| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,930,677 | +G | intergenic (+175/‑264) | kup → / → rbsD | low affinity potassium transport system/RbsD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,930,676 | 1 | . | G | 94.6% | 233.6 / 8.2 | 92 | intergenic (+174/‑265) | kup/rbsD | low affinity potassium transport system/RbsD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/1); new base G (34/53); total (38/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCGCTGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑C‑G‑CAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTAATGCGCTGCGTG > NC_000913/3930601‑3930745 | ccGCTGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑c < 2:4063774/76‑1 (MQ=255) gCTGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑C‑G‑c > 2:2326022/1‑76 (MQ=255) gCTGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑C‑G‑c > 2:179813/1‑76 (MQ=255) cTGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCGCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑C‑ggc > 2:4259801/1‑74 (MQ=255) tGCGGTCTGGAAGGGTTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑C‑ggca > 1:525498/1‑73 (MQ=255) tGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCCCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCC‑C‑G‑cca > 2:310099/1‑74 (MQ=255) ggTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAAc < 1:637156/76‑1 (MQ=255) ggTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAAc < 2:2320550/76‑1 (MQ=255) ggTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAAc < 1:4387101/76‑1 (MQ=255) tCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGc > 1:34606/1‑76 (MQ=255) cTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGcc < 2:4067982/76‑1 (MQ=255) tGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGccc < 2:4514749/76‑1 (MQ=255) tGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGccc > 1:1200473/1‑76 (MQ=255) tGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGccc > 2:3635199/1‑76 (MQ=255) tGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGccc < 1:3604817/76‑1 (MQ=255) ggAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGCCCg < 2:648494/76‑1 (MQ=255) gAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGCCCGt < 1:3855528/76‑1 (MQ=255) aGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGCCCGtag > 1:1081413/1‑74 (MQ=255) ggATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGCCCGTGGt > 1:4829369/1‑76 (MQ=255) aTTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGCCCGTGGTAt > 1:3074738/1‑76 (MQ=255) aTTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGCCCGTGGTAt < 1:4335102/76‑1 (MQ=255) ttAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGCCCGTGGTAtt < 1:997054/76‑1 (MQ=255) tAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGCCCGTGGTAttt > 1:1386778/1‑76 (MQ=255) tctttGCCGGCTGCTGGACACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAGCGCCCGTGGTATTTg < 2:3082002/73‑1 (MQ=255) aaGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGCCCGTGGTATTTg < 2:349983/76‑1 (MQ=255) aGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGCCCGTGGTATTTGc < 2:1900899/76‑1 (MQ=255) 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ggAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAg > 1:3643724/1‑76 (MQ=255) ggAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGGCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGCCCGTGGCATTTGCGTCTGCGCGCCAAg > 2:761220/1‑76 (MQ=255) aaaCCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCt > 2:2758525/1‑76 (MQ=255) accctcctTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCtt < 1:603142/74‑2 (MQ=255) aCCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGt > 1:3508980/1‑76 (MQ=255) ctcctTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTAc > 2:905267/1‑76 (MQ=255) ctcctTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTAc < 2:1951180/76‑1 (MQ=255) ctcctTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTAc > 2:3712719/1‑76 (MQ=255) cctTCTTTATGTCGCATGAGTCTTTGATCCT‑C‑GTCAATCGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACtt < 1:131845/76‑1 (MQ=255) 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tttATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTtgctgc > 1:4357761/1‑76 (MQ=255) ttATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTtgctgct < 1:1379108/76‑1 (MQ=255) tATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTtgctgctg < 1:677402/76‑1 (MQ=255) tATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTtgctgctg > 2:1769568/1‑76 (MQ=255) aTGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTtgctgctgc > 2:2660900/1‑76 (MQ=255) aTGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTtgctgctgc > 2:613666/1‑76 (MQ=255) aTGGCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAATCGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAATCTGTACTtgctgctgc < 2:3382428/76‑1 (MQ=255) gTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCaa < 2:3166723/76‑1 (MQ=255) gTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCaa < 1:412867/76‑1 (MQ=255) tCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAAc > 2:202372/1‑76 (MQ=255) tCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAAc < 1:1658053/76‑1 (MQ=255) cGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCCACg > 2:3920629/1‑76 (MQ=255) cGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACg < 2:1847283/76‑1 (MQ=255) aTGAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTaa < 2:2821828/76‑1 (MQ=255) tGAGGCGTTGATCCG‑CGG‑CGAAGGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGGTGTACTTGCTGCTGCAACGTAAt < 2:4857522/76‑1 (MQ=255) gAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTAATg < 2:2867383/76‑1 (MQ=255) gAGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTAATg < 1:1067720/76‑1 (MQ=255) aGTCGTTGATCCT‑CGG‑CAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTAATgc > 1:3958494/1‑76 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |