| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,142,816 | C→G | 5.6% | S2T (AGT→ACT) E327D (GAG→GAC) |
hybB ← hybA ← |
predicted hydrogenase 2 cytochrome b type component hydrogenase 2 4Fe‑4S ferredoxin‑type component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,142,816 | 0 | C | G | 5.6% | 499.3 / 12.4 | 160 | S2T (AGT→ACT) E327D (GAG→GAC) | hybB hybA | predicted hydrogenase 2 cytochrome b type component hydrogenase 2 4Fe‑4S ferredoxin‑type component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (72/79); new base G (3/6); total (75/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.26e-01 | |||||||||||
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
CGATTAACGGTCCAAAAATCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGTTGCGACGAACCAGCACGGTTAAGCCCGC > W3110S.gb/3142748‑3142884 | tAACGGTCCAAAAATCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGAc > 1:2225890/1‑65 (MQ=255) tAACGGTCCAAAAATCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGAc > 1:4492166/1‑65 (MQ=255) tAACGGTCCAAAAATCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGa > 1:1604775/1‑71 (MQ=255) tAACGGTCCAAAAATCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGa > 1:347488/1‑71 (MQ=255) aaCGGTCCAAAAATCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGa < 1:4800388/70‑1 (MQ=255) aaCGGTCCAAAAATCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGAt > 1:3990048/1‑71 (MQ=255) aaaaaTCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATc < 1:7499089/64‑1 (MQ=255) aaaaaTCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGtctc < 1:1479459/69‑1 (MQ=255) aaaaaTCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTctcct < 1:6915697/71‑1 (MQ=255) aaaaTCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATAGTctcctc > 1:2913754/1‑71 (MQ=255) aaaTCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGAt > 1:3837937/1‑61 (MQ=255) aaaTCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGAt > 1:209969/1‑61 (MQ=255) aaaTCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCttctcc > 1:3532847/1‑71 (MQ=255) aaaTCATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCtcctcc > 1:1200690/1‑71 (MQ=255) cATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCcgtcg > 1:317898/1‑71 (MQ=255) cATGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCcgtc > 1:328507/1‑70 (MQ=255) tGACCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGAGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCcgtcgt < 1:6426060/70‑1 (MQ=255) aCCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGAc < 1:3318094/46‑1 (MQ=255) aCCGGTTTACTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTCGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGa < 1:389280/70‑1 (MQ=255) 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cTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGtttt > 1:1386519/1‑71 (MQ=255) cTGATGATTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGttt < 1:3544172/70‑1 (MQ=255) tgatgaTTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATg < 1:5969832/62‑1 (MQ=255) atgatTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATgg < 1:5413737/61‑1 (MQ=255) atgatTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATgg < 1:5659083/61‑1 (MQ=255) atgatTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGttttt < 1:1813567/69‑1 (MQ=255) atTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGttttt < 1:7073498/66‑1 (MQ=255) atTTTGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGttttt < 1:4142620/66‑1 (MQ=255) ttttGCGGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGtt > 1:1024685/1‑71 (MQ=255) ttttGCCGCCCAGCGGTTGTGGATCATGACTCATGATCGTCTCCTCCGTCGTGATGGTCGTTTTTGGTGtt > 1:761029/1‑71 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |