| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 1281291 | 27 (0.330) | 5 (0.070) | 4/86 | NT | 12.1% | intergenic (+366/‑150) | narK/narG | nitrate/nitrite transporter/nitrate reductase 1, alpha subunit |
| ? | W3110S.gb | = 1281300 | 49 (0.690) | intergenic (+375/‑141) | narK/narG | nitrate/nitrite transporter/nitrate reductase 1, alpha subunit | |||||
TTTAAATAACTACAGGTATAAAACGTCTTAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATCCCCATCACTCTTGATCGTTATCAATTCCCACGCTGT > W3110S.gb/1281223‑1281361 | tttAAAGAACTACAGGTATAAAACGTCTTAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTAAAg > 1:4078/1‑71 (MQ=255) tAAATAACTACAGGTATAAAACGTCTTAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCGTAAAggg > 1:5917401/1‑71 (MQ=255) aaaTAACTACAGGTATAAAACGTCTTAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTAAAgggg > 1:7002161/1‑71 (MQ=255) aCTACAGGTATAAAACGTCTTAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTAAAGGGGTATCt > 1:7048763‑M2/1‑70 (MQ=255) aCTACAGGTATAAAACGTCTTAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTAAAGGGGTATCt > 1:6969578‑M2/1‑70 (MQ=255) cAGGTATAAAACGTCTTAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTAAgatacccctttagg < 1:273665‑M1/71‑15 (MQ=255) aGGTATAAAACGTCTTAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTAAgatacccctttagga < 1:3380445‑M1/71‑16 (MQ=255) aGGTATAAAACGTCTTAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTAAAGGGGTATCatag < 1:7903194‑M2/69‑5 (MQ=255) aaaCGTCTTAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTAAAg > 1:7371990/1‑51 (MQ=255) aaaCGTCTTAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACt > 1:1715279/1‑71 (MQ=255) aaCGTCTTAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTAAAGGGGTATCt > 1:2278388‑M2/1‑57 (MQ=255) aaCGTCTTAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTAAAGGGGTATCt > 1:5723965‑M2/1‑57 (MQ=255) aCGTCTTAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTAAAGGGGTATCttagga > 1:4681204‑M2/1‑56 (MQ=255) aCGTCTTAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACttt < 1:4339956/71‑1 (MQ=255) gTCTTAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTAt < 1:6166466/71‑1 (MQ=255) gTCTTAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTAt < 1:4449188/71‑1 (MQ=255) cTTAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTAAAg < 1:4185511/45‑1 (MQ=255) cTTAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTAttt > 1:6022363/1‑71 (MQ=255) cTTAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTAttt > 1:5667363/1‑71 (MQ=255) ttAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTAttt > 1:3514217/1‑70 (MQ=255) ttACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATc > 1:4439584/1‑71 (MQ=255) tACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTaaa > 1:5990611/1‑37 (MQ=255) tACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTaaa > 1:1609066/1‑37 (MQ=255) cAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTAAgatacccctttaggat < 1:4665295‑M1/50‑17 (MQ=255) aGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTAAgatacccctttaggataa > 1:1452660‑M1/1‑33 (MQ=255) aGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTAAgatacccctttaggataa > 1:2331977‑M1/1‑33 (MQ=255) gTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATCCCCAt < 1:2599926/71‑1 (MQ=255) ttATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATCCCCATCActc < 1:7507649/71‑1 (MQ=255) ttATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATCCCCATCActc > 1:7417978/1‑71 (MQ=255) tggCTGTTAATTATCCTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATCCCCATCACTCTTGATCGt < 1:4219482/71‑1 (MQ=255) tggCTGTTAATTATCCTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATCCCCATCACTCTTGATCGt < 1:6146172/71‑1 (MQ=255) ggCTGTTAATTATCCTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATCCCCATCACTCTTGATCGt > 1:372164/1‑70 (MQ=255) gCTGTTAATTATCCTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATCCCCATCACTCTTGATCGt > 1:5088583/1‑69 (MQ=255) cTGTTAATTATCCTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATCCCCATCACTCtt < 1:1497621/62‑1 (MQ=255) cTGTTAATTATCCTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATCCCAATCACTCTTGATCGTTAt < 1:7849322/71‑1 (MQ=255) ttAATTATCCTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTAtttt < 1:3294124/42‑1 (MQ=255) ttAATTATCCTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATcccc < 1:2510227/50‑1 (MQ=255) tAATTATCCTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATCCCCATCACTCTTGATCGTTATCAAt > 1:3622306/1‑71 (MQ=255) aaTTATCCTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATCCCCATCACTCTTGATCGtt < 1:114925/64‑1 (MQ=255) aaTTATCCTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATCCCCATCACTCTTGATCGTTAt > 1:3963380/1‑66 (MQ=255) aaTTATCCTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATCCCCATCACTCTTGATCGTTAt > 1:174102/1‑66 (MQ=255) aaTTATCCTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATCCCCATCACTCTTGATCGTTATCAAtt > 1:2868977/1‑71 (MQ=255) ttATCCTAAAGGGGTATCttaggataattaacagccaccacataacagact > 1:1452660‑M2/1‑18 (MQ=255) ttATCCTAAAGGGGTATCttaggataattaacagccaccacataacagact > 1:2331977‑M2/1‑18 (MQ=255) ttATCCTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATCCCCATCACTCTTGATCGTTATCAATTcc > 1:7243379/1‑71 (MQ=255) ttATCCTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATCCCCATCACTCTTGATCGTTATCAATTcc > 1:2628037/1‑71 (MQ=255) ttATCCTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATCCCCATCACTCTTGATCGTTATCAATTcc > 1:6457234/1‑71 (MQ=255) aTCCTAAAGGGGTATCttaggataattaacagccaccacataacagactg < 1:4665295‑M2/50‑35 (MQ=255) tCCTAAgatacccctttaggataattaacagccaccacataacagactgtaaattaagacgt > 1:4681204‑M1/1‑6 (MQ=255) tCCTAAAGGGGTATCttaggataattaacagccaccacataacagactgtaaattaagacgttttatacct < 1:3380445‑M2/71‑57 (MQ=255) ccTAAAGGGGTATCttaggataattaacagccaccacataacagactgtaaattaagacgttttatacctg < 1:273665‑M2/71‑58 (MQ=255) ccTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTAttttt > 1:7736854/1‑35 (MQ=255) ccTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATCCCCATCACTCTTGATCGTTATCAATTCCCACg > 1:3830198/1‑71 (MQ=255) cTATgatacccctttaggataattaacagccaccacataacagactgtaaattaagacgttttatacct < 1:7903194‑M1/69‑66 (MQ=255) cTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATCCCCATCACTCTTGATCGTTAt > 1:5062288/1‑59 (MQ=255) cTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATCCCCATCACTCTTGATCGTTATc > 1:3622499/1‑60 (MQ=255) cTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATCCCCATCACTCTTGATCGTTATc > 1:6246661/1‑60 (MQ=255) cTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATCCCCATCACTCTTGATCGTTATCAATTCCCACGc > 1:5214637/1‑71 (MQ=255) cTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATCCCCATCACTCTTGATCGTTATCAATTCCCACGc > 1:7189927/1‑71 (MQ=255) tAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATCCCCATCACTCTTGATCGTTATCAATTCCCACGCt > 1:6715218/1‑71 (MQ=255) agatacccctttaggataattaacagccaccacataacagactgtaaattaagacgttttatacctgtagt > 1:6969578‑M1/1‑1 (MQ=255) agatacccctttaggataattaacagccaccacataacagactgtaaattaagacgttttatacctgtagt > 1:7048763‑M1/1‑1 (MQ=255) agatacccctttaggataattaacagccaccacataacagactgtaaattaagacgtt > 1:5723965‑M1/1‑1 (MQ=255) agatacccctttaggataattaacagccaccacataacagactgtaaattaagacgtt > 1:2278388‑M1/1‑1 (MQ=255) aaGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATcccc > 1:1714119/1‑38 (MQ=255) aaGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATCCCCATCACTCTTGATCg > 1:5858160/1‑52 (MQ=255) aaGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATCCCCATCACTCTTGATCGTTATCAATTCCCACGCt > 1:2009452/1‑69 (MQ=255) aaGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATCCCCATCACTCTTGATCGTTATCAATTCCCACGCTGt > 1:7172379/1‑71 (MQ=255) aaGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATCCCCATCACTCTTGATCGTTATCAATTCCCACGCTGt > 1:736156/1‑71 (MQ=255) aaGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATCCCCATCACTCTTGATCGTTATCAATTCCCACGCTGt < 1:2828014/71‑1 (MQ=255) aaGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATCCCCATCACTCTTGATCGTTATCAATTCCCACGCTGt > 1:5238722/1‑71 (MQ=255) aaGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATACCCATCACTCTTGATCg > 1:4461413/1‑52 (MQ=255) | TTTAAATAACTACAGGTATAAAACGTCTTAATTTACAGTCTGTTATGTGGTGGCTGTTAATTATCCTAAAGGGGTATCTTAGGAATTTACTTTATTTTTCATCCCCATCACTCTTGATCGTTATCAATTCCCACGCTGT > W3110S.gb/1281223‑1281361 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |