| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,218,901 | T→A | 8.1% | intergenic (+100/‑169) | metA → / → aceB | homoserine transsuccinylase/malate synthase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,218,901 | 0 | T | A | 8.1% | 203.3 / 9.0 | 74 | intergenic (+100/‑169) | metA/aceB | homoserine transsuccinylase/malate synthase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/31); new base A (4/2); total (41/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
CAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCA > W3110S.gb/4218832‑4218971 | cAGCACCTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAAt < 1:3337164/70‑1 (MQ=255) aCCTTACCTAAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACATCAGCAGGTGAATAAATTTTa < 1:3150940/70‑1 (MQ=255) ccTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTAtt < 1:2593063/71‑1 (MQ=255) cTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTAt > 1:5301181/1‑69 (MQ=255) cTTACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAAATTTATTc < 1:3838897/71‑1 (MQ=255) ttACCTCAGGCACCTTAGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCa > 1:4410659/1‑71 (MQ=255) tACCTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCa > 1:5167122/1‑70 (MQ=255) ccTCAGGCACCTTCGGGTGCCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCatat > 1:5016912/1‑71 (MQ=255) 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1:7333843/53‑1 (MQ=255) ccGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTttaat > 1:3359873/1‑71 (MQ=255) gAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAg < 1:1534566/59‑1 (MQ=255) gAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTttaatta < 1:5735408/71‑1 (MQ=255) gAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTttaatta < 1:4899292/71‑1 (MQ=255) gAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTtta < 1:7583168/67‑1 (MQ=255) aaaCGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTttaattaa < 1:14983/71‑1 (MQ=255) aaCGTACCTCAGCAGGTGAATTAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATTaaa < 1:1528053/71‑1 (MQ=255) aaCGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTttaattaa > 1:1690825/1‑70 (MQ=255) aaCGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTttaattaa > 1:2970357/1‑70 (MQ=255) aaCGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATTaaa < 1:2022345/71‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |