| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 704,236 | T→C | L357S (TTG→TCG) | nagE → | PTS system, N‑acetylglucosamine‑specific enzyme IIABC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 704,236 | 0 | T | C | 99.1% | 304.4 / NA | 113 | L357S (TTG→TCG) | nagE | PTS system, N‑acetylglucosamine‑specific enzyme IIABC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (65/47); minor base A (1/0); total (66/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
GCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTTGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGC > NC_000913/704163‑704308 | gccagccaGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTAgg > 1:3162080/1‑76 (MQ=255) ccagccagAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGt < 2:967612/76‑1 (MQ=255) ccagccagAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGt > 1:4720346/1‑76 (MQ=255) ccagccagAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGt > 1:4423016/1‑76 (MQ=255) cagccagAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGtt > 2:3531045/1‑76 (MQ=255) cagccagAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGtt > 2:1533493/1‑76 (MQ=255) ggccggAACGGCTGGGTGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTa < 2:4524992/75‑1 (MQ=255) gcgagAACGTCTGGATGCTGCTGGTGGTGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTAt < 2:1582700/73‑1 (MQ=255) gccagAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTAt < 1:2922941/76‑1 (MQ=255) ccagAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATc > 2:1195281/1‑76 (MQ=255) cagAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATcc < 1:4677229/76‑1 (MQ=255) cagAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATcc < 1:3206424/76‑1 (MQ=255) agAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATACg > 2:785269/1‑76 (MQ=255) agAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCCTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCg > 2:941858/1‑76 (MQ=255) gAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGc > 1:201043/1‑76 (MQ=255) gAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGc < 1:21586/76‑1 (MQ=255) cGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATg > 1:1209175/1‑76 (MQ=255) gTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGt < 1:2049373/76‑1 (MQ=255) gTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGt > 2:2389905/1‑76 (MQ=255) tCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGtt > 2:3473367/1‑76 (MQ=255) tCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGtt > 1:227433/1‑76 (MQ=255) tCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGtt > 1:562595/1‑76 (MQ=255) cTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTTTCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTc > 2:4422305/1‑76 (MQ=255) cTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTc < 2:3281089/76‑1 (MQ=255) ggATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCaa < 1:3621408/76‑1 (MQ=255) gATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAAc > 2:4569565/1‑76 (MQ=255) aTGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAAcc < 1:3841285/76‑1 (MQ=255) tgctgcTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCt > 1:1959372/1‑76 (MQ=255) tgctgcTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCt > 1:3474386/1‑76 (MQ=255) gctgctGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTg < 1:866833/76‑1 (MQ=255) ctgctgGGGATGGGCGTGATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATACGCATGTTCAACATGa > 1:3187698/1‑76 (MQ=255) tgctgGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGaa > 1:1102672/1‑76 (MQ=255) tgctgGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGaa > 1:467313/1‑76 (MQ=255) ctgGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGaaac > 2:883431/1‑75 (MQ=255) ctgGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGaaaa > 2:2102829/1‑76 (MQ=255) ctgGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGaaaa < 1:2345520/76‑1 (MQ=255) ctgGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGaaaa > 1:1929978/1‑76 (MQ=255) tgGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAAc < 1:1171950/76‑1 (MQ=255) tgGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAAc > 1:3080706/1‑76 (MQ=255) tgGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTGCGGCTATCCGCATGTTCAACCTGAAAAc > 1:4017930/1‑76 (MQ=255) ggTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACg < 2:2059433/76‑1 (MQ=255) gTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGc > 1:2611149/1‑76 (MQ=255) tGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGcc < 1:1513695/76‑1 (MQ=255) tGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGcc > 1:3079310/1‑76 (MQ=255) tGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCggg > 2:4026150/1‑76 (MQ=255) tGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCggg < 2:3922164/76‑1 (MQ=255) tGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATCGTCAACCTGAAAACGCCggg > 2:3314019/1‑76 (MQ=255) gggCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCgggc > 2:4358849/1‑75 (MQ=255) gggCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGt > 1:1909904/1‑76 (MQ=255) gtcGTTATCTTCTTGGCTATCTACTTTGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCTCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTc < 1:1003005/74‑1 (MQ=255) ggCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTc < 2:1892011/76‑1 (MQ=255) ggCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTGCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCTGGTc < 2:3606312/76‑1 (MQ=255) gTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTg > 1:3790296/1‑76 (MQ=255) tATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGaa < 2:3446181/76‑1 (MQ=255) tATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGaa < 2:1497986/76‑1 (MQ=255) aTCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAg > 1:4686146/1‑76 (MQ=255) aTCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAg > 1:3413777/1‑76 (MQ=255) tcttctTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGa > 1:1833158/1‑76 (MQ=255) tcttctTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGa > 2:976382/1‑76 (MQ=255) tcttctTCGCTATCTACTTCGTGGGGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACTCCGGGTCGTGAAGa > 2:1582726/1‑76 (MQ=255) ttcttcGCTCTCTACTTCGTGTTGTTCCGTTCGGTTATCCGCATGTTCCCCCTTCAACCGCCGGGTCGTGAAGAtc > 2:3934107/1‑75 (MQ=255) ttcttcGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATa > 1:2051477/1‑76 (MQ=255) ttcttcGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATa > 2:3924159/1‑76 (MQ=255) tcttcGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATaa > 1:4858241/1‑76 (MQ=255) tcGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAaaga > 2:875264/1‑76 (MQ=255) ctcTATCTACTTCGGGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAaagaa < 2:89102/74‑1 (MQ=39) gCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAaagaag > 1:590186/1‑76 (MQ=255) gCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAaagaag < 1:3730584/76‑1 (MQ=255) gCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAaagaag < 1:4427386/76‑1 (MQ=255) gCTATCTACTTCGTGGTGGTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAaagaag < 2:4524809/76‑1 (MQ=255) acgaTCTACATCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTGAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAaagaag < 2:3674792/73‑1 (MQ=38) cTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAagaaga > 2:2413879/1‑76 (MQ=255) cTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAagaaga > 2:2370821/1‑76 (MQ=255) cTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAagaaga < 1:1195282/76‑1 (MQ=255) tATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGAc < 2:1977758/76‑1 (MQ=255) tCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCGTGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACga < 1:3186631/76‑1 (MQ=39) tCTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCTGGTCGTGAATATCAAGAAGACga > 2:1012588/1‑76 (MQ=255) cTACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACgag < 2:2051476/76‑1 (MQ=255) tACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACgaga > 1:2448533/1‑76 (MQ=255) tACTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACgaga > 1:75810/1‑76 (MQ=255) cTTCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATc > 2:4730503/1‑76 (MQ=255) ttCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATCAAGAAGACGAGATCg > 2:1308366/1‑76 (MQ=255) ttCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCg > 1:4263646/1‑76 (MQ=255) ttCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCg > 2:4493512/1‑76 (MQ=255) tCGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGt < 1:3750642/76‑1 (MQ=255) cGTGGTGTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGtt > 1:3290356/1‑76 (MQ=255) tggtgTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTAc < 1:197034/76‑1 (MQ=255) tggtgTTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTAc < 1:28815/76‑1 (MQ=255) gtgtTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTg < 2:3281931/76‑1 (MQ=255) tgtTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTga > 2:4569021/1‑76 (MQ=255) ggtTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTga < 2:1583183/75‑1 (MQ=255) gtTCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTgaa < 1:2883408/76‑1 (MQ=255) ttCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTgaag > 1:701858/1‑76 (MQ=255) ttCAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTgaag < 1:823252/76‑1 (MQ=255) cAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTgaagaa > 2:342704/1‑76 (MQ=255) cAGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTgaagaa > 1:1358137/1‑76 (MQ=255) aGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTgaagaac > 2:4829966/1‑75 (MQ=255) aGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGaagaag < 1:4373508/76‑1 (MQ=255) aGTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGaagaag < 1:1020081/76‑1 (MQ=255) gTTCGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGc < 2:3790296/76‑1 (MQ=255) | GCCAGCCAGAACGTCTGGATGCTGCTGGTGATGGGCGTTATCTTCTTCGCTATCTACTTCGTGGTGTTCAGTTTGGTTATCCGCATGTTCAACCTGAAAACGCCGGGTCGTGAAGATAAAGAAGACGAGATCGTTACTGAAGAAGC > NC_000913/704163‑704308 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |