| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,386,745 | G→A | 11.1% | P156P (CCG→CCA) | elaC → | binuclear zinc phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,386,745 | 0 | G | A | 11.1% | 181.1 / 11.1 | 63 | P156P (CCG→CCA) | elaC | binuclear zinc phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/28); new base A (3/4); total (31/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.06e-01 | |||||||||||
AGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCACTGTTTCAGGAATTAAAAG > W3110S.gb/2386676‑2386815 | aGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCgg > 1:3003566/1‑71 (MQ=255)aGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCgg < 1:7274520/71‑1 (MQ=255)aGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCgg < 1:1967036/71‑1 (MQ=255) tAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGt < 1:1276125/71‑1 (MQ=255) tAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGt < 1:3777864/71‑1 (MQ=255) aCCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTg > 1:6594860/1‑70 (MQ=255) aCCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTg > 1:3013084/1‑70 (MQ=255) aCCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTg < 1:779594/70‑1 (MQ=255) cGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCgg > 1:3733054/1‑65 (MQ=255) cGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCa > 1:732219/1‑70 (MQ=255) cGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCAt > 1:1289099/1‑71 (MQ=255) cTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTa < 1:6072443/71‑1 (MQ=255) tATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTaaa > 1:3469761/1‑71 (MQ=255) tATCCGATGGAACACCCACTGGAATGTTATGGTTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCAGGTGCATTaaa > 1:1078545/1‑71 (MQ=255) tATCCGATGGAACACCCACTGGAATGTTATGGTTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCAGGTGCATTaaa > 1:7436100/1‑71 (MQ=255) tATCCGATGGAACACCCACTGGAATGTTATGGTTATCCTATTGAAGAACATGATAAACCAGGTGCATTaaa > 1:2830930/1‑71 (MQ=255) ccGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCgg > 1:3021683/1‑58 (MQ=255) cGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGc < 1:2293922/70‑1 (MQ=255) cTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCg < 1:3818257/54‑1 (MQ=255) cTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCg < 1:5680650/54‑1 (MQ=255) tGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGccc > 1:6086970/1‑69 (MQ=255) tGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCa < 1:2076692/70‑1 (MQ=255) ggAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAg < 1:826749/70‑1 (MQ=255) aaCACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCa < 1:7217609/71‑1 (MQ=255) acacCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTGAATGCCCAGGCAt < 1:2470538/71‑1 (MQ=255) cacCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCggg > 1:462595/1‑50 (MQ=255) cacCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCAtt < 1:4292620/71‑1 (MQ=255) acCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCg > 1:3542359/1‑47 (MQ=255) ccACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGccc > 1:5129249/1‑61 (MQ=255) ccACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTaaa < 1:3150331/71‑1 (MQ=255) ccACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTaaa < 1:1168355/71‑1 (MQ=255) aCTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGt < 1:1314906/46‑1 (MQ=255) cTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTg < 1:4087167/46‑1 (MQ=255) cTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAgc > 1:3996341/1‑71 (MQ=255) tGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCg < 1:7926737/41‑1 (MQ=255) ggAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAgctg > 1:5235481/1‑71 (MQ=255) ggAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCACGCATTAAAAgctg > 1:3915735/1‑71 (MQ=255) gAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAgctg < 1:2787540/70‑1 (MQ=255) aaTGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTaaa < 1:2835800/49‑1 (MQ=255) aaTGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAgctgct < 1:7369141/71‑1 (MQ=255) aaTGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAgctgct < 1:3962166/71‑1 (MQ=255) aTGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGctgctg < 1:6470744/71‑1 (MQ=255) tGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATCATAAACCGGGTGCATTa < 1:4450885/45‑1 (MQ=255) ttATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAgc > 1:1329060/1‑63 (MQ=255) aTGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTaaa > 1:776461/1‑43 (MQ=255) aTGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAg > 1:6276040/1‑50 (MQ=255) aTGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCCGGCGt > 1:6600125/1‑70 (MQ=255) aTGGCTATCGTATTCAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGt < 1:7211356/70‑1 (MQ=255) tGGTTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCAGGTGCAtt < 1:4020858/39‑1 (MQ=37) tGGTTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCAGGTGCAtt < 1:800798/39‑1 (MQ=37) tGGTTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCAGGTGCAtt < 1:3004216/39‑1 (MQ=37) tGGTTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCAGGTGCAtt < 1:84197/39‑1 (MQ=37) tGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAgct > 1:5984813/1‑61 (MQ=255) tATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTgccgcc > 1:7506137/1‑71 (MQ=255) tCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTg > 1:1215187/1‑71 (MQ=255) cGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTgg > 1:1145700/1‑71 (MQ=255) gTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAg > 1:2872215/1‑51 (MQ=255) aTTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTgccgc > 1:2102129/1‑64 (MQ=255) aTTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGcc > 1:6126896/1‑70 (MQ=255) ttGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTTAATGCCCAGGCATTAAAAgctgct < 1:5112991/53‑1 (MQ=255) ttGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAgctgct < 1:5660813/53‑1 (MQ=255) aagaaCATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCACt < 1:5806959/70‑1 (MQ=255) gaaCATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTgccgc > 1:2438450/1‑58 (MQ=255) gaaCATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCa > 1:779761/1‑66 (MQ=255) aaCATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCACTGttt < 1:3013569/71‑1 (MQ=255) cATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGctgctg > 1:906337/1‑46 (MQ=255) cATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTg < 1:1189929/58‑1 (MQ=255) aTGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTgccgcc < 1:5147906/55‑1 (MQ=255) tGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTgccgc > 1:7485410/1‑53 (MQ=255) tAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCACTGTTTCAGGAAt > 1:1643128/1‑71 (MQ=255) aaCCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCACTGTTTCAGGAAtt < 1:1712805/70‑1 (MQ=255) ccGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCACTGTTTCAGGAATTaa > 1:5360097/1‑70 (MQ=255) cGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCACACTGTTTCAGGAATTaa > 1:6067543/1‑69 (MQ=255) gggTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCACTGTTTCAGGAATTAAAAg < 1:5825574/71‑1 (MQ=255) | AGTAACCGCTTATCCGCTGGAACACCCACTGGAATGTTATGGCTATCGTATTGAAGAACATGATAAACCGGGTGCATTAAATGCCCAGGCATTAAAAGCTGCTGGCGTGCCGCCTGGCCCACTGTTTCAGGAATTAAAAG > W3110S.gb/2386676‑2386815 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |