| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 502,653 | C→T | intergenic (‑191/+47) | ybaL ← / ← fsr | putative transport protein/fosmidomycin resistance protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 502,653 | 0 | C | T | 97.6% | 357.5 / NA | 125 | intergenic (‑191/+47) | ybaL/fsr | putative transport protein/fosmidomycin resistance protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base T (65/55); total (70/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
AAAAATGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATCAGGC > NC_000913/502580‑502724 | aaaaaTGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGa > 1:3795669/1‑76 (MQ=255) aaaaTGGAATTAGTTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGAc > 2:2813255/1‑76 (MQ=255) aaaaTGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGAc > 1:1318122/1‑76 (MQ=255) aaaaTGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGAc < 1:3543900/76‑1 (MQ=255) aaaaTGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGAc > 1:5123094/1‑76 (MQ=255) aTGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTga > 2:209827/1‑75 (MQ=255) aTGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGt > 1:3391103/1‑76 (MQ=255) aTGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGt > 1:3265026/1‑76 (MQ=255) aTGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGt > 2:3343964/1‑76 (MQ=255) tGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGGTTAACACAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTa > 2:3868713/1‑76 (MQ=255) ggAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTaa < 1:1878474/76‑1 (MQ=255) ggAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTaa > 1:5280206/1‑76 (MQ=255) ggAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTaa > 1:2731654/1‑76 (MQ=255) gAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTaaa < 1:2654262/76‑1 (MQ=255) aTTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAAc < 1:4931900/76‑1 (MQ=255) ttAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACg > 1:737057/1‑76 (MQ=255) ttAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACg > 2:928110/1‑76 (MQ=255) tAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGa > 2:3512174/1‑76 (MQ=255) aaacTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAAGCGGCTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGCAAAACGa > 2:3162886/4‑76 (MQ=255) aGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGAt < 2:4974245/76‑1 (MQ=255) gCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATg > 2:870347/1‑76 (MQ=255) cTGCAAAAAAAGCACGGCTCGGAAAACAGAAGCCGGGGTGAGAGAGGAAAGGATTATCGCGTCTGTAGAACGGTGc > 2:452863/1‑76 (MQ=255) cTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTACACCGATGc > 1:4814834/1‑76 (MQ=255) cTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGc > 1:4812348/1‑76 (MQ=255) tGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCa < 2:1747448/76‑1 (MQ=255) gCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAg > 2:1438053/1‑76 (MQ=255) gCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAg > 1:4182566/1‑76 (MQ=255) cAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCTGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGc < 2:1677286/76‑1 (MQ=255) cAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGc > 2:5044704/1‑76 (MQ=255) aaaaaGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCaa > 2:1215880/1‑76 (MQ=255) aaaaaGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCaa < 1:3808725/76‑1 (MQ=255) aaaaGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCaaa < 2:3796984/76‑1 (MQ=255) aaaGCATGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAg < 2:3214588/76‑1 (MQ=255) aaGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGt > 2:1605319/1‑76 (MQ=255) aaGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGt > 2:175104/1‑76 (MQ=255) aaGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGt < 1:2993867/76‑1 (MQ=255) aGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGtt < 2:1006901/76‑1 (MQ=255) gCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGttt > 2:1305975/1‑76 (MQ=255) gCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAACttt > 2:2323930/1‑76 (MQ=255) cACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTg > 2:4965364/1‑76 (MQ=255) aCGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGc < 2:5223528/76‑1 (MQ=255) aCGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGc < 1:3717353/76‑1 (MQ=255) ggATCGGAAAACAGAACGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGGGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGGTTGCCt > 2:2039505/1‑76 (MQ=255) gATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGttt < 1:1968965/71‑1 (MQ=255) gATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGttt > 2:1968965/1‑71 (MQ=255) gATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCtt < 1:3157315/76‑1 (MQ=255) aTCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCttt < 1:1627367/76‑1 (MQ=255) aTCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCttt < 2:5341697/76‑1 (MQ=255) tCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTg > 1:2704104/1‑76 (MQ=255) tCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTg < 1:3190001/76‑1 (MQ=255) cGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTgg < 2:2734795/76‑1 (MQ=255) cGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTgg > 2:1415656/1‑76 (MQ=255) ggAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAACGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGc > 1:1131394/1‑76 (MQ=255) ggAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGc < 2:5683409/76‑1 (MQ=255) gAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCt < 2:580983/76‑1 (MQ=255) gAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCt < 2:708054/76‑1 (MQ=255) aaaaCAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTg < 1:1767323/76‑1 (MQ=255) aaaCAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGGCTTTGGCTGc > 1:3327359/1‑76 (MQ=255) aaaCAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCt > 2:5402952/1‑74 (MQ=255) aaaCAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCt < 1:5402953/74‑1 (MQ=255) aaaCAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGc > 1:376840/1‑76 (MQ=255) aaaCAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGc > 2:2529963/1‑76 (MQ=255) aaaCAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGc > 1:4031631/1‑76 (MQ=255) aaCATAAGGCGGTTTAACATAGTCACGACTTACGCTGACTGAAAAACTATGCCGCCCAACTTTTCCTTTGTCTGCa < 1:3868714/76‑1 (MQ=255) aaCAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCa < 2:3882236/76‑1 (MQ=255) aaCAGAAGGCGGATTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGGAGCCAAAGTGCGCCCGTGGCTggc > 2:3192457/1‑74 (MQ=255) aGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATg < 2:1318122/76‑1 (MQ=255) aGAAGGCGGTGTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGGTTGCCTGTGGCTGCAATg > 2:4000388/1‑76 (MQ=255) aaGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCCATGaa > 1:2814965/1‑76 (MQ=255) aaGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAAttga > 1:4669139/1‑73 (MQ=255) gTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGt < 1:3108194/76‑1 (MQ=255) ttAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCt < 1:1919986/76‑1 (MQ=255) ttAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCt > 2:5304370/1‑76 (MQ=255) tAACAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCtt < 1:130362/76‑1 (MQ=255) aCAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGCAATCAGTCtttt > 2:65897/1‑75 (MQ=255) aCAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTa < 2:5280205/76‑1 (MQ=255) aCAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTa > 1:3152043/1‑76 (MQ=255) cAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTAt > 1:1228161/1‑76 (MQ=255) cAGAGGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTAt < 1:4257520/76‑1 (MQ=255) cAGAGGAAAGGCTTAGGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTAt < 2:356142/76‑1 (MQ=255) agagGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATg > 2:920692/1‑76 (MQ=255) gagGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGc > 2:3084118/1‑76 (MQ=255) gagGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGc < 2:1434312/76‑1 (MQ=255) gagGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGc > 1:3548297/1‑76 (MQ=255) agGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGcc < 2:4100833/76‑1 (MQ=255) agGAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGcc < 2:2731654/76‑1 (MQ=255) ggAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCg > 2:1411545/1‑76 (MQ=255) gAAAGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCgg < 2:356189/76‑1 (MQ=255) aaGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGtt < 1:1498496/76‑1 (MQ=255) aaGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGtt < 1:5182530/76‑1 (MQ=255) aGGCTTATGGTGACTGTACAACGATGCAGCCAACGTTTGCCTTTGTCTGCAATGCCATCAGTCTGTATTCCGGTTa > 1:3194142/1‑76 (MQ=255) aGGCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTa > 2:5759789/1‑76 (MQ=255) ggCTTATGGTTGCTGTAAAACGATGCAGCGAAAGTTTGCCTTTTGCTGCAATGAAATCAGTCTTTGTGCCGGTTAt < 2:463787/76‑1 (MQ=255) gCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATc < 2:3681017/76‑1 (MQ=255) gCTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATc < 1:1605319/76‑1 (MQ=255) cTTATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATca > 2:1132332/1‑76 (MQ=255) ttATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTATTTATGCCGGCTATcag > 1:1882745/1‑76 (MQ=255) ttATGGTGACTGGAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATcag > 1:5705325/1‑76 (MQ=255) tATGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATcagg > 1:620457/1‑76 (MQ=255) aTGGTGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATcaggc < 1:3380771/76‑1 (MQ=255) | AAAAATGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATCAGGC > NC_000913/502580‑502724 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |