| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 2412225 | NA (NA) | 105 (1.290) | 48/98 | NT | 93.8% | intergenic (‑55/‑782) | insA/yfbQ | IS1 element protein/predicted aminotransferase |
| ? | W3110S.gb | = 3748807 | 7 (0.090) | coding (176/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity | |||||
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
CCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAGGCAC > W3110S.gb/3748738‑3748876 | tgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaa > 1:82244‑M1/62‑71 (MQ=255) cGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAgg < 1:623302‑M2/71‑3 (MQ=255) acaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaata > 1:1063434‑M1/60‑71 (MQ=255) acaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaat < 1:5772945‑M1/11‑1 (MQ=255) acaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaat > 1:188888‑M1/60‑70 (MQ=255) aaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaataac > 1:4506999‑M1/58‑71 (MQ=255) aagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAAcc > 1:6125692‑M1/57‑71 (MQ=255) tCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctg < 1:1217455‑M2/71‑11 (MQ=255) 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ctatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAAc > 1:117071‑M1/26‑60 (MQ=255) ctatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAAc > 1:2611131‑M1/26‑60 (MQ=255) ctatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGAt > 1:7122973‑M1/26‑71 (MQ=255) ctatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGAt > 1:1353247‑M1/26‑71 (MQ=255) ccGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgat > 1:1023514‑M2/1‑34 (MQ=255) cGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactg > 1:7929037‑M2/1‑33 (MQ=255) gACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgc > 1:4084989‑M2/1‑32 (MQ=255) tcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATa > 1:7403459‑M1/23‑69 (MQ=255) gggATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggt < 1:6049856‑M2/67‑39 (MQ=255) ataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGa < 1:2289588‑M1/23‑1 (MQ=255) ataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGAt > 1:7509972‑M1/20‑71 (MQ=255) taagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa > 1:5637753‑M1/19‑71 (MQ=255) gATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 1:4865598‑M2/1‑27 (MQ=255) gATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 1:5109151‑M2/1‑27 (MQ=255) gATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtg < 1:7763945‑M2/66‑40 (MQ=255) gATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtg < 1:947198‑M2/66‑40 (MQ=255) gATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgc > 1:2524796‑M2/1‑27 (MQ=255) aTAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgt > 1:6517919‑M2/1‑26 (MQ=255) tAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt < 1:1089572‑M2/69‑45 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa < 1:6777768‑M1/53‑1 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa < 1:3770560‑M1/53‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |