| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 314453 = | 64 (0.790) | 54 (0.690) +TC |
32/94 | NT | 63.8% | coding (873/888 nt) | eaeH | attaching and effacing protein, pathogenesis factor |
| ? | W3110S.gb | 3932930 = | 0 (0.000) | coding (219/1608 nt) | dppA | dipeptide transporter | |||||
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
GCACCACCTATGACGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCTATACCTTCCATCTGCGT > W3110S.gb/3932860‑3932999 | gtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatca < 1:4956009‑M2/1‑1 (MQ=255) gtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatca < 1:5867797‑M2/1‑1 (MQ=255) gtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatca < 1:7749393‑M2/1‑1 (MQ=255) gtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatca < 1:3369910‑M2/1‑1 (MQ=255) gtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatca < 1:6661020‑M2/1‑1 (MQ=255) caccacCTATGACGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAg > 1:6170234/1‑71 (MQ=255) ccaccTATGACGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTg < 1:5135340/71‑1 (MQ=255) cACCTATGACGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGt > 1:877224‑M2/1‑70 (MQ=255) gtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATc > 1:4704315‑M2/65‑71 (MQ=255) cTATGACGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtga < 1:5673007‑M2/70‑4 (MQ=255) agtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCg > 1:167607‑M2/62‑71 (MQ=255) acctctgactgagagtttactcacttagcctcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGcc > 1:1441231‑M2/58‑71 (MQ=255) gCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGt < 1:4307272‑M2/61‑2 (MQ=255) ctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatca < 1:3760139‑M2/1‑1 (MQ=255) ctctTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccac < 1:4261764‑M2/71‑14 (MQ=255) ctctTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccac < 1:3914268‑M2/71‑14 (MQ=255) ctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGc > 1:5527783‑M2/54‑71 (MQ=255) tgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatca < 1:7078287‑M2/1‑1 (MQ=255) tgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatca < 1:6312335‑M2/1‑1 (MQ=255) ctTCCGTCCCGCTTTATAACCGT‑‑GGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcct < 1:7149495‑M2/61‑8 (MQ=255) ttCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacg < 1:4167140‑M2/69‑15 (MQ=255) ttCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtg < 1:2999945‑M2/57‑3 (MQ=255) actgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTg > 1:7588172‑M2/51‑70 (MQ=255) actgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTg < 1:4764437‑M2/20‑1 (MQ=255) ccGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaa < 1:4591735‑M2/70‑18 (MQ=255) ccGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaa > 1:7491076‑M2/1‑53 (MQ=255) ccGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaa < 1:7801379‑M2/70‑18 (MQ=255) ccGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaa > 1:5186788‑M2/1‑53 (MQ=255) ccGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacc < 1:4650905‑M2/63‑11 (MQ=255) tgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGaa < 1:2579435‑M2/22‑1 (MQ=255) cGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaata < 1:5407357‑M2/71‑20 (MQ=255) tCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatg > 1:7290746‑M2/1‑50 (MQ=255) tCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaata > 1:4875009‑M2/1‑50 (MQ=255) agagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAg < 1:2903641‑M2/25‑1 (MQ=255) agagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAg < 1:689119‑M2/25‑1 (MQ=255) gagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatca > 1:1388900‑M2/46‑46 (MQ=255) agtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTg < 1:6396736‑M2/27‑1 (MQ=255) gtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAg < 1:2694865‑M2/25‑1 (MQ=255) ttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTggg > 1:1637584‑M2/42‑70 (MQ=255) tataACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGaa < 1:2456513/39‑1 (MQ=255) tataACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGaa < 1:5259449/39‑1 (MQ=255) tataACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacag > 1:6030459‑M2/1‑42 (MQ=255) ataACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacag > 1:6218933‑M2/1‑41 (MQ=255) taACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTg < 1:2024320/40‑1 (MQ=255) acttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGaaaa > 1:6104001‑M2/36‑59 (MQ=255) acttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTc < 1:2353241‑M2/34‑1 (MQ=255) acttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCa < 1:3566720‑M2/35‑1 (MQ=255) acttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCa < 1:7795135‑M2/35‑1 (MQ=255) acttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAg > 1:1007154‑M2/36‑71 (MQ=255) aaCCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGt < 1:4549498/38‑1 (MQ=255) cttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCggg < 1:1901581‑M2/12‑1 (MQ=255) aCCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcct > 1:3629520‑M2/1‑38 (MQ=255) aCCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcct > 1:5381125‑M2/1‑38 (MQ=255) tCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatc > 1:7480102‑M2/1‑34 (MQ=255) gccgcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGaa < 1:960850‑M2/40‑1 (MQ=255) ggTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctaccca > 1:1200500‑M2/1‑31 (MQ=255) gcgtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGAc < 1:4708710‑M2/43‑1 (MQ=255) gTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggt < 1:7023446‑M2/71‑42 (MQ=255) ttGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcg > 1:5620341‑M2/1‑29 (MQ=255) gtgtccactattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACgg > 1:7627614‑M2/26‑70 (MQ=255) tGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcct > 1:2810375‑M2/1‑28 (MQ=255) aaTTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttctt < 1:7227731‑M2/71‑46 (MQ=255) aTTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaataaggacacaggcctaag < 1:5559099‑M2/60‑36 (MQ=255) tttAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgt > 1:582519‑M2/1‑24 (MQ=255) tttAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaa > 1:2949647‑M2/1‑24 (MQ=255) ttAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgtt < 1:2302801‑M2/71‑49 (MQ=255) actattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAAc > 1:1311476‑M2/20‑70 (MQ=255) tAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttt < 1:1999206‑M2/71‑50 (MQ=255) tAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacg < 1:816439‑M2/36‑15 (MQ=255) tAAAATCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacg < 1:3042055‑M2/36‑15 (MQ=255) ctattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCg < 1:6148177‑M2/17‑1 (MQ=255) ctattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGaa < 1:1864251‑M2/22‑1 (MQ=255) ctattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCt < 1:5552508‑M2/53‑1 (MQ=255) tattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCta > 1:6599984‑M2/18‑71 (MQ=255) tattgctgggtaagatcAGTGATCCCGGCCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCta > 1:5788398‑M2/18‑71 (MQ=255) attgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCta > 1:1494934‑M2/17‑70 (MQ=255) aaaTCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttc > 1:2938003‑M2/1‑20 (MQ=255) aaaTCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgtttt > 1:4907999‑M2/1‑20 (MQ=255) aaaTCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacagg < 1:740336‑M2/49‑30 (MQ=255) aaaTCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacagg < 1:2778295‑M2/49‑30 (MQ=255) ttgctgggtaagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCtata > 1:6700125‑M2/16‑71 (MQ=255) aaTCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttc < 1:5900576‑M2/70‑52 (MQ=255) aaTCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcga > 1:2047667‑M2/1‑19 (MQ=255) aaTCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcga > 1:4938065‑M2/1‑19 (MQ=255) aTCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttca < 1:6422723‑M2/70‑53 (MQ=255) tCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaag > 1:6926076‑M2/1‑17 (MQ=255) tCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaag > 1:4137114‑M2/1‑17 (MQ=255) tCGGCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatat < 1:2269235‑M2/37‑21 (MQ=255) ggCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgag < 1:178869‑M2/54‑40 (MQ=255) gCACCACCGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttcaaattg > 1:7566200‑M2/1‑14 (MQ=255) accaccGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttcaaattgtt > 1:3174590‑M2/1‑12 (MQ=255) accaccGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggttcttgttttcaaattgtt > 1:4562585‑M2/1‑12 (MQ=255) taagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCTATACCTTCCAt > 1:1157240‑M2/8‑71 (MQ=255) taagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCTATACCTTCCAt > 1:6115845‑M2/8‑71 (MQ=255) ccaccGAAGTGtgatcctacccacgtaatatggacacaggcctaagcgaggt > 1:4077667‑M2/1‑11 (MQ=255) aagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGa > 1:2202646‑M2/7‑48 (MQ=255) aagatcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGa > 1:215982‑M2/7‑48 (MQ=255) atcAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTaaaa > 1:3488544‑M2/4‑53 (MQ=255) cAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCTATAc > 1:1009293‑M2/2‑58 (MQ=255) cAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCTATACCTTCCATCTGCg > 1:7686979‑M2/2‑70 (MQ=255) | GCACCACCTATGACGCCTCTTCCGTCCCGCTTTATAACCGTCTGGTTGAATTTAAAATCGGCACCACCGAAGTGATCCCGGGCCTCGCTGAAAAGTGGGAAGTCAGCGAAGACGGTAAAACCTATACCTTCCATCTGCGT > W3110S.gb/3932860‑3932999 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |