| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 566000 = | NA (NA) | 118 (1.450) | 58/98 | NT | 100% | intergenic (+90/‑56) | ybcD/insE | DLP12 prophage region; ECK0532:JW0527:b4508; predicted replication protein fragment/IS3 element protein InsE |
| ? | W3110S.gb | = 576913 | 0 (0.000) | coding (78/498 nt) | ybcS | predicted lysozyme | |||||
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
ATCATTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTATGGA > W3110S.gb/576844‑576983 | cagtcctgaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTg > 1:1326965‑M2/68‑71 (MQ=255)atcatTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTt < 1:935400‑M2/71‑2 (MQ=255) agtccggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTgg > 1:2497013‑M2/67‑71 (MQ=255) tccggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGcc > 1:7829589‑M2/65‑71 (MQ=255) ttACGAAAAGCCGTTGCTTCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtg > 1:2294189‑M2/1‑66 (MQ=255) ccggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGcc > 1:3976259‑M2/64‑70 (MQ=255) ccggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGc > 1:3753259‑M2/64‑69 (MQ=255) aCGAAAAGCCGTTGCTGCTACTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACAtgat < 1:4067069‑M2/68‑5 (MQ=255) tgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACt < 1:7257638‑M2/3‑1 (MQ=255) cGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaa > 1:6451155‑M2/1‑55 (MQ=255) gaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGa > 1:4612975‑M2/52‑71 (MQ=255) gTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaat > 1:3921715‑M2/1‑54 (MQ=255) gctgctgctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagt < 1:4037746‑M2/71‑21 (MQ=255) caagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATg < 1:2027446‑M2/22‑1 (MQ=255) caagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTc > 1:3794279‑M2/47‑71 (MQ=255) gctgctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtgga < 1:4996716‑M2/71‑24 (MQ=255) ctgctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtgga < 1:2558344‑M2/70‑24 (MQ=255) ctgctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtgga < 1:5904483‑M2/70‑24 (MQ=255) ctgctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacc < 1:5172031‑M2/57‑11 (MQ=255) aacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGa < 1:3119208‑M2/29‑1 (MQ=255) acctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTgg > 1:555666‑M2/42‑69 (MQ=255) tATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaata > 1:6200764‑M2/1‑43 (MQ=255) ctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTg > 1:7005667‑M2/40‑43 (MQ=255) aTTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtg > 1:7183602‑M2/1‑42 (MQ=255) aTTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtg > 1:4421306‑M2/1‑42 (MQ=255) ttGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcgg < 1:5043486‑M2/71‑31 (MQ=255) ttGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcg > 1:5651083‑M2/1‑41 (MQ=255) tcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGgt > 1:5073658‑M2/39‑71 (MQ=255) ggtggCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatct < 1:4777709‑M2/45‑7 (MQ=255) gcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGgtg < 1:2347241‑M2/34‑1 (MQ=255) gtggCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggct < 1:4646237‑M2/70‑33 (MQ=255) gtggCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggct < 1:3397406‑M2/70‑33 (MQ=255) gtggCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtga > 1:4480611‑M2/1‑38 (MQ=255) cttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATg > 1:6156806‑M2/36‑57 (MQ=255) tggCGGAGCAATTGCTATATCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaa > 1:1495660‑M2/1‑37 (MQ=255) gcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGc < 1:586683‑M2/39‑1 (MQ=255) gcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTa > 1:1063122‑M2/31‑71 (MQ=255) gcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTa < 1:5623026‑M2/41‑1 (MQ=255) gAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtgg < 1:6647448‑M2/54‑23 (MQ=255) gAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagt > 1:7747609‑M2/1‑32 (MQ=255) ctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAca > 1:1605583‑M2/29‑71 (MQ=255) ctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAca > 1:3738999‑M2/29‑71 (MQ=255) aGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgag < 1:7909555‑M2/70‑40 (MQ=255) cAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttaccca < 1:7537074‑M2/41‑13 (MQ=255) tccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGc > 1:7393929‑M2/24‑62 (MQ=255) tGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtg > 1:845336‑M2/1‑25 (MQ=255) ccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcatacca > 1:7054916‑M2/23‑70 (MQ=255) tattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGgtgt < 1:7817424‑M2/35‑1 (MQ=255) tattacgtcggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATg < 1:5496689‑M2/22‑1 (MQ=255) attacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcata < 1:6947702‑M2/45‑1 (MQ=255) attacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACa > 1:5258799‑M2/19‑70 (MQ=255) ataGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagt < 1:5938625‑M2/41‑21 (MQ=255) ataGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagt < 1:3028324‑M2/41‑21 (MQ=255) taGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcag > 1:6804598‑M2/1‑20 (MQ=255) gCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagt < 1:1747084‑M2/69‑52 (MQ=255) gCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagt < 1:2238265‑M2/69‑52 (MQ=255) gCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcgg < 1:6327941‑M2/48‑31 (MQ=255) gCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcgg < 1:2188952‑M2/48‑31 (MQ=255) cgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTc > 1:2745529‑M2/15‑39 (MQ=255) cgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTc > 1:4354598‑M2/15‑39 (MQ=255) cgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTc > 1:371091‑M2/15‑39 (MQ=255) cgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAg > 1:5763076‑M2/15‑69 (MQ=255) cgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGat < 1:2882296‑M2/57‑1 (MQ=255) cATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcag > 1:7442829‑M2/1‑17 (MQ=255) gtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGata < 1:1901683‑M2/58‑1 (MQ=255) tgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGatat < 1:6414919‑M2/59‑1 (MQ=255) tCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagag < 1:4269753‑M2/71‑57 (MQ=255) tCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcaga < 1:4598143‑M2/70‑56 (MQ=255) gtgtTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactc > 1:3606603‑M2/1‑12 (MQ=255) gtgtTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggcta > 1:7855251‑M2/1‑12 (MQ=255) gtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATAttgt > 1:177643‑M2/10‑71 (MQ=255) tgtTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggc < 1:7621566‑M2/42‑32 (MQ=255) gtTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctc < 1:4327519‑M2/58‑49 (MQ=255) aggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATAttgttg > 1:3284217‑M2/8‑71 (MQ=255) aggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATAttgttg > 1:337973‑M2/8‑71 (MQ=255) ggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCt < 1:1031780‑M2/40‑1 (MQ=255) ggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATAttgttg < 1:3064967‑M2/64‑1 (MQ=255) ggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATAttgttg < 1:4702420‑M2/64‑1 (MQ=255) ggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTgg > 1:2691603‑M2/7‑71 (MQ=255) ggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTgg > 1:2912656‑M2/7‑71 (MQ=255) gatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAc < 1:1161326‑M2/42‑1 (MQ=255) gatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACaa < 1:2656859‑M2/53‑1 (MQ=255) gatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACaa < 1:5351327‑M2/53‑1 (MQ=255) gatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACa < 1:6390422‑M2/52‑1 (MQ=255) gatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACa < 1:7490264‑M2/52‑1 (MQ=255) gatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGgt < 1:3899447‑M2/66‑1 (MQ=255) atcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGgtg > 1:6759104‑M2/5‑71 (MQ=255) aaTCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagaggtgactc > 1:1264829‑M2/1‑7 (MQ=255) tcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATAttg > 1:4890524‑M2/4‑64 (MQ=255) tcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGgtgt < 1:6052650‑M2/68‑1 (MQ=255) tcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGgtg > 1:3479449‑M2/4‑70 (MQ=255) caACTGTCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTa > 1:1436736‑M2/3‑71 (MQ=255) caACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTc > 1:5957650‑M2/3‑38 (MQ=255) caACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGatat > 1:484591‑M2/3‑61 (MQ=255) caACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGatat > 1:4213618‑M2/3‑61 (MQ=255) caACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGata > 1:3649553‑M2/3‑60 (MQ=255) caACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGata > 1:2437190‑M2/3‑60 (MQ=255) aACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAg > 1:6029977‑M2/2‑56 (MQ=255) aACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGa < 1:6514392‑M2/56‑1 (MQ=255) cTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcag > 1:660430‑M2/1‑2 (MQ=255) | ATCATTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTATGGA > W3110S.gb/576844‑576983 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |