New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | W3110S.gb | 3790748 = | 84 (1.030) | 8 (0.110) | 4/86 | NT | 10.5% | coding (468/1503 nt) | uhpB | sensory histidine kinase in two‑component regulatory sytem with UhpA |
? | W3110S.gb | 3790779 = | 62 (0.870) | coding (499/1503 nt) | uhpB | sensory histidine kinase in two‑component regulatory sytem with UhpA |
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
ACGGCAAAGAGTCGTGGAATGCGCTGTTGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGCTGCCGCTCGGTCCGTCACTGGTTTCTCAGCCAATC > W3110S.gb/3790678‑3790817 | agtaccagaccagatgtcgcccgcgccagttgattggctgagaaaccagtgacggaccgagcggcagccag > 1:6456665‑M1/71‑71 (MQ=255) agtaccagaccagatgtcgcccgcgccagttgattggctgagaaaccagtgacggaccgagcggcagccag > 1:4942017‑M1/71‑71 (MQ=255) ggCAAAGAGTCGTGGAATGCGCTGTTGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGgt > 1:1131330/1‑71 (MQ=255) gCAAAGAGTCGTGGAATGCGCTGTTGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGgtg < 1:1192572/71‑1 (MQ=255) ccagaccagatgtcgcccgcgccagttgattggctgagaaaccagtgacggaccgagcggcagccaGgtgt > 1:5169159‑M1/67‑71 (MQ=255) ccagaccagatgtcgcccgcgccagttgattggctgagaaaccagtgacggaccgagcggcagccaGgtgt > 1:1917682‑M1/67‑71 (MQ=255) cAAAGAGTCGTGGAATGCGCTGTTGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTg < 1:5287935/67‑1 (MQ=255) aaGAGTCGTGGAATGCGCTGTTGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTc > 1:3532755/1‑71 (MQ=255) agagTCGTGGAATGCGCTGTTGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCt > 1:3788492/1‑71 (MQ=255) tCGTGGAATGCGCTGTTGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCa < 1:952482/71‑1 (MQ=255) tCGTGGAATGCGCTGTTGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCa < 1:3286139/71‑1 (MQ=255) tCGTGGAATGCGCTGTTGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCa < 1:2802531/71‑1 (MQ=255) gTGGAATGCGCTGTTGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCAc > 1:5037145/1‑70 (MQ=255) gTGGAATGCGCTGTTGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACt < 1:5246221/71‑1 (MQ=255) gTGGAATGCGCTGTTGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACt < 1:6213241/71‑1 (MQ=255) gTGGAATGCGCTGTTGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACt < 1:5382710/71‑1 (MQ=255) gAATGCGCTGTTGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTc > 1:7890691/1‑61 (MQ=255) gAATGCGCTGTTGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTAtc > 1:6853778/1‑71 (MQ=255) gAATGCGCTGTTGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTAtc > 1:7758325/1‑71 (MQ=255) gAATGCGCTGTTGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTAtc > 1:4529789/1‑71 (MQ=255) gcccgcgccagttgattggctgagaaaccagtgacggaccgagcggcagcctGGTGTTCTGGCACTAtctc < 1:7216317‑M1/19‑1 (MQ=255) cgcTGTTGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGcc < 1:7737830/71‑1 (MQ=255) cTGTTGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCaa > 1:2254995/1‑71 (MQ=255) cTGTTGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCaa > 1:209009/1‑71 (MQ=255) tGTTGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTTTTCTgg > 1:3387067/1‑56 (MQ=255) tGTTGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCt < 1:6804971/54‑1 (MQ=255) ttGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAAt < 1:3143177/69‑1 (MQ=255) ttGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATaa < 1:6513947/71‑1 (MQ=255) ttGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATaa < 1:5372536/71‑1 (MQ=255) ttGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATaa > 1:2731577/1‑71 (MQ=255) gCTGACTTTAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAaca > 1:3712011/1‑71 (MQ=255) tGACTTTAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCaa < 1:4456554/64‑1 (MQ=255) tGACTTTAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAac > 1:6691777/1‑68 (MQ=255) gattggctgagaaaccagtgacggaccgagcggcagccag < 1:3699657‑M1/1‑1 (MQ=255) aCTTTAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGc > 1:4758684/1‑59 (MQ=255) cTTTAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTgg > 1:3815469/1‑71 (MQ=255) tttAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCt < 1:7742212/44‑1 (MQ=255) tttAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCt < 1:4468270/68‑1 (MQ=255) tttAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCt < 1:4926772/68‑1 (MQ=255) ttAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCg < 1:6631112/55‑1 (MQ=255) tAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCg > 1:798886/1‑54 (MQ=255) tAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTgg > 1:7041517/1‑68 (MQ=255) tAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGCTg > 1:6139739/1‑71 (MQ=255) aaCTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGCTg < 1:1611066/70‑1 (MQ=255) tGGCGGCCTGACGCGGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTgg < 1:775559/40‑1 (MQ=255) agaaaccagtgacggaccgagcggcagccaGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAaca < 1:6503253‑M1/29‑1 (MQ=255) agaaaccagtgacggaccgagcggcagccaGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAaca < 1:2042169‑M1/29‑1 (MQ=255) ggcggcCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGGGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAac < 1:7742532/57‑1 (MQ=255) gcggcCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGcc > 1:3051235/1‑39 (MQ=255) gcggcCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATaa > 1:5631665/1‑55 (MQ=255) gcggcCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGCTGCCGCt < 1:5516669/70‑1 (MQ=255) gcggcCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGCTGCCGCTc > 1:5444302/1‑71 (MQ=255) gcggcCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTATGGCa > 1:7084073/1‑40 (MQ=255) aaaccagtgacggaccgagcggcagccaGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAAt > 1:5809952‑M1/29‑53 (MQ=255) aaaccagtgacggaccgagcggcagccaGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAAt > 1:4944161‑M1/29‑53 (MQ=255) aaaccagtgacggaccgagcggcagccaGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAAt > 1:1847807‑M1/29‑53 (MQ=255) ggcCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGCTGCCGCTCgg < 1:4318859/71‑1 (MQ=255) gcCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGCTGCCGCTCGGt > 1:2776094/1‑71 (MQ=255) cagtgacggaccgagcggcagccaGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAacac < 1:7004064‑M1/30‑1 (MQ=255) cagtgacggacagagcggcagccaGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAacac < 1:1458092‑M1/30‑1 (MQ=255) cTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGCTGCCGCTCGGTcc < 1:4581488/71‑1 (MQ=255) cTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGCTGCCGCTCGGTcc > 1:2475927/1‑71 (MQ=255) tGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAAt < 1:5418102/47‑1 (MQ=255) gACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAacac < 1:4947413/51‑1 (MQ=255) gACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAacac < 1:5999150/51‑1 (MQ=255) gACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAacac < 1:7082027/51‑1 (MQ=255) gACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGCTGCCGCTCGGTCCGt > 1:6414000/1‑71 (MQ=255) gACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGCTGCCGCTCGGTCCGt > 1:1126651/1‑71 (MQ=255) gACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGCTGCCGCTCGGTCCGt > 1:1862881/1‑71 (MQ=255) gACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGCTGCCGCTCGGTCCGt > 1:4049873/1‑71 (MQ=255) aCGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGCTGCCGCTCGGTCCGt > 1:2069913/1‑70 (MQ=255) aCGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACAACTGGCTGCCGCTCGGTCCGt < 1:7106678/70‑1 (MQ=255) cGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCaa > 1:31688/1‑43 (MQ=255) cGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGCTg > 1:1558721/1‑56 (MQ=255) cGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGCTGCCTCTCGGTCCGTCa > 1:4095302/1‑71 (MQ=255) gCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGcc > 1:2010079/1‑40 (MQ=255) gCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGcc > 1:2172619/1‑40 (MQ=255) gCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCaa < 1:7595220/42‑1 (MQ=255) gCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCaa < 1:7905586/42‑1 (MQ=255) gCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGCTGCCGCTCGGTCCGTCAc > 1:2686792/1‑71 (MQ=255) tGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGCTGCCGCTCGGTCCGTCACTg > 1:7270195/1‑71 (MQ=255) gCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGCTGCCGCt < 1:2745163/56‑1 (MQ=255) gCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGCTGCCGCTCGGTCCGTCACTgg < 1:2425763/70‑1 (MQ=255) gCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGCTGCCGCTCGGTCCGTCACTg < 1:6081986/69‑1 (MQ=255) gCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGCTGCCGCTCGGTCCGTCACTg < 1:421246/69‑1 (MQ=255) gCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACATGGCTGCCGCTCGGTCCGTCACTGGt > 1:4058813/1‑71 (MQ=255) cccGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGc < 1:3992729/47‑1 (MQ=255) cccGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGc < 1:5005002/47‑1 (MQ=255) atatGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGCTGCCGCTCGGTCCGTCACTGGTTTCTCa < 1:1312628/71‑1 (MQ=255) tatGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGCTGCCGCTCGGTCCGTCACTGGTTTCTCAg > 1:1202824/1‑71 (MQ=255) tatGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGCTGCCGCTCGGTCCGTCACTGGTTTCTCAg > 1:2634719/1‑71 (MQ=255) tGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGCTGCCGCTCGGTCCGTCACTGGTTTCTCAGcc < 1:2917000/71‑1 (MQ=255) tGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGCTGCCGCTCGGTCCGTCACTGGTTTCTCAGcc < 1:7522758/71‑1 (MQ=255) tGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGCTGCCGCTCGGTCCGTCACTGGTTTCTCAGc > 1:1177780/1‑70 (MQ=255) gTCTGGTGTTCTGGCAGTATCTCGCCAATAACACCTGGCTGCCGCTCGGTCCGTCACTGGTTtctc > 1:1744200/1‑66 (MQ=255) gTCTGGTGTTATGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGCTGCCGCTAGGTCCg > 1:1893054/1‑53 (MQ=255) tCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGCTGCCGCTCGGTCCGTCACTGGTTTCTCAGCCa < 1:3632060/70‑1 (MQ=255) tGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGCTGCCGCTCGGTCCGTCACTGGTTTCTCAGCCAAt > 1:2784187/1‑70 (MQ=255) tGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGCTGCCGCTCGGTCCGTCACTGGTTTCTCAGCCAAt > 1:6171859/1‑70 (MQ=255) GGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGCTGCCGCTCGGTCCGTCACTGGTTTCTCAGCCAATc < 1:1381139‑M1/70‑1 (MQ=255) | ACGGCAAAGAGTCGTGGAATGCGCTGTTGCTGACTTTAACTGGCGGCCTGACGCTGGCCCCGATATGTCTGGTGTTCTGGCACTATCTCGCCAATAACACCTGGCTGCCGCTCGGTCCGTCACTGGTTTCTCAGCCAATC > W3110S.gb/3790678‑3790817 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |