| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,825,102 | T→C | F230L (TTC→CTC) | srlE → | PTS system glucitol/sorbitol‑specific enzyme IIBC component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,825,102 | 0 | T | C | 99.4% | 484.7 / NA | 177 | F230L (TTC→CTC) | srlE | PTS system glucitol/sorbitol‑specific enzyme IIBC component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (90/86); minor base A (1/0); total (91/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
TCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCTTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAATATT > NC_000913/2825029‑2825173 | ccGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCg < 1:1290229/76‑1 (MQ=255) gCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGc > 1:3958738/1‑76 (MQ=255) gCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGc > 2:2208004/1‑76 (MQ=255) gCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGc < 2:2047420/76‑1 (MQ=255) gCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGc > 1:4938504/1‑76 (MQ=255) tGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGccc > 2:4534767/1‑76 (MQ=255) tGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGccc < 1:4820713/76‑1 (MQ=255) ggCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCa < 1:455672/76‑1 (MQ=255) ggCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCa < 1:2591540/76‑1 (MQ=255) ggCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCa < 2:2952655/76‑1 (MQ=255) ggCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTACTTTCACCTTTCCTCGGCCCa < 1:2709492/76‑1 (MQ=255) gggAGCCATCCCCTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAg < 2:1554904/74‑1 (MQ=255) gCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAg > 1:5649892/1‑76 (MQ=255) gCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAg > 1:5476861/1‑76 (MQ=255) cGAGCAATCCACTGGGTCTGGTCAG‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAgg > 1:1118148/1‑76 (MQ=255) gaaccAGCCACTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGgc < 2:1012704/73‑1 (MQ=255) gAGCCATCCACTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAgtc < 2:173477/76‑3 (MQ=255) gAGCCATCCACTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGgc < 1:75/76‑1 (MQ=255) gAGCCATCCACTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGgc < 2:2570347/76‑1 (MQ=255) aGCCATCCACTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGgcg > 2:3945850/1‑76 (MQ=255) aGCCATCCACTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGgcg < 1:4114235/76‑1 (MQ=255) gCCATCCACTTGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGgcgc < 1:1075826/76‑1 (MQ=255) gCCATCCACTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGgcgc < 2:2944197/76‑1 (MQ=255) gCCATCCACTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGgcgc > 2:4110693/1‑76 (MQ=255) ccATCCACTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCa < 2:2800343/76‑1 (MQ=255) ccATCCACTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCa > 1:5840449/1‑76 (MQ=255) cATCCCCTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAg > 1:5676400/1‑76 (MQ=255) cATCCACTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAg > 1:2839044/1‑76 (MQ=255) cATCCACTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCACGCGCAg > 2:855159/1‑76 (MQ=255) aTCCACTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGt > 2:1495330/1‑76 (MQ=255) aTCCACTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGt > 1:5347849/1‑76 (MQ=255) aTCCACTGGGACTGGTCAT‑GCTGGCGCTCAGCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCacg > 2:3377298/1‑74 (MQ=255) ccACTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTa > 2:3995865/1‑76 (MQ=255) ccACTGGGTCTGG‑CATGGCTGGCGCCATTTTGTTCCTCCCCCCGGCTTTCACCTTTCCTCGCCCCCGGCCCGGTTa > 2:3556641/1‑76 (MQ=255) aCTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAg > 2:761107/1‑65 (MQ=255) aCTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATc > 1:3744904/1‑76 (MQ=255) aCTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATc > 2:4046969/1‑76 (MQ=255) aCTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCACGCGCAGTTATc > 2:5332123/1‑76 (MQ=255) cTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCg > 2:172468/1‑76 (MQ=255) cTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCg < 2:811379/76‑1 (MQ=255) cTGGGTCGGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCg < 2:71763/76‑1 (MQ=255) gggTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGca < 1:2714018/76‑1 (MQ=255) tCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAg > 1:4215452/1‑76 (MQ=255) tGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGt < 2:3035816/76‑1 (MQ=255) tGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGt < 1:1495330/76‑1 (MQ=255) ggTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCTCCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGtt < 2:5406464/76‑1 (MQ=255) ggTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGtt < 1:5200577/76‑1 (MQ=255) tCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTAt < 2:610597/76‑1 (MQ=255) gcAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTAt < 2:2170409/75‑1 (MQ=255) cAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATc > 2:1920444/1‑76 (MQ=255) cAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATc > 2:1977299/1‑76 (MQ=255) cAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATc < 1:2157640/76‑1 (MQ=255) gt‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCg < 2:5633669/75‑1 (MQ=255) aT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCg < 1:3825891/76‑1 (MQ=255) aT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCg > 2:3871676/1‑76 (MQ=255) aT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCg < 1:2961041/76‑1 (MQ=255) aT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCg > 2:4326038/1‑76 (MQ=255) t‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCgg < 1:2076216/76‑1 (MQ=255) t‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCgg > 2:3728296/1‑76 (MQ=255) gCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGc < 1:1015936/76‑1 (MQ=255) ggCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTa < 1:1706585/76‑1 (MQ=255) ggCGCTCATCTGTTCCTCCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCCCACAGCTTACCGGCGtc > 2:4613727/1‑75 (MQ=255) gcgcTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTat > 1:899288/1‑76 (MQ=255) cgcTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTatt < 1:2929270/76‑1 (MQ=255) cgcTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTata < 2:868601/76‑2 (MQ=255) tCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCGCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTattgat < 2:3706427/76‑1 (MQ=255) tCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTattgat > 1:2770171/1‑76 (MQ=255) cATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTattgatt > 1:288340/1‑76 (MQ=255) aTCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTattgattg > 1:3557797/1‑76 (MQ=255) aTCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTattgattg < 2:5833509/76‑1 (MQ=255) aTCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTattgattg < 1:5034134/76‑1 (MQ=255) tCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTgg < 2:5347848/76‑1 (MQ=255) cTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGc < 2:4952946/76‑1 (MQ=255) tGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCg > 1:150945/1‑76 (MQ=255) gtgccttccCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGt < 2:4667776/73‑1 (MQ=255) gTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGGGTATTGGTTTGCGt > 1:4412189/1‑76 (MQ=255) tccttccCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCCCAGGTTATCGGCGTATTGCTTGgcgcgc > 2:312151/1‑76 (MQ=255) tccttccCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGc < 1:5282525/76‑1 (MQ=255) cttccCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAg < 1:4455141/76‑1 (MQ=255) cttccCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAg > 1:3883829/1‑76 (MQ=255) tccCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGAt > 1:4685960/1‑76 (MQ=255) cccACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGAtt < 1:5693203/76‑1 (MQ=255) cccACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGAtt > 2:1007905/1‑76 (MQ=255) cccACTGCTGTCACCGTGCCTCGGCCCAGGGGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGAtt < 2:1361343/76‑1 (MQ=255) tGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGtct < 2:4654501/76‑1 (MQ=255) tGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGtct > 1:3409312/1‑76 (MQ=255) tGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGtct > 1:4494742/1‑76 (MQ=255) tGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGtct < 1:669081/76‑1 (MQ=255) tGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGtct > 1:2123579/1‑76 (MQ=255) tGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGtct < 1:1147788/76‑1 (MQ=255) agCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGAGTGGtat > 1:3871891/2‑74 (MQ=255) gCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGtctc < 1:4005096/76‑1 (MQ=255) ttCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGGCTCGGc > 2:3509987/1‑76 (MQ=255) tCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCa > 2:1450657/1‑76 (MQ=255) tCACCGTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCa < 1:3230665/76‑1 (MQ=255) cACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCaa > 2:839937/1‑76 (MQ=255) ccTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCCata > 2:4426364/1‑76 (MQ=255) ccTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAata > 2:4033199/1‑76 (MQ=255) tttCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAATAtt > 1:2470160/1‑76 (MQ=255) ttcctcGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGc < 2:4905169/69‑1 (MQ=255) | TCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCAT‑GCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCTTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAATATT > NC_000913/2825029‑2825173 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |