| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,734,264 | 2 bp→GC | coding (542‑543/825 nt) | bax ← | putative ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,734,264 | 0 | C | G | 99.2% | 350.3 / NA | 134 | S181C (TCG→TGC) | bax | putative ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (72/60); minor base T (0/1); total (73/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 3,734,265 | 0 | G | C | 99.2% | 354.2 / ‑6.0 | 134 | S181C (TCG→TGC) | bax | putative ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (72/61); total (73/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
TCTTTGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATCGATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCAACCGCTTTCTGCTGC > NC_000913/3734196‑3734332 || tCTTTGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCa > 2:1327015/1‑76 (MQ=255)tCTTTGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCa > 1:846708/1‑76 (MQ=255)tCTTTGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCa < 1:510088/76‑1 (MQ=255) cTTTGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCAt < 1:2478521/76‑1 (MQ=255) tGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGcc < 1:505249/76‑1 (MQ=255) tGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGcc > 1:4011348/1‑76 (MQ=255) tGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGcc > 2:2993150/1‑76 (MQ=255) aCAGAGCTAAACTGTGATTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGa < 2:1357096/76‑1 (MQ=255) 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< 1:1327016/76‑1 (MQ=255) aCCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGAc > 2:4747817/1‑76 (MQ=255) aCCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGAc < 1:1603216/76‑1 (MQ=255) aCCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGAc > 1:3207323/1‑76 (MQ=255) ccTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCCGCTTCGACg > 2:1625319/1‑76 (MQ=255) cTGGCGCATTGTTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTTTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGt < 2:2806472/76‑1 (MQ=255) cTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGt < 2:2984420/76‑1 (MQ=255) cTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGt < 2:2788237/76‑1 (MQ=255) tGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGtt > 1:2990643/1‑76 (MQ=255) tGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGtt < 2:528700/76‑1 (MQ=255) 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cTTTCATGCATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCAACCGCTTTCtgctgc > 2:5347/1‑76 (MQ=255) || TCTTTGACAGAACTAAACTGTGAGTACCCTTTCACTTTACCTGGCGCATTGGTACAACGTCCTTTCATCGATTTCATGCCGAACAGGTTGTTGTTGTTGCGCGCCAGCTTCGACGTTCCCCAACCGCTTTCTGCTGC > NC_000913/3734196‑3734332 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |