| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,734,264 | 2 bp→GC | coding (542‑543/825 nt) | bax ← | putative ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,734,264 | 0 | C | G | 98.6% | 394.7 / ‑6.5 | 148 | S181C (TCG→TGC) | bax | putative ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (85/60); minor base T (0/2); total (86/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 3,734,265 | 0 | G | C | 100.0% | 417.5 / NA | 148 | S181C (TCG→TGC) | bax | putative ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (86/62); total (86/62) | |||||||||||
Only 100 of 148 total aligned reads displayed.
TCTTTGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATCGATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCAACCGCTTTCTGCTGCA > NC_000913/3734196‑3734333 || tCTTTGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCa > 2:2080237/1‑76 (MQ=255) cTTTGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCTCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCAt < 2:5659586/76‑1 (MQ=255) cTTTGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCAt > 1:3597043/1‑76 (MQ=255) ttGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGc < 2:5312801/76‑1 (MQ=255) ttGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGc > 2:1983922/1‑76 (MQ=255) ttGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGc > 1:2921894/1‑76 (MQ=255) tGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGcc > 2:5441979/1‑76 (MQ=255) tGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGcc < 2:434367/76‑1 (MQ=255) 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< 1:3039527/76‑1 (MQ=255) aCCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTgcg < 2:379524/76‑1 (MQ=255) aCCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGGTTGTGTTgcg > 1:737943/1‑76 (MQ=255) cccTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTgcgc > 1:1771901/1‑76 (MQ=255) cccTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTgcgc < 2:3006940/76‑1 (MQ=255) ccTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTgcgcg > 2:2056063/1‑76 (MQ=255) ccTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTgcgcg < 2:1254737/76‑1 (MQ=255) cTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTgcgcgc > 1:4115704/1‑76 (MQ=255) cTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTgcgcgc > 1:106345/1‑76 (MQ=255) cTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTgcgcgc > 2:1233507/1‑76 (MQ=255) 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< 2:4392128/76‑1 (MQ=255) ttACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCg < 2:1282835/76‑1 (MQ=255) aCCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGAc > 2:2620818/1‑76 (MQ=255) aCCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGAc < 2:3531715/76‑1 (MQ=255) aCCGGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGAc < 2:4615241/76‑1 (MQ=255) ccTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGGGCGCCGGGTTCGACg > 1:2373754/1‑76 (MQ=255) tGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGtt > 2:4779195/1‑76 (MQ=255) tGGCGCATTGGTACAACGTCCTTCCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGtt > 1:2536920/1‑76 (MQ=255) tGGCGCAGTGGTACAACGGCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGCTGCTGCGCGCCAGCTTCGCCGtc > 2:5120674/1‑75 (MQ=255) ggCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTc < 2:106345/76‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |