| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,979,546 | Δ1 bp | coding (1047/1386 nt) | yifK → | putative amino acid/amine transport protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,979,545 | 0 | G | . | 99.3% | 634.4 / ‑3.3 | 142 | coding (1046/1386 nt) | yifK | putative amino acid/amine transport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base . (70/71); minor base C (1/0); total (71/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 | |||||||||||
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
AAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATT‑GCTCATGCCTGGAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCTTCCGGGGATGG > NC_000913/3979472‑3979616 | aaGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCTgaa < 2:4271468/76‑3 (MQ=255) tttCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTa > 2:2763196/1‑76 (MQ=255) tttCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTa < 2:4437683/76‑1 (MQ=255) tCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTAca > 1:4510258/1‑76 (MQ=255) tCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGGGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTAca < 2:4496268/76‑1 (MQ=255) ccGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GACCTAcatc > 2:148566/1‑76 (MQ=255) ccGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTAcatc < 1:244422/76‑1 (MQ=255) cGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTAcatca < 1:422728/76‑1 (MQ=255) gTCGCGGCGTACCGGATGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTCTTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTAcatcat < 1:4848711/76‑1 (MQ=255) cACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTc > 1:1736373/1‑76 (MQ=255) aCGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTcc < 1:4831065/76‑1 (MQ=255) aCGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTcc < 1:784568/76‑1 (MQ=255) cGGCGTGCCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTccc < 2:203952/76‑1 (MQ=255) cGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTccc > 2:3464608/1‑76 (MQ=255) ggggTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCa < 2:4570222/73‑1 (MQ=255) ggCGTGCCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCa < 2:1531361/76‑1 (MQ=255) ggCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCa > 1:2672523/1‑76 (MQ=255) ggCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCa > 2:637114/1‑76 (MQ=255) gCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCaa < 1:565691/76‑1 (MQ=255) tgTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCaac > 2:374388/2‑75 (MQ=255) cGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAAt > 1:3723829/1‑76 (MQ=255) gTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCCATc > 2:2367813/1‑76 (MQ=255) gTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATc < 2:469123/76‑1 (MQ=255) gTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATc > 1:1179430/1‑76 (MQ=255) tgccGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATcc < 2:1273983/74‑1 (MQ=255) tACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATcc > 1:4860689/1‑76 (MQ=255) tACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATcc < 1:4337559/76‑1 (MQ=255) tACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATcc < 2:809298/76‑1 (MQ=255) aCCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCCTTCCCAAcccc > 2:1747612/1‑75 (MQ=255) ccGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGc > 1:3144895/1‑76 (MQ=255) ccGGTTGCGGGTGTGGCAGTATATATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCAGTCCCCATcctc > 1:3436547/1‑74 (MQ=255) cGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCCTGCCT‑GAACTACATCATTCCCACTCCGcc > 2:1530662/1‑75 (MQ=255) cGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GACATACATCATTCCCCATCTGCa > 1:2609499/1‑76 (MQ=255) cGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATccccc > 2:3214992/1‑73 (MQ=255) cGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCa < 1:4318084/76‑1 (MQ=255) cGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCa > 1:2601785/1‑76 (MQ=255) cGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCa < 1:3328470/76‑1 (MQ=255) cGGTTGCGCGTGTGCCAGTATCTATTGCTATTCTTCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCa < 1:3343407/76‑1 (MQ=255) ttGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCcgcg > 2:4329093/1‑76 (MQ=255) ttGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCg < 1:870035/76‑1 (MQ=255) tGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCgt > 2:2825553/1‑76 (MQ=255) gCGGGTGTGGCAGTCTCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGGCT‑GAACTCCATCATTCCCAATCCGCAGCgtg < 2:4487685/76‑1 (MQ=255) cGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCgtgt < 2:4371251/76‑1 (MQ=255) cGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCACCgtgt > 2:4391472/1‑76 (MQ=255) cGGGTGTCGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATTCCT‑GAACTACATCATGCCCAATCCGCAGCgtgt < 1:3468633/76‑1 (MQ=255) gggTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCgtgtg > 1:1937187/1‑76 (MQ=255) tgtgGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAg < 2:3129668/67‑1 (MQ=255) tgtgGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAg > 1:3129668/1‑67 (MQ=255) tgtgGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGttt > 2:1080039/1‑76 (MQ=255) tgtgGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGttt > 2:1901361/1‑76 (MQ=255) ggtgGCAGGATCTATTGCTATTCTGCGAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGttt < 2:699248/75‑1 (MQ=255) ggCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtc > 1:2048408/1‑76 (MQ=255) cAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtcta < 1:2590892/76‑1 (MQ=255) cAGTAACTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtcta > 1:3586323/1‑76 (MQ=255) aGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctac < 1:1561019/76‑1 (MQ=255) aGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctac < 1:1942693/76‑1 (MQ=255) gTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctacg < 1:2793398/76‑1 (MQ=255) aTCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctacgtc > 1:4243793/1‑76 (MQ=255) tCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctacgtct < 2:2242837/76‑1 (MQ=255) tCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctacgtct > 2:4482314/1‑76 (MQ=255) tCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctacgtct > 1:3031488/1‑76 (MQ=255) tCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctacgtct > 2:413217/1‑76 (MQ=255) tCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctacgtct > 1:1765714/1‑76 (MQ=255) tCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCGCATGCCT‑GACCTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctacgtct < 2:3784235/76‑1 (MQ=255) cTATTGCTCTTGTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATGCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctacgtcta < 2:4045369/76‑1 (MQ=255) cTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctacgtcta < 2:1992241/76‑1 (MQ=255) cTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCACCGTGTGTTTctctacctcta > 2:1442204/1‑76 (MQ=255) aTTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACa < 2:4064196/76‑1 (MQ=255) ttGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAg > 2:2837102/1‑76 (MQ=255) tGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGt > 1:2343321/1‑76 (MQ=255) gCTATTCTGCTACTTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTg > 2:1333882/1‑76 (MQ=255) tATTCTGCTAATTGGCGCATGCCT‑GAACTACATCACTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGcc < 1:1230088/76‑1 (MQ=255) aTTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCa < 2:3764672/76‑1 (MQ=255) aTTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGCCTCCCGTGCCa > 2:111943/1‑76 (MQ=255) aTTCTGATAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCa < 2:949843/76‑1 (MQ=255) ttCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GACCTACATCATCCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAg < 1:4568945/76‑1 (MQ=255) tCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGc < 1:639053/76‑1 (MQ=255) tGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGt > 2:2137396/1‑76 (MQ=255) tGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGt < 1:69807/76‑1 (MQ=255) tGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGt < 1:893355/76‑1 (MQ=255) tGCTAATTGGCTCAGGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGt < 2:3698322/76‑1 (MQ=255) ttggCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCTTcc < 1:2918019/73‑1 (MQ=255) ttggCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCTTcc > 2:3879918/4‑76 (MQ=255) tggCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCTTCCg < 1:1158083/74‑1 (MQ=255) tggCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCTTCCg > 1:1576550/3‑76 (MQ=255) ggCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCgt < 1:4440296/38‑1 (MQ=38) ggCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCgt > 2:4440296/2‑39 (MQ=38) ggCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCTTCCgg < 1:3932975/75‑1 (MQ=255) ggCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCTTCCgg > 1:3549840/2‑76 (MQ=255) gCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCTTCCggg < 2:1003383/76‑1 (MQ=255) cTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCTTCCgggg < 2:2046254/76‑1 (MQ=255) cTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCTTCCgggg < 1:4326136/76‑1 (MQ=255) cTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCTTCCgggg < 2:2404995/76‑1 (MQ=255) tCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCTTCCGGGGa < 1:3568563/76‑1 (MQ=255) tCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCATGCTTCCGGGGa > 2:2144377/1‑76 (MQ=255) cATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCTTCCGGGGAt > 1:4277918/1‑76 (MQ=255) cATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCTTCCGGGGAt > 1:2755923/1‑76 (MQ=255) cATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCTTCCGGGGAt > 1:2754557/1‑76 (MQ=255) aTGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCTTCCGGGGATg > 2:3512140/1‑76 (MQ=255) tGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCTTCCGGGGATgg < 2:2732326/76‑1 (MQ=255) | AAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATT‑GCTCATGCCTGGAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCTTCCGGGGATGG > NC_000913/3979472‑3979616 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |