Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,870,631 | Δ1 bp | coding (610/1764 nt) | dgoA ← | 2‑oxo‑3‑deoxygalactonate 6‑phosphate aldolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,870,630 | 0 | C | . | 98.5% | 612.9 / ‑2.0 | 138 | coding (611/1764 nt) | dgoA | 2‑oxo‑3‑deoxygalactonate 6‑phosphate aldolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base . (71/64); total (72/66) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
TCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCACCTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGA > NC_000913/3870555‑3870701 | tCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCAc < 2:2378662/76‑1 (MQ=255) aTCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCActg < 2:2424443/76‑3 (MQ=255) tCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCActgc < 2:2640679/76‑4 (MQ=255) tCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCActgc > 2:2694412/1‑73 (MQ=255) ggTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCct < 2:1463276/76‑1 (MQ=255) ggTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGGAATTTTGGTGATCATCATTGCA‑CTGCct > 1:3202371/1‑76 (MQ=255) tttCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCctct > 2:429423/1‑76 (MQ=255) tttCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCctct > 2:2239049/1‑76 (MQ=255) tCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCg > 1:2441282/1‑76 (MQ=255) cAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGa > 2:409197/1‑76 (MQ=255) aaTTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGAt < 1:2329246/76‑1 (MQ=255) aTTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATa > 1:1003624/1‑76 (MQ=255) ttttCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATAc < 2:4222663/76‑1 (MQ=255) ttttCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATAc < 2:3456083/76‑1 (MQ=255) tttCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGacacc > 2:3654361/1‑75 (MQ=255) tttCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACg < 1:1064884/76‑1 (MQ=255) tgcAGGAACATCCAGAGGGGAGGCAAACGATACGGGGGAAGTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTATCGATACGc > 1:1773009/3‑76 (MQ=255) 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aaCATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAAc > 1:984375/1‑76 (MQ=255) aCATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACa > 1:2533266/1‑76 (MQ=255) aCATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACa > 1:4048256/1‑76 (MQ=255) aCATCCAGCGGGGAGGTAAACGAGACGTGGTAATTTTGGTGAGTGTCAATGCA‑CTGCCTCTCGAGACGCCTTAACa > 1:1763364/1‑76 (MQ=255) aTCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTaaaaaa < 1:409197/76‑1 (MQ=255) aTCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACaaa > 1:4251298/1‑76 (MQ=255) tCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAt > 2:1700797/1‑76 (MQ=255) tCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAt < 2:872697/76‑1 (MQ=255) ccAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtg > 1:4227810/1‑76 (MQ=255) 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ggTAAACGATACGTGGTAATTTGTGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcctg < 1:2457881/76‑1 (MQ=255) tAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcctgct < 2:3995072/76‑1 (MQ=255) gaaaCGATACGTGGTAATTTTGGGGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcctgct < 2:87231/75‑1 (MQ=255) aagcGATAAGTGGGTGTTTTGGTGGTTTTGATTG‑AACTGGCGCTAGATACGACTTAACAAATGctgctgcctgctg < 2:189167/73‑1 (MQ=255) aaaCGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcctgctg > 2:3135566/1‑76 (MQ=255) aaCGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcctgctgc < 2:2258973/76‑1 (MQ=255) aaCGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcctgctgc < 1:1430859/76‑1 (MQ=255) aCGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTgcg < 1:4813505/76‑1 (MQ=255) cGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTgcgc < 1:4207191/76‑1 (MQ=255) 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2:3363391/1‑76 (MQ=255) ttGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGa > 1:4412315/1‑76 (MQ=255) | TCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCACCTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGA > NC_000913/3870555‑3870701 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |