| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,703,602 | 2 bp→GC | intergenic (‑183/+124) | dppB ← / ← dppA | dipeptide transport system permease protein 1/dipeptide transport protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,703,602 | 0 | C | G | 99.0% | 195.4 / ‑7.6 | 98 | intergenic (‑183/+125) | dppB/dppA | dipeptide transport system permease protein 1/dipeptide transport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (35/62); total (36/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 3,703,603 | 0 | G | C | 99.0% | 191.9 / ‑6.6 | 98 | intergenic (‑184/+124) | dppB/dppA | dipeptide transport system permease protein 1/dipeptide transport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (35/62); total (36/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGCACGCAGAGGCACAGCGCCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GCGGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACATTGCAGAATTTTCGTAGGCCTGAT > NC_000913/3703531‑3703671 || tGCACGAAGAGGCACAGCGCCAACGGGAATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTATGGTTATGCCGGAGGCAGCGGt > 2:1921615/1‑76 (MQ=21) gCACGCAGAGGCACAGCGCCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTa > 2:2028354/1‑76 (MQ=255) aCGCAGAGGCACAGCGCCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAAc < 2:1091556/76‑1 (MQ=25) aCGCAGAGGCACAGCGCCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAAc < 1:4879793/76‑1 (MQ=25) cGCAGAGGCACAGCGCCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACg < 1:3696192/76‑1 (MQ=21) cGCAGAGGCACAGCGCCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACg > 2:3674785/1‑76 (MQ=255) gCAGAGGCACAGCGCCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGc > 1:1783865/1‑76 (MQ=21) cAGAGGCACAGCGCCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGcc < 1:1964001/76‑1 (MQ=21) agagGCACCGCGCCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCt < 2:3594030/76‑1 (MQ=18) agagGCACAGCGCCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCt > 1:3041094/1‑76 (MQ=21) gagGCACAGCGCCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCtt < 2:5686140/76‑1 (MQ=18) gagGCACAGCGCCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCtt < 2:1441867/76‑1 (MQ=21) agGCACAGCTCCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGTATGC‑GGCGTTAACGCCTTa < 1:873105/76‑1 (MQ=18) agGCACAGCGCCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTa < 2:2380974/76‑1 (MQ=18) agGCACAGCGCCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTa < 2:4004898/76‑1 (MQ=18) agGCACAGCGCCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTa > 2:863737/1‑76 (MQ=255) ggCACAGCGCCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTAt < 2:1188009/76‑1 (MQ=18) ggCACAGCGCCACCGGGTATACAGATGGTTGATTAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCatat > 1:1437892/1‑76 (MQ=18) gCACAGCGCCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATc < 1:4351985/76‑1 (MQ=18) cacaGCGCCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATcc < 1:2973104/76‑1 (MQ=18) cacaGCGCCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATcc > 2:131136/1‑76 (MQ=255) cacaGCGCCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATcc < 2:2384896/76‑1 (MQ=18) cacaGCGCCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATcc < 1:1546059/76‑1 (MQ=18) acaGCGCCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCg > 2:4350437/1‑76 (MQ=18) acaGCGCCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCg > 2:4323431/1‑76 (MQ=18) acaGCGCCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCg > 1:1442164/1‑76 (MQ=18) acaGCGCCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCg < 2:3900216/76‑1 (MQ=18) acaGCGCCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGCTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCGTATCCg > 2:4331146/1‑76 (MQ=18) aGCGCCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGc > 1:5637018/1‑76 (MQ=17) gcgcCCCGGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGcc < 1:4374018/76‑1 (MQ=14) gcgcCACCGGGTATACAGATTGTTGCCAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGCTCACGCCTTCTCCGccc > 2:5821261/1‑76 (MQ=17) gcgcCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGcc < 1:3899681/76‑1 (MQ=17) cgcCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGTCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCt < 1:1019682/76‑1 (MQ=17) cgcCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCt < 2:3757585/76‑1 (MQ=17) gcCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTa > 1:1554850/1‑76 (MQ=17) 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cACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACa < 2:1625160/76‑1 (MQ=14) cccGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACaa < 2:5507167/75‑1 (MQ=14) aCCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACaa > 2:975793/1‑76 (MQ=255) ccGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACaaa < 2:5137756/76‑1 (MQ=14) cGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACaaaa < 1:5428739/76‑1 (MQ=14) gggTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAt < 2:4215532/76‑1 (MQ=14) ggTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATc < 1:5049659/76‑1 (MQ=14) tataCAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGt < 2:5358262/76‑1 (MQ=11) gtaCAGGTTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTg < 2:165142/75‑1 (MQ=11) ataCAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTg > 1:1144509/1‑76 (MQ=11) aCAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCa > 2:4274592/1‑76 (MQ=11) aTTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAAtt < 1:2089223/76‑1 (MQ=1) aTTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAAtt > 2:3396315/1‑76 (MQ=1) cAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACAt < 1:1565928/76‑1 (MQ=11) cAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACAt > 2:2613132/1‑76 (MQ=11) cAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACAt > 2:4456538/1‑76 (MQ=11) cAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACAt < 2:4170847/76‑1 (MQ=11) aaaGTGGGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACAtt < 2:2769858/76‑1 (MQ=11) aaaGGGGGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACAtt < 2:2787498/76‑1 (MQ=11) aaGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACATTg < 2:1534136/76‑1 (MQ=11) aGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACATTGc < 2:1443834/76‑1 (MQ=11) gtgtGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACATTGCa < 1:514648/76‑1 (MQ=11) gTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACATTGCa > 2:601958/1‑76 (MQ=11) tGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACATTGCAg < 1:3992776/76‑1 (MQ=11) cgcTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACATTGCAGaa < 1:4907319/76‑1 (MQ=11) cgcTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACATTGCAGaa < 1:2587341/76‑1 (MQ=11) gcTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACATTGCAGAAt > 1:1785579/1‑76 (MQ=11) gcTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACATTGCAGAAt > 1:245746/1‑76 (MQ=11) gcTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACATTGCAGAAt > 2:289515/1‑76 (MQ=11) gcTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGACTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACATTGCAGAAt > 2:4083919/1‑76 (MQ=11) cTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACATTGCAGAAtt > 1:2951647/1‑76 (MQ=14) cTTTGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACATTGCAGAAtt < 1:3160570/76‑1 (MQ=14) tttGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACATTGCAGAAttt < 2:1442164/76‑1 (MQ=14) ttGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTACCGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACATTGCAGAAtttt < 2:3977667/76‑1 (MQ=14) ttGTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTCCAAAATCGTGCAAATTCAATACATTGCAGAAtttt < 2:5174041/76‑1 (MQ=14) tgtgTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACATTGCAGAATTTTc < 2:392324/76‑1 (MQ=14) gTTTATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACATTGCAGAATTTTCg < 1:817844/76‑1 (MQ=14) tttATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACATTGCAGAATTTTCGt < 2:5324339/76‑1 (MQ=255) tttATGCAGGCTGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACATTGCAGAATTTTctt < 2:895009/76‑3 (MQ=14) tttAGGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACATTGCAGAATTTTCGt < 2:123572/76‑1 (MQ=14) ttATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACATTGCAGAATTTTCGTa > 1:507306/1‑76 (MQ=14) ttATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACATTGCAGAATTTTCGTa < 1:2053941/76‑1 (MQ=14) ttATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACATTGCAGAATTTTCGTa < 2:2661261/76‑1 (MQ=255) tATGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACATTGCAGAATTTTCGTAg < 2:4233577/76‑1 (MQ=17) aTGCCGGATGC‑GGCGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACATTGCAGAATTTTCGTAgg < 2:5285409/76‑1 (MQ=255) 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TGCACGCAGAGGCACAGCGCCACCGGGTATACAGATTGTTGACAAAGTGCGCTTTGTTTATGCCGGATGC‑GCGGTTAACGCCTTATCCGGCCTACAAAATCGTGCAAATTCAATACATTGCAGAATTTTCGTAGGCCTGAT > NC_000913/3703531‑3703671 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |