| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,077,514 | Δ1 bp | intergenic (‑165/+149) | cmtB ← / ← tktA | PTS system mannitol‑specific enzyme IIA component/transketolase 1 isozyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,077,513 | 0 | C | . | 98.3% | 260.6 / ‑2.8 | 59 | intergenic (‑164/+150) | cmtB/tktA | PTS system mannitol‑specific enzyme IIA component/transketolase 1 isozyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base . (35/23); total (35/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
GTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATACCGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCTT > NC_000913/3077443‑3077584 | gtTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCata > 2:3021946/1‑76 (MQ=255) tttGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATc > 2:3379600/1‑76 (MQ=255) tGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGt > 1:1776088/1‑76 (MQ=255) tGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGt > 1:2539152/1‑76 (MQ=255) gAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTg < 2:4508576/76‑1 (MQ=255) aaaCAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGAt > 1:943613/1‑76 (MQ=255) aaaCAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAACA‑CGCATAGCGTGAt > 1:754832/1‑76 (MQ=255) aaCAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGAta < 2:3657955/76‑2 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |