < 1:605915/76‑1 (MQ=255) tGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGc < 1:4598877/76‑1 (MQ=255) tGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGc < 2:310140/76‑1 (MQ=255) gTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCa > 2:4977377/1‑76 (MQ=255) ttACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑ACGGTTTGGCTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCaa > 1:3638042/1‑76 (MQ=255) tACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAAt > 2:4726617/1‑76 (MQ=255) tACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAAt > 2:599344/1‑76 (MQ=255) aCAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATg > 1:2525661/1‑76 (MQ=255) aCAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATg > 1:4732616/1‑76 (MQ=255) cAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGt > 1:5384580/1‑76 (MQ=255) cAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGt > 1:346424/1‑76 (MQ=255) gAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCt < 1:421402/76‑1 (MQ=255) gAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCt > 2:5238435/1‑76 (MQ=255) gAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCt > 2:3428832/1‑76 (MQ=255) aaaTGTTTTTAAGAAGGGGGGTTA‑CGGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCt < 2:5739897/75‑1 (MQ=255) aaTGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTg < 1:5498098/76‑1 (MQ=255) aTGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGa > 1:3219188/1‑76 (MQ=255) tGCTTTTAATAAGCGGGGTTG‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGAt < 2:2344069/76‑1 (MQ=255) tGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGAt > 1:4911875/1‑76 (MQ=255) tGCTTGTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGAt < 2:1378386/76‑1 (MQ=255) gCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CGGGTTGGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATg < 2:4426726/76‑1 (MQ=255) cTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGc < 1:3780350/76‑1 (MQ=255) ttttAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCa < 2:3288533/76‑1 (MQ=255) taataaGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAata < 1:1342190/76‑1 (MQ=255) aatagGCGGGGTTG‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAatat < 2:2072730/76‑1 (MQ=255) aataaGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAatat > 2:855966/1‑76 (MQ=255) aataaGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAatat < 1:720199/76‑1 (MQ=255) ataaGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGGGACGGAAATGTCTGATGCAATATg > 1:4147139/1‑76 (MQ=255) aGCGGGGTTA‑CGGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGAc < 2:2413974/76‑1 (MQ=255) aGCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGAc > 1:2855895/1‑76 (MQ=255) gCGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACa < 1:1041528/76‑1 (MQ=255) cGGGGTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACaa < 1:2411789/76‑1 (MQ=255) ggggTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAAt > 2:2351073/1‑76 (MQ=255) gggTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAAtt > 1:179378/1‑76 (MQ=255) ggTTA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTg > 1:4354709/1‑76 (MQ=255) ggTTA‑CCGGTTGGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTg < 1:934139/76‑1 (MQ=255) ttA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAGGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGt < 2:2706215/76‑1 (MQ=255) ttA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGCCAATTGGt > 2:4827406/1‑76 (MQ=255) ttA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGt > 1:2228059/1‑76 (MQ=255) tA‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGtt < 2:2202579/76‑1 (MQ=255) a‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGc < 1:1557191/58‑1 (MQ=255) a‑CCGGTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGttt > 2:4850618/1‑76 (MQ=255) cgggTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTttc < 2:3572421/74‑1 (MQ=255) cGGTTTGGTTAGCGAGGAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTttca < 2:210868/76‑2 (MQ=255) ggTTTGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACAGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTttctt > 1:478054/1‑76 (MQ=255) | TTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTA‑CCGGTTGGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAAGACGCAGTGACGGCAATGTCTGATGCAATATGGACAATTGGTTTCTT > NC_000913/70216‑70360 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |