| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 3817457 = | 68 (0.840) | 4 (0.060) | 3/86 | NT | 7.0% | coding (561/2109 nt) | spoT | bifunctional (p)ppGpp synthetase II and guanosine‑3',5'‑bis pyrophosphate 3'‑pyrophosphohydrolase |
| ? | W3110S.gb | 3817484 = | 46 (0.640) | coding (534/2109 nt) | spoT | bifunctional (p)ppGpp synthetase II and guanosine‑3',5'‑bis pyrophosphate 3'‑pyrophosphohydrolase | |||||
CCACTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCTATAAATTTCGAGAGTTTCACGGGCGATGCGGCGA > W3110S.gb/3817414‑3817553 | ccacTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTa < 1:5830004/71‑1 (MQ=255) cacTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTaa > 1:680133/1‑71 (MQ=255) acTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGATCTTCGAGTTCGGTTTTAAt > 1:3599416/1‑71 (MQ=255) cttTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAAtgtg < 1:6711754/70‑1 (MQ=255) tttGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATgtggt > 1:1273279/1‑71 (MQ=255) tttGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATgtggt > 1:3475084/1‑71 (MQ=255) ttGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATgtggtg > 1:2858575/1‑71 (MQ=255) tGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATgtgg < 1:5789692/68‑1 (MQ=255) tGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATgtgg < 1:1045953/68‑1 (MQ=255) gATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGa > 1:2502842/1‑71 (MQ=255) aTTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGa > 1:2690603/1‑70 (MQ=255) aTTACGAGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGAt < 1:6224359/71‑1 (MQ=255) aCGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGa > 1:4437543/1‑67 (MQ=255) cgcgATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCt < 1:2934720/71‑1 (MQ=255) cgATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTaa < 1:5258905/71‑1 (MQ=255) cgATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTaa < 1:164827/71‑1 (MQ=255) gATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTaaa < 1:6150406/71‑1 (MQ=255) gATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTaaa > 1:1407689/1‑71 (MQ=255) gATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTaaa > 1:6544312/1‑71 (MQ=255) aCGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGt < 1:7141958/71‑1 (MQ=255) aCGGTGGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGt < 1:6139640/71‑1 (MQ=255) cGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTa < 1:1492628/64‑1 (MQ=255) cGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTg > 1:7457515/1‑71 (MQ=255) ttGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATgtgg < 1:6216946/51‑1 (MQ=255) gggATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTgcgc > 1:1838603/1‑69 (MQ=255) gggATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTgcgc > 1:265050/1‑69 (MQ=255) aTACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAAtgtg < 1:5924492/45‑1 (MQ=255) aTACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTgcg < 1:5575493/65‑1 (MQ=255) aTACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCg < 1:603667/71‑1 (MQ=255) tACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCgg > 1:5969618/1‑71 (MQ=255) aCAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCg < 1:4474934/69‑1 (MQ=255) aGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCggg > 1:5919195/1‑69 (MQ=255) cgcCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGAt < 1:6311704/45‑1 (MQ=255) cgcCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATAc < 1:3801339/47‑1 (MQ=255) gcCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGAt > 1:6777137/1‑44 (MQ=255) gcCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGAt > 1:4962600/1‑44 (MQ=255) gcCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCtat > 1:7492486/1‑70 (MQ=255) ccTCAAAACCCAGATCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGAtata > 1:5188351/1‑70 (MQ=255) cTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCg < 1:2058546/62‑1 (MQ=255) cTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCtat < 1:1131396/68‑1 (MQ=255) tCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGc > 1:2607528/1‑64 (MQ=255) tCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGc > 1:7692526/1‑64 (MQ=255) tCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCTATAAAt > 1:5586956/1‑71 (MQ=255) tCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCTATAAAt > 1:5668486/1‑71 (MQ=255) tCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCTATAAAt > 1:2094394/1‑71 (MQ=255) cAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAAc > 1:2360926/1‑48 (MQ=255) cAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACgg > 1:5977042/1‑50 (MQ=255) AAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGa < 1:4782210‑M1/38‑1 (MQ=255) AAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTgcg < 1:7523222‑M1/53‑1 (MQ=255) AAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCTATaaa < 1:79924‑M1/68‑1 (MQ=255) AAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCTATaaa < 1:451594‑M1/68‑1 (MQ=255) AAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCTATAAAttt > 1:7765572‑M1/1‑71 (MQ=255) AAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCTATAAAttt < 1:6738908‑M1/71‑1 (MQ=255) AAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCTATAAAt > 1:7190362‑M1/1‑69 (MQ=255) AAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCTATAAAt > 1:6003007‑M1/1‑69 (MQ=255) AAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTgc < 1:5770265‑M1/51‑1 (MQ=255) AAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTgc < 1:5929456‑M1/51‑1 (MQ=255) AAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTgc < 1:5938855‑M1/51‑1 (MQ=255) accgaactcgaagagctgggttttAATGTGGTGGATACCTAAACg < 1:4358368‑M2/21‑1 (MQ=255) ACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCTATAAATTTc < 1:6007711‑M1/69‑1 (MQ=255) ACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCTATAAATTTCga > 1:7079056‑M1/1‑71 (MQ=255) aactcgaagagctgggttttAATGTGGTGGATACCTAAAc > 1:3663160‑M2/21‑40 (MQ=255) aGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTa > 1:6133629/1‑37 (MQ=255) ctcgaagagctgggttttAATGTGGTGGATACCTAAACg > 1:4460134‑M2/19‑39 (MQ=255) ctcgaagagctgggttttAATGTGGTGGATACCTAAACg > 1:483569‑M2/19‑39 (MQ=255) cGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCTATAAATTTCGAGAGTTTCACgg > 1:2505252/1‑71 (MQ=255) tCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCTATAAAttt > 1:4918303/1‑52 (MQ=255) cGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGcc > 1:5599203/1‑35 (MQ=255) cGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCggg > 1:5244741/1‑41 (MQ=255) gttttAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCTATAAATTTCgag < 1:4347278‑M2/48‑1 (MQ=255) gttttAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCTATAAATTTCGAGAGTTTCACGGGCGATgc < 1:7570216‑M2/65‑1 (MQ=255) ttttAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGc < 1:3480840‑M2/35‑1 (MQ=255) ttttAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGc < 1:6673893‑M2/35‑1 (MQ=255) tttAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCTATAAATTTCGAGAGTTTCACGGGCGATgcggc > 1:602867‑M2/4‑71 (MQ=255) ttAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCTATAAATTTCGAGAGTTTCAc > 1:163687‑M2/3‑58 (MQ=255) tAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCTATAAATTTc > 1:6628056‑M2/2‑46 (MQ=255) tAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCTATAAATTTCGAGAGTTTCACGGGCGATGCGGCGa > 1:4296117‑M2/2‑71 (MQ=255) | CCACTTCTTTGATTACGCGATAACGGTTGGGATACAGCGCCTCAAAACCCAGCTCTTCGAGTTCGGTTTTAATGTGGTGGATACCTAAACGGTGCGCCAGCGGGCTATAAATTTCGAGAGTTTCACGGGCGATGCGGCGA > W3110S.gb/3817414‑3817553 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |