| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,388,629 | A→T | 12.7% | intergenic (+35/+36) | elaD → / ← yfbK | hypothetical protein/conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,388,629 | 0 | A | T | 12.7% | 205.9 / 21.0 | 79 | intergenic (+35/+36) | elaD/yfbK | hypothetical protein/conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/38); new base T (6/4); total (37/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-01 | |||||||||||
AAAATAGAGCATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAGTCATCACTGACTGATGTCAGTCACACCATCCGCCAGT > W3110S.gb/2388563‑2388698 | aaaaTAGAGCATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAata < 1:1851347/67‑1 (MQ=255)aaaaTAGAGCATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCt < 1:4967537/71‑1 (MQ=255)aaaaTAGAGCATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCt < 1:2358730/71‑1 (MQ=255)aaaaTAGAGCATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCt < 1:5469994/71‑1 (MQ=255)aaaaTAGAGCATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCt < 1:5771020/71‑1 (MQ=255)aaaaTAGAGCATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCt < 1:4696356/71‑1 (MQ=255) aaaTAGAGCATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCt > 1:7562326/1‑70 (MQ=255) aTAGAGCATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCATATTTGCTGAc < 1:5313074/71‑1 (MQ=255) aTAGAGCATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCATATTTGCTGAc < 1:980184/71‑1 (MQ=255) aTAGAGCATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGAc < 1:2437546/71‑1 (MQ=255) aTAGAGCATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGAc < 1:1369150/71‑1 (MQ=255) gCATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGACTGGTc > 1:7359393/1‑71 (MQ=255) cATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCATATTTGCt < 1:4723042/62‑1 (MQ=255) cATCCGGCAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCATATTTGCt < 1:5435688/62‑1 (MQ=255) cAAAAGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAg < 1:2059932/71‑1 (MQ=255) aaaaGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAACTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAg < 1:1111616/70‑1 (MQ=255) aaGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAatat > 1:7391431/1‑49 (MQ=255) aaGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAatat > 1:1579529/1‑49 (MQ=255) aaGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAata > 1:7764434/1‑48 (MQ=255) aaGAGTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGttt > 1:2971483/1‑71 (MQ=255) agagTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCt > 1:3450689/1‑51 (MQ=255) agagTGAGTTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCt > 1:7428686/1‑51 (MQ=255) gagtgagtTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGAc < 1:5448588/53‑1 (MQ=255) gtgagtTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGa > 1:7089799/1‑50 (MQ=255) gtgagtTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTa < 1:1791237/71‑1 (MQ=255) gtgagtTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTa < 1:3835872/71‑1 (MQ=255) tgagtTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAata < 1:6799281/43‑1 (MQ=255) gtTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGtt < 1:1221702/62‑1 (MQ=255) gtTAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGt < 1:7260138/61‑1 (MQ=255) ttAACATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATGCTGACTGGTCGAACATAGTTTGCTAAACAg < 1:3459184/71‑1 (MQ=255) aaCATCATTGTTAATTAATTCGACCAGTCAGCAAATATg > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |