| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 4,091,572 | 3461 bp→GCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATG | [rhaD]–rhaB | [rhaD], rhaA, rhaB | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 4091572 | 4095032 | 3461 | 141 [0] | [0] 126 | [rhaD]–rhaB | [rhaD],rhaA,rhaB |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 4091571 | 0 (0.000) | 85 (1.020) +GCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATG |
50/92 | 0.2 | 100% | coding (283/825 nt) | rhaD | rhamnulose‑phosphate aldolase |
| ? | NC_000913 | 4095033 = | 0 (0.000) | intergenic (‑4/‑284) | rhaB/rhaS | rhamnulokinase/RhaS | |||||
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
CGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/4091497‑4091571‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTGATCCTGCTGAATTTCATTACGACCAGTCTAAAAAGCGCCTGAATTCGCGACCTTCTCGTTACTGACAGGAAA > NC_000913/4095033‑4095107 ||||||||||||||||||||||||||||| CGGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACG < 2:4595298/76‑1 GGAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGC < 2:1830131/76‑1 GAAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCA > 1:1507282/1‑76 gAGTTCGGAAGTGGGGGCGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCAT < 2:1201964/75‑1 AAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCAT < 1:4053916/76‑1 AAGTTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCAT < 1:603215/76‑1 GTTCGGAAGTGGGGGCGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGC < 2:1920856/76‑1 TTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCG > 1:3518773/1‑76 TTCGGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCG < 1:2651594/76‑1 CGGAAGTGGGGACGGCTTCTTTGGTTAACCCCCAACGAGTGTGGTACCTCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGA < 1:3139410/76‑1 GGAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGAT > 1:3692344/1‑76 GAAGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATC > 1:4237304/1‑76 AGTGGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCT > 2:4365999/1‑76 gGGGGCCGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCT < 2:1223658/75‑1 GGGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTA < 2:1256751/76‑1 GGGACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTTGTAGCCCGCGCCGTCGCCGTCGACGCATGCGGATCCTCCAG > 2:2074313/1‑76 ACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGc > 2:1445951/1‑75 ACGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGT < 1:3464269/76‑1 CGGCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTC < 2:2479330/76‑1 GCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGA > 1:4430564/1‑76 GCTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGA > 1:1746681/1‑76 CTTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGAC > 1:4470926/1‑76 TTCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACA > 1:1432987/1‑76 TCGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACAT < 1:1234943/76‑1 CGTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATA < 2:2328419/76‑1 GTTGGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATAT > 1:2049879/1‑76 TTGGTTACCCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCTCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATG < 2:3157474/76‑1 GGTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGT > 2:2691597/1‑76 GTTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGTG < 2:1385782/76‑1 TTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGCTCCTCTAGAGCCGACCTATGGTGA > 2:2214847/1‑76 TTAACCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGTGA > 2:440398/1‑76 AACCCCCAAAGAATGTGGTGGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGTGATC < 2:4629136/76‑1 CCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGTGATCCT < 1:655486/76‑1 CCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGTGATCCT > 1:1971693/1‑76 CCCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGTGATCCT > 2:1282781/1‑76 CCCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGTGATCCTG > 1:1010610/1‑76 CCCAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGTGATCCTGC < 2:4748289/76‑1 CAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGTGATCCTGCTG < 2:1711112/76‑1 CAAAGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGTGATCCTGCTG > 1:3383360/1‑76 AGAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGTGATCCTGCTGAAT < 1:2188248/76‑1 GAATGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGTGATCCTGCTGAATT > 1:2468760/1‑76 ATGGGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGTGATCCTGCTGAATTTC < 2:3081847/76‑1 TGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGTGATCCTGCTGAATTTCA > 2:2051615/1‑76 TGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGTGATCCTGCTGAATTTCA < 1:4505952/76‑1 TGTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGTGATCCTGCTGAATTTCA < 2:3291477/76‑1 GTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGTGATCCTGCTGAATTTCAT < 2:4037937/76‑1 GTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGTGATCCTGCTGAATTTCAT < 2:3518773/76‑1 GTGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGTGATCCTGCTGAATTTCAT > 1:2422417/1‑76 TGGTAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGTGATCCTGCTGAATTTCATT < 2:1531118/76‑1 TAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGTGATCCTGCTTAATTTCATTACG < 1:4620743/76‑1 TAGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGTGATCCTGCTGAATTTCATTACG > 2:970462/1‑76 AGCCCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGTGATCCTGCTGAATTTCATTACGA < 1:2741035/76‑1 CCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGTGATCCTGCTGAATTTCATTACGACCA > 1:2212653/1‑76 CCGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGTGATCCTGCTGAATTTCATTACGACCA > 2:3851223/1‑76 CGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGTGATCCTGCTGAATTTCATTACGACCAG > 1:3774472/1‑76 CGCGCCGTCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGTGATAATGCTGAATTTCATTACGACCAG > 1:1739351/1‑76 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TCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACGTATGGTGATCCTGCTGAATTTCATTACGACCAGTCTAAAA > 2:2598305/1‑76 TCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGTGATCCTGCTGAATTTCATTACGACCAGTCTAAAA < 2:2877392/76‑1 TCGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGTGATCCTGCTGAATTTCATTACGACCAGTCTAAAA < 1:2579448/76‑1 CGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGTGATCCTGCTGAATTTCATTACGACCAGTCTAAAAA < 2:3761863/76‑1 CGCTGTCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGTGATCCTGCTGAATTTCATTACGACCAGTCTAAAAA > 1:2601427/1‑76 ttGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGTGATCCTGCTGAATTTCATTACGACCAGTCTAAAAAGCGCC > 2:2250435/3‑76 TCGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGTGATCCTGCTGAATTTCATTACGACCAGTCTAAAAAGCGCC < 1:789731/76‑1 CGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGGCATATGGTGATCCTGCTGAATTTCATTACGACCAGTCTAAAAAGCGCCT < 2:449136/76‑1 CGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGTGATCCTGCTGAATTTCATTACGACCAGTCTAAAAAGCGCCT > 1:1634581/1‑76 CGACGCATGCGGATCCTCTAGAGTCGACATATGGTGATCCTGCTGAATTTCATTACGACCAGTCTAAAAAGCGCCT > 1:2070125/1‑76 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |