| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 2018571 = | 9 (0.110) | 53 (0.690) | 35/92 | NT | 86.3% | coding (567/687 nt) | fliH | flagellar biosynthesis protein |
| ? | W3110S.gb | 2519723 = | NA (NA) | intergenic (+33/‑54) | nupC/insL | nucleoside (except guanosine) transporter/predicted transposase | |||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
CCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTC > W3110S.gb/2018502‑2018640 | gtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg < 1:412533‑M1/2‑1 (MQ=255)gtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg > 1:3094452‑M1/70‑71 (MQ=255)gtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg > 1:7342908‑M1/70‑71 (MQ=255)gtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg > 1:3292833‑M1/70‑71 (MQ=255)cccGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCggg < 1:4466581/71‑1 (MQ=255)cccGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCgg < 1:5837110/70‑1 (MQ=255) gatgatCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGa < 1:5985714/71‑1 (MQ=255) gagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGa > 1:7765148‑M1/66‑71 (MQ=255) gagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGa > 1:2039655‑M1/66‑71 (MQ=255) atgatCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGAt < 1:7644780/71‑1 (MQ=255) atCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATcc > 1:3538133/1‑70 (MQ=255) atCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATcc > 1:2790294/1‑70 (MQ=255) tCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCa > 1:6645039/1‑71 (MQ=255) tCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCa > 1:6894622/1‑71 (MQ=255) tCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCa > 1:448243/1‑71 (MQ=255) ttcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCAc > 1:3738302‑M1/60‑71 (MQ=255) tcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCAcc < 1:3642889‑M1/13‑1 (MQ=255) tcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatg < 1:5057867‑M1/1‑1 (MQ=255) tcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTc < 1:4240054‑M1/16‑1 (MQ=255) aaCGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCata < 1:3174432‑M1/71‑4 (MQ=255) aCGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCat > 1:3829268‑M1/1‑67 (MQ=255) ggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg < 1:1560377‑M1/3‑1 (MQ=255) ggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg < 1:5375559‑M1/3‑1 (MQ=255) gtgtGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagc > 1:6249031‑M1/1‑65 (MQ=255) tgtgGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCgg > 1:3405533/1‑52 (MQ=255) tgtgGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCgg > 1:3131002/1‑52 (MQ=255) tgtgGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCgg > 1:7444079/1‑52 (MQ=255) tgtgGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataag < 1:793414‑M1/69‑6 (MQ=255) aaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg < 1:6609541‑M1/2‑1 (MQ=255) aaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg < 1:6988644‑M1/2‑1 (MQ=255) gatATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgct < 1:1377416‑M1/66‑10 (MQ=255) atcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTggcggc > 1:1401847‑M1/44‑71 (MQ=255) tcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCa < 1:1490141‑M1/11‑1 (MQ=255) tatGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaa < 1:5432825‑M1/71‑17 (MQ=255) tatGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaactt > 1:1080958‑M1/1‑55 (MQ=255) atGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCa < 1:1018064/52‑1 (MQ=255) gCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaa > 1:4543073‑M1/1‑52 (MQ=255) caggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg < 1:1846650‑M1/2‑1 (MQ=255) caggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg < 1:5504939‑M1/2‑1 (MQ=255) ggCTCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttg > 1:2361907‑M1/1‑48 (MQ=255) ggCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttg < 1:5959265‑M1/70‑23 (MQ=255) ggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGtc > 1:6235550‑M1/35‑71 (MQ=255) gcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGtct > 1:4613924‑M1/34‑71 (MQ=255) gcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGtct > 1:1375581‑M1/34‑71 (MQ=255) gtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTa > 1:4687266‑M1/32‑63 (MQ=255) tACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccat > 1:1594935‑M1/1‑43 (MQ=255) aataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTaa < 1:3693110‑M1/33‑1 (MQ=255) aCCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatc > 1:4814836‑M1/1‑42 (MQ=255) ataccacaacccttatgttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTccgcc > 1:7533396‑M1/29‑71 (MQ=255) ataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGtctc < 1:4129629‑M1/39‑1 (MQ=255) ataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGtctc < 1:5192853‑M1/39‑1 (MQ=255) ataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGtct < 1:6271498‑M1/38‑1 (MQ=255) ataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTccgcc > 1:7682693‑M1/29‑71 (MQ=255) taccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTccgccg > 1:2400344‑M1/28‑71 (MQ=255) taccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTccgcc < 1:4993346‑M1/43‑1 (MQ=255) cTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataatcgctaacttaagggttgaaccatct < 1:6593816‑M1/70‑31 (MQ=255) cTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatct < 1:380832‑M1/70‑31 (MQ=255) ttAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatct > 1:3400833‑M1/1‑39 (MQ=255) ttAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatct > 1:3456133‑M1/1‑39 (MQ=255) tAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctg > 1:5296184‑M1/1‑38 (MQ=255) ccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTc > 1:3337140‑M1/26‑41 (MQ=255) aaGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctg > 1:7156927‑M1/1‑37 (MQ=255) acaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTggcggc < 1:4354364‑M1/28‑1 (MQ=255) acaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATg < 1:3363709‑M1/47‑1 (MQ=255) acaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGa > 1:1759341‑M1/24‑71 (MQ=255) acaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGG‑GGCTGTAAAGTCTCCGCCGATg < 1:6106596‑M1/46‑1 (MQ=255) caacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGAt > 1:1160785‑M1/23‑68 (MQ=255) tGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaaga > 1:2584044‑M1/1‑32 (MQ=255) cccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATg > 1:3050617‑M1/20‑66 (MQ=255) ccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCg > 1:3322505‑M1/19‑71 (MQ=255) tggctggcGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacg > 1:6823202‑M1/1‑28 (MQ=255) tggctggcGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacg > 1:1511363‑M1/1‑28 (MQ=255) tggctggcGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacg > 1:2978738‑M1/1‑28 (MQ=255) tggctggcGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgac > 1:2564656‑M1/1‑28 (MQ=255) tggctggcGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggtt < 1:7510967‑M1/49‑22 (MQ=255) taagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGAtc < 1:3146675‑M1/56‑1 (MQ=255) ggctggcGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgc > 1:4895870‑M1/1‑27 (MQ=255) aagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGAtc > 1:1353553‑M1/15‑70 (MQ=255) agttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGAtct < 1:6918418‑M1/57‑1 (MQ=255) gttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGt > 1:4318062‑M1/13‑48 (MQ=255) tggcGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctc > 1:7418043‑M1/1‑24 (MQ=255) gcgcTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctc < 1:39377‑M1/69‑48 (MQ=255) agcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGtct > 1:4910268‑M1/10‑47 (MQ=255) gcTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtg > 1:1538145‑M1/1‑20 (MQ=255) gcTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtg > 1:882151‑M1/1‑20 (MQ=255) cTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgc > 1:6783778‑M1/1‑19 (MQ=255) cTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcc < 1:1803425‑M1/64‑46 (MQ=255) ttGCGGGGCGATCCAACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaat > 1:5326048‑M1/1‑18 (MQ=255) ttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAgt < 1:2283748‑M1/67‑1 (MQ=255) tGCGGGGCGATCCCCCCataagcgctaacttaagggttgcaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcct > 1:6721804‑M1/1‑17 (MQ=255) tatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAgtg < 1:5533432‑M1/68‑1 (MQ=255) gCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctc > 1:6153655‑M1/1‑16 (MQ=255) cGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaa > 1:6171396‑M1/1‑15 (MQ=255) cGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaa > 1:5947129‑M1/1‑15 (MQ=255) cGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaa > 1:4067181‑M1/1‑15 (MQ=255) cGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaa > 1:3721430‑M1/1‑15 (MQ=255) cGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctg > 1:5643183‑M1/1‑15 (MQ=255) atGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTACAGTCTCCGCCGATGAAGGCGAt > 1:5111928‑M1/3‑57 (MQ=255) atGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAgtg > 1:7322124‑M1/3‑70 (MQ=255) ggggCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgt > 1:2671409‑M1/1‑14 (MQ=255) | CCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTC > W3110S.gb/2018502‑2018640 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |