| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,386,718 | C→T | 7.4% | G147G (GGC→GGT) | elaC → | binuclear zinc phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,386,718 | 0 | C | T | 7.4% | 296.2 / 9.9 | 94 | G147G (GGC→GGT) | elaC | binuclear zinc phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/46); new base T (3/4); total (44/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.49e-01 | |||||||||||
GCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGT > W3110S.gb/2386648‑2386783 | gCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGc < 1:3875/71‑1 (MQ=255) aTTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCg < 1:4165222/71‑1 (MQ=255) aTTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCg < 1:5502694/71‑1 (MQ=255) cGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTa < 1:2665218/68‑1 (MQ=255) gatgatGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTg > 1:3452172/1‑70 (MQ=255) gatgGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTgaag > 1:4243683/1‑70 (MQ=255) gatgGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTgaa > 1:5759485/1‑69 (MQ=255) gCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACa < 1:3343287/70‑1 (MQ=255) gCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACAt < 1:6824045/71‑1 (MQ=255) ccTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTAtt < 1:5493184/61‑1 (MQ=255) ccTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTAtt < 1:4941740/61‑1 (MQ=255) ccTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTAtt < 1:4937984/61‑1 (MQ=255) ccTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACa < 1:694991/69‑1 (MQ=255) cTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTgaagaa < 1:842499/66‑1 (MQ=255) cTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTgaagaa < 1:146547/66‑1 (MQ=255) cgcAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGAt < 1:7218784/69‑1 (MQ=255) cgcAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATa < 1:4801731/70‑1 (MQ=255) gcAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTgaag > 1:5255082/1‑60 (MQ=255) aGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCgg > 1:3003566/1‑71 (MQ=255) aGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCgg < 1:1967036/71‑1 (MQ=255) aGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCgg < 1:7274520/71‑1 (MQ=255) tAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGt < 1:3777864/71‑1 (MQ=255) tAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGt < 1:1276125/71‑1 (MQ=255) aaCCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTga < 1:7440927/51‑1 (MQ=255) aaCCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTga < 1:554490/51‑1 (MQ=255) aaCCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTga < 1:1344981/51‑1 (MQ=255) aCCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTg < 1:779594/70‑1 (MQ=255) aCCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTg > 1:6594860/1‑70 (MQ=255) aCCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTg > 1:3013084/1‑70 (MQ=255) cGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCgg > 1:3733054/1‑65 (MQ=255) cGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCa > 1:732219/1‑70 (MQ=255) cGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCAt > 1:1289099/1‑71 (MQ=255) gCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCg < 1:3771494/41‑1 (MQ=255) cTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTa < 1:6072443/71‑1 (MQ=255) tATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTaaa > 1:3469761/1‑71 (MQ=255) tATCCGATGGAACACCCACTGGAATGTTATGGTTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCAGGTGCATTaaa > 1:1078545/1‑71 (MQ=255) tATCCGATGGAACACCCACTGGAATGTTATGGTTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCAGGTGCATTaaa > 1:7436100/1‑71 (MQ=255) tATCCGATGGAACACCCACTGGAATGTTATGGTTATCCTATTGAAGAACATGATAAACCAGGTGCATTaaa > 1:2830930/1‑71 (MQ=255) ccGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCgg > 1:3021683/1‑58 (MQ=255) cGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGc < 1:2293922/70‑1 (MQ=255) gCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACa < 1:2503728/45‑1 (MQ=255) cTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCg < 1:3818257/54‑1 (MQ=255) cTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCg < 1:5680650/54‑1 (MQ=255) tGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGccc > 1:6086970/1‑69 (MQ=255) tGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCa < 1:2076692/70‑1 (MQ=255) ggAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTgaa > 1:5435556/1‑37 (MQ=255) ggAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTgaa > 1:200769/1‑37 (MQ=255) ggAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAg < 1:826749/70‑1 (MQ=255) aaCACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCa < 1:7217609/71‑1 (MQ=255) acacCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTGAATGCCCAGGCAt < 1:2470538/71‑1 (MQ=255) cacCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATaa < 1:7384520/44‑1 (MQ=255) cacCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATaa < 1:6386127/44‑1 (MQ=255) cacCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCggg > 1:462595/1‑50 (MQ=255) cacCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCAtt < 1:4292620/71‑1 (MQ=255) acCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATaaa > 1:6629823/1‑44 (MQ=255) acCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATaaa > 1:5411651/1‑44 (MQ=255) acCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATaaa > 1:4253546/1‑44 (MQ=255) acCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATaaa > 1:6897820/1‑44 (MQ=255) acCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCg > 1:3542359/1‑47 (MQ=255) cccACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATg > 1:2088265/1‑38 (MQ=255) cccACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATg > 1:5871447/1‑38 (MQ=255) cccACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATg > 1:5664960/1‑38 (MQ=255) cccACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATg > 1:1478611/1‑38 (MQ=255) cccACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATg > 1:1660665/1‑38 (MQ=255) cccACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATg > 1:4732033/1‑38 (MQ=255) cccACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATaaa > 1:6131519/1‑43 (MQ=255) ccACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGAt > 1:1688214/1‑39 (MQ=255) ccACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGccc > 1:5129249/1‑61 (MQ=255) ccACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTaaa < 1:1168355/71‑1 (MQ=255) ccACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTaaa < 1:3150331/71‑1 (MQ=255) aCTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGt < 1:1314906/46‑1 (MQ=255) cTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTg < 1:4087167/46‑1 (MQ=255) cTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAgc > 1:3996341/1‑71 (MQ=255) tGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCg < 1:7926737/41‑1 (MQ=255) ggAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATaaa > 1:243330/1‑37 (MQ=255) ggAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAAc > 1:2140360/1‑38 (MQ=255) ggAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAAc > 1:7711390/1‑38 (MQ=255) ggAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAgctg > 1:5235481/1‑71 (MQ=255) ggAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCACGCATTAAAAgctg > 1:3915735/1‑71 (MQ=255) gAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAgctg < 1:2787540/70‑1 (MQ=255) aaTGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTaaa < 1:2835800/49‑1 (MQ=255) aaTGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAgctgct < 1:3962166/71‑1 (MQ=255) aaTGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAgctgct < 1:7369141/71‑1 (MQ=255) aTGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGctgctg < 1:6470744/71‑1 (MQ=255) tGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATCATAAACCGGGTGCATTa < 1:4450885/45‑1 (MQ=255) ttATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAgc > 1:1329060/1‑63 (MQ=255) aTGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTaaa > 1:776461/1‑43 (MQ=255) aTGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAg > 1:6276040/1‑50 (MQ=255) aTGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCCGGCGt > 1:6600125/1‑70 (MQ=255) aTGGCTATCGTATTCAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGt < 1:7211356/70‑1 (MQ=255) tGGTTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCAGGTGCAtt < 1:3004216/39‑1 (MQ=37) tGGTTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCAGGTGCAtt < 1:84197/39‑1 (MQ=37) tGGTTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCAGGTGCAtt < 1:800798/39‑1 (MQ=37) tGGTTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCAGGTGCAtt < 1:4020858/39‑1 (MQ=37) tGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAgct > 1:5984813/1‑61 (MQ=255) | GCGAAATTCTCGATGATGGCCTGCGCAAAGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGT > W3110S.gb/2386648‑2386783 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |