| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,139,669 | +C | coding (233/330 nt) coding (132/159 nt) |
yijI → b4558 ← |
hypothetical protein hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,139,667 | 1 | . | C | 95.9% | 372.2 / 10.2 | 147 | coding (231/330 nt) coding (134/159 nt) | yijI b4558 | hypothetical protein hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/2); new base C (61/80); total (65/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
CCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑C‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTG > NC_000913/4139592‑4139737 | cccGAAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTg < 2:3187835/76‑1 (MQ=255) ggAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑c‑cc > 2:834899/1‑75 (MQ=255) ggAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑c‑cc > 2:2639628/1‑75 (MQ=255) gAACTCAGTAACTGGCAGTTCGCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCTACTCAGCGCAAGGTCGCTTTTGGCGTTG‑c‑cct < 2:4008340/76‑3 (MQ=255) gAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑c‑cct < 1:2680363/76‑3 (MQ=255) gAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑c‑cct < 2:570855/76‑3 (MQ=255) tCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCg < 1:3293459/76‑1 (MQ=255) cAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCgg > 2:1640100/1‑76 (MQ=255) cAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTCTCGGCGTTGCC‑CTTGCgg > 1:1783361/1‑76 (MQ=255) cAGTAACGGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCgg < 2:3624359/76‑1 (MQ=255) aGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGt < 2:3850177/76‑1 (MQ=255) aGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGt < 1:2289566/76‑1 (MQ=255) gTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTc < 2:3316145/76‑1 (MQ=255) gTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGAGCTTTTTGCGTTGCC‑CTTGCGGTc > 1:4585551/1‑76 (MQ=38) gTAACTGGCAGTNAGCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCNNNTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTc < 1:1102441/76‑1 (MQ=255) cTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTg < 1:530923/76‑1 (MQ=255) tGGCGGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTgc < 2:4369461/76‑1 (MQ=255) tGGCAGTTATCGCCCGCCTGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTgc < 1:4678138/76‑1 (MQ=255) tGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTgc > 1:81133/1‑76 (MQ=255) tGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTgc < 1:688662/76‑1 (MQ=255) ggCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTAGCC‑CTTGCGGTCAGTgcg < 2:2149905/76‑1 (MQ=255) ggCAGTCATCGCCCGCCAGCGTCTCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTgcg < 1:3488003/76‑1 (MQ=255) gCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCgg < 1:1636502/67‑1 (MQ=255) gCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTgcgc < 2:2978105/76‑1 (MQ=255) gCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTgcgc > 1:587015/1‑76 (MQ=255) ggTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAg < 2:1614065/75‑1 (MQ=255) aGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAg > 2:1961861/1‑76 (MQ=255) aGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAg < 1:1011386/76‑1 (MQ=255) aGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAg < 1:3089723/76‑1 (MQ=255) gTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAgg > 2:3171731/1‑76 (MQ=255) gTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAgg < 2:593586/76‑1 (MQ=255) aTCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTa < 1:3563497/76‑1 (MQ=255) tCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTAt > 2:2742705/1‑76 (MQ=255) tCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTAt < 1:3843733/76‑1 (MQ=255) tCGCCCGCCAGCGTATCGGGGCCAATCAGTGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTAt < 1:3885020/76‑1 (MQ=255) cgcccgccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATg > 2:3852321/1‑76 (MQ=255) gcccgccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGc < 2:3458647/76‑1 (MQ=255) gcccgccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGc > 2:744655/1‑76 (MQ=255) gcccgccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGc > 1:2089848/1‑76 (MQ=255) gcccgccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGCGCGCAGGTTATGc > 1:4580607/1‑76 (MQ=255) cccgccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGcc > 1:4074118/1‑76 (MQ=255) cggccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCa < 2:1414363/74‑1 (MQ=255) ccgccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCa < 2:4542633/76‑1 (MQ=255) cgccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTCGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCAc > 2:4074241/1‑76 (MQ=255) gcAGCGTAGCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTGGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTc < 2:522785/75‑1 (MQ=255) 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cGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGtga < 1:3566199/76‑1 (MQ=255) cGGTGCAAATCATCGCAATGGCGCTTTTGGCGGTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGtga < 1:3588524/76‑1 (MQ=255) ggTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGtgat > 2:1711186/1‑76 (MQ=255) gTGCCAGTCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGtgatg < 2:103979/76‑1 (MQ=255) gCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCTGTGCGCAGGTTAACGCACTGAAGTTGCGATGaa > 1:55745/1‑76 (MQ=255) gCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGaa > 1:2138704/1‑76 (MQ=255) ccAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGtga < 2:675916/71‑1 (MQ=255) cAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGaaaa < 1:3475527/76‑1 (MQ=255) cAATCAGCGCAAGGGCACTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAAttt < 2:2116768/66‑1 (MQ=255) aTCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAATGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAg < 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ttGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACCGCGTTTCaa > 2:856827/1‑76 (MQ=255) tGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAAc > 2:3566135/1‑76 (MQ=255) tGGCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAAc < 1:1129728/76‑1 (MQ=255) ggCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACg < 1:2796014/76‑1 (MQ=255) ggCGTTGCC‑CGTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACg < 2:2633467/76‑1 (MQ=255) gCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGt < 1:2009534/76‑1 (MQ=255) gCGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGt > 2:2565409/1‑76 (MQ=255) cGTTGCC‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTg < 1:3632744/76‑1 (MQ=255) cGTTGCC‑CTTGCGGTCAGGGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTCTCAACGTg > 2:3281451/1‑76 (MQ=255) | CCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑C‑CTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTG > NC_000913/4139592‑4139737 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |