| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,979,535 | +G | coding (1036/1386 nt) | yifK → | putative amino acid/amine transport protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,979,534 | 1 | . | G | 98.4% | 339.2 / ‑1.0 | 128 | coding (1035/1386 nt) | yifK | putative amino acid/amine transport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base G (62/64); total (64/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
GCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TT‑GCTCATGCCTGGAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGT > NC_000913/3979460‑3979602 | gcggcAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TT‑g < 2:1856994/76‑1 (MQ=255)gaggcAATCGAGAAAGGGTCCAGTCACGGCGTGACGGTGGAGGGTGTCGCAGTAGAGATTGCTATTCTGCTGA‑tta < 2:1886808/74‑2 (MQ=255) cggcAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TT‑gg > 1:1928039/1‑75 (MQ=255) cggcAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TT‑gg < 2:3117500/76‑2 (MQ=255) ggcAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TT‑ggc < 2:2340059/76‑3 (MQ=255) gcAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TT‑ggct < 2:56389/76‑4 (MQ=255) aTGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCAt < 1:4748352/76‑1 (MQ=255) tGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATg < 2:3812561/76‑1 (MQ=255) tGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATg > 1:4859675/1‑76 (MQ=255) ggCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGCTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTT‑GCTCACGc > 2:1497510/1‑76 (MQ=255) aaGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCTgaa < 2:4271468/76‑3 (MQ=255) tttCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTa < 1:3664168/76‑1 (MQ=255) tCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGGGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTAca < 2:4496268/76‑1 (MQ=255) ccGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GACCTAcatc > 2:148566/1‑76 (MQ=255) ccGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTAcatc < 1:244422/76‑1 (MQ=255) ccGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGCGTGGCAGCATCTATGGCTATTCTTCTCA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTTcatc > 2:2165470/1‑76 (MQ=255) cGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTTCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACCAcatca > 1:2605568/1‑76 (MQ=255) cGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTAcatca < 1:422728/76‑1 (MQ=255) gTCGCGGCGTACCGGATGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTCTTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTAcatcat < 1:4848711/76‑1 (MQ=255) cACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTc > 1:1736373/1‑76 (MQ=255) aCGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCAtttc > 1:847008/1‑74 (MQ=255) aCGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTcc < 1:784568/76‑1 (MQ=255) cGGCGTGCCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTccc < 2:203952/76‑1 (MQ=255) cGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTccc < 1:1672321/76‑1 (MQ=255) cGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTccc > 2:3464608/1‑76 (MQ=255) ggggTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCa < 2:4570222/73‑1 (MQ=255) ggCGTGCCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCa < 2:1531361/76‑1 (MQ=255) ggCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCa > 1:3109249/1‑76 (MQ=255) ggCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCa > 1:3549889/1‑76 (MQ=255) ggCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCa > 1:2672523/1‑76 (MQ=255) ggCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCa > 2:637114/1‑76 (MQ=255) gCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCaa < 1:565691/76‑1 (MQ=255) tgTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCaac > 2:374388/2‑75 (MQ=255) cGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAAt > 1:3723829/1‑76 (MQ=255) gTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCCATc > 2:2367813/1‑76 (MQ=255) gTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATc > 1:1179430/1‑76 (MQ=255) gTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATc < 2:1761527/76‑1 (MQ=255) gTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCC‑CGAACTACATCATTCCCAATc > 2:2614326/1‑76 (MQ=255) tgccGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATcc < 2:1273983/74‑1 (MQ=255) tACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATcc < 2:809298/76‑1 (MQ=255) tACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATcc > 1:4860689/1‑76 (MQ=255) tACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATcc < 1:4337559/76‑1 (MQ=255) tACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATcc < 1:4283187/76‑1 (MQ=255) ccGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGc > 1:3144895/1‑76 (MQ=255) cGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCCTGCCT‑GAACTACATCATTCCCACTCCGcc > 2:1530662/1‑75 (MQ=255) cGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GACATACATCATTCCCCATCTGCa > 1:2609499/1‑76 (MQ=255) cGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATccccc > 2:3214992/1‑73 (MQ=255) cGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCa < 2:4470675/76‑1 (MQ=255) cGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCa < 1:3328470/76‑1 (MQ=255) cGGTTGCGCGTGTGCCAGTATCTATTGCTATTCTTCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCa < 1:3343407/76‑1 (MQ=255) ggTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCCTTCCCCATCCGCAg > 2:3115430/1‑76 (MQ=255) ttGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCcgcg > 2:4329093/1‑76 (MQ=255) tGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCgt > 2:2825553/1‑76 (MQ=255) cGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCgtgt < 2:4371251/76‑1 (MQ=255) cGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCACCgtgt > 2:4391472/1‑76 (MQ=255) cGGGTGTCGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATTCCT‑GAACTACATCATGCCCAATCCGCAGCgtgt < 1:3468633/76‑1 (MQ=255) gggTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCgtgtg > 2:2774526/1‑76 (MQ=255) gggTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCgtgtg > 1:1937187/1‑76 (MQ=255) gggTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCgtgtg < 2:4522105/76‑1 (MQ=255) gtgtGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGtt > 1:3353027/1‑76 (MQ=255) gtgtGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGtt < 2:3729110/76‑1 (MQ=255) tgtgGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAg > 1:3129668/1‑67 (MQ=255) tgtgGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGttt > 2:1080039/1‑76 (MQ=255) gtgGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTg > 1:2274171/1‑76 (MQ=255) ggCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtc > 1:2048408/1‑76 (MQ=255) ggCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtc > 1:2810191/1‑76 (MQ=255) cAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtcta < 1:2590892/76‑1 (MQ=255) cAGTAACTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtcta > 1:3586323/1‑76 (MQ=255) aGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctac < 2:3977932/76‑1 (MQ=255) gTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctacg > 2:2024954/1‑76 (MQ=255) gTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctacg < 1:2793398/76‑1 (MQ=255) aTCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctacgtc > 1:4243793/1‑76 (MQ=255) aTCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctacgtc > 1:4497154/1‑76 (MQ=255) tCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctacgtct > 2:4400499/1‑76 (MQ=255) tCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctacgtct > 2:4482314/1‑76 (MQ=255) tCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctacgtct > 1:1765714/1‑76 (MQ=255) tCTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCGCATGCCT‑GACCTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctacgtct < 2:3784235/76‑1 (MQ=255) cTATTGCTCTTGTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATGCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctacgtcta < 2:4045369/76‑1 (MQ=255) cTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctacgtcta < 2:1992241/76‑1 (MQ=255) cTATTGCTATTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCACCGTGTGTTTctctacctcta > 2:1442204/1‑76 (MQ=255) 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aTTCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCa < 2:3764672/76‑1 (MQ=255) ttCTGCTAAGTG‑GCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAg > 2:1343286/1‑76 (MQ=255) ttCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GACCTACATCATCCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAg < 1:4568945/76‑1 (MQ=255) tCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGc < 2:4229225/76‑1 (MQ=255) tCTGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGc < 1:639053/76‑1 (MQ=255) tGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGt > 2:3457360/1‑76 (MQ=255) tGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGt > 2:2137396/1‑76 (MQ=255) tGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGt < 1:930914/76‑1 (MQ=255) tGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGt < 1:893355/76‑1 (MQ=255) tGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGt < 1:69807/76‑1 (MQ=255) tGCTAA‑TTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGt < 1:1900712/76‑1 (MQ=255) | GCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAA‑TT‑GCTCATGCCTGGAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGT > NC_000913/3979460‑3979602 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |