| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 563,933 | T→A | 5.6% | intergenic (‑230/‑13) | fimZ ← / → argU | predicted DNA‑binding transcriptional regulator/tRNA‑Arg |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 563,933 | 0 | T | A | 5.6% | 356.9 / 10.4 | 125 | intergenic (‑230/‑13) | fimZ/argU | predicted DNA‑binding transcriptional regulator/tRNA‑Arg |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (54/64); new base A (2/5); total (56/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
GTTCAGCAACCAGATCAAAAGCCATTGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCAACGACCTTCTAAGTCGTGGGCCGCAGGTTCG > W3110S.gb/563863‑564003 | gTTCAGCAACCAGATCAAAAGCCATTGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCAt > 1:1288367/1‑71 (MQ=255) tCAGCAACCAGATCAAAAGCCATTGACTCAGCAAGGCTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTg > 1:6090369/1‑71 (MQ=255) aGCAACCAGATCAAAAGCCATTGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCg < 1:2577711/71‑1 (MQ=255) gCAACCAGATCAAAAGCCATTGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCgg > 1:5025267/1‑71 (MQ=255) aaCCAGATCAAAAGCCATTGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTa > 1:1195822/1‑71 (MQ=255) aaCCAGATCAAAAGCCATTGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTa > 1:2908334/1‑71 (MQ=255) aaCCAGATCAAAAGCCATTGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTa < 1:5947993/71‑1 (MQ=255) aCCAGATCAAAAGCCATTGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTAt < 1:4157105/71‑1 (MQ=255) cAGATCAAAAGCCATTGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCa < 1:5663027/71‑1 (MQ=255) aGATCAAAAGCCATTGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATc < 1:2273750/69‑1 (MQ=255) aGATCAAAAGCCATTGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCaa > 1:3156438/1‑71 (MQ=255) aGATCAAAAGCCATTGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCaa > 1:7936782/1‑71 (MQ=255) aGATCAAAAGCCATTGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCaa > 1:415341/1‑71 (MQ=255) aGATCAAAAGCCATTGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCaa > 1:115988/1‑71 (MQ=255) aTCAAAAGCCATTGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCaa > 1:5732617/1‑69 (MQ=255) cAAAAGCCATTGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCg < 1:5203218/60‑1 (MQ=255) aaGCCATTGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGccc < 1:956847/71‑1 (MQ=255) aGCCATTGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCg > 1:6168855/1‑56 (MQ=255) aGCCATTGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCt > 1:5000487/1‑71 (MQ=255) aGCCATTGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTCCGGTATCAACGCGCCCt > 1:5898384/1‑71 (MQ=255) gCCATTGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCtt < 1:824542/71‑1 (MQ=255) gCCATTGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCtt < 1:4138405/71‑1 (MQ=255) aTTGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTa > 1:3584182/1‑55 (MQ=255) aTTGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTAt > 1:6970305/1‑56 (MQ=255) aTTGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGc > 1:5081518/1‑71 (MQ=255) ttGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCAtt < 1:7661511/48‑1 (MQ=255) ttGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCAtt < 1:5271652/48‑1 (MQ=255) ttGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCg < 1:280432/51‑1 (MQ=255) ttGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCg < 1:5528094/51‑1 (MQ=255) ttGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCg < 1:386715/51‑1 (MQ=255) ttGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAg > 1:6344040/1‑69 (MQ=255) ttGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCt > 1:1980703/1‑71 (MQ=255) ttGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCt > 1:5214827/1‑71 (MQ=255) tGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCt > 1:2865986/1‑70 (MQ=255) tGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCt > 1:362497/1‑70 (MQ=255) gACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCt > 1:3610127/1‑69 (MQ=255) aCTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAg < 1:187614/71‑1 (MQ=255) aCTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAg < 1:945344/71‑1 (MQ=255) tCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTa > 1:7124812/1‑49 (MQ=255) tCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGtt > 1:2268739/1‑71 (MQ=255) aGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCg < 1:1616582/44‑1 (MQ=255) aGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGtt < 1:1833680/69‑1 (MQ=255) aGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGtt < 1:6486354/69‑1 (MQ=255) aGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTg < 1:792374/70‑1 (MQ=255) aGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTg > 1:1058815/1‑70 (MQ=255) aGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTg < 1:3185195/70‑1 (MQ=255) gCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCt > 1:4784934/1‑63 (MQ=255) aaGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATc < 1:4032069/46‑1 (MQ=255) aaGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGa > 1:779206/1‑69 (MQ=255) aaGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATa < 1:548812/71‑1 (MQ=255) aaGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATa < 1:4685789/71‑1 (MQ=255) aaGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATa < 1:530998/71‑1 (MQ=255) aGGGTTGACCGTATAATTCACGCGTTGATACCGCAATGCg < 1:3295289/40‑1 (MQ=18) aGGGTTGACCGTATAATTCACGCGTTGATACCGCAATGCg < 1:3743931/40‑1 (MQ=18) gggTTGACCGTATAATTCACGCGTTGATACCGCAATGCg < 1:2155500/39‑1 (MQ=17) gTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTg < 1:1272841/35‑1 (MQ=255) gTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAg < 1:7425189/60‑1 (MQ=255) ttGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCa < 1:2627518/71‑1 (MQ=255) ttGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCa < 1:3787469/71‑1 (MQ=255) gACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCaa < 1:1020102/70‑1 (MQ=255) aCCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCAAc < 1:4669578/70‑1 (MQ=255) ccGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCa < 1:6576025/67‑1 (MQ=255) ccGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCAACGa < 1:5563501/71‑1 (MQ=255) cGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCAACGAc < 1:2026606/71‑1 (MQ=255) tataATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTg < 1:3520848/55‑1 (MQ=255) ataATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCt < 1:5714113/48‑1 (MQ=255) taATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCAACGACCtt < 1:4773179/70‑1 (MQ=255) aaTTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCAAc > 1:6510434/1‑63 (MQ=255) aaTTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCAAc > 1:4665778/1‑63 (MQ=255) aaTTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCAACgcc > 1:2497653/1‑64 (MQ=255) aTTCACGCGATTACACCGCATTG‑GGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCAACGACCTTCTa < 1:2714171/70‑1 (MQ=255) tCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTa > 1:1256919/1‑40 (MQ=255) tCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCAACGACCTTCTAAg > 1:3384251/1‑71 (MQ=255) cACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTgg > 1:5929446/1‑49 (MQ=255) cACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCAACGACCTTCTAAg < 1:5230743/70‑1 (MQ=255) aCGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGccc > 1:6814189/1‑35 (MQ=255) aCGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCAACg > 1:2921416/1‑59 (MQ=255) aCGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCAACGACCTTCTAAGt < 1:4454791/70‑1 (MQ=255) cgcgATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCAACGACCTTc < 1:1668136/64‑1 (MQ=255) cgcgATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCAACGACCTTc < 1:7597675/64‑1 (MQ=255) gcgATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCAACg < 1:3971933/57‑1 (MQ=255) gcgATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCAACGACCTTCTAAGTCg < 1:6227141/70‑1 (MQ=255) gcgATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCAACGACCTTCTAAGTCg < 1:157116/70‑1 (MQ=255) gATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCAACGACCTTCTAAGTCGTgg < 1:6491073/71‑1 (MQ=255) gATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCAACGACCTTCTAAGTCGTgg < 1:5596070/71‑1 (MQ=255) gATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCAACGACCTTCTAAGTCGTgg < 1:4830206/71‑1 (MQ=255) ttACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCAACGACCTTCTAAGTCGTGGGc < 1:7321401/71‑1 (MQ=255) tACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCAACGACCTTCTAAGTCGTGGGcc > 1:3532422/1‑71 (MQ=255) tACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCAACGACCTTCTAAGTCGTGGGc > 1:4395248/1‑70 (MQ=255) acacCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCAACGACCTTCTAAGTCGTGGGcc < 1:513321/70‑1 (MQ=255) cacCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCAACGACCTTCTAAGTCGTGGGCCg < 1:6657749/70‑1 (MQ=255) cacCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCAACGACCTTCTAAGTCGTGGGCCGc < 1:5940730/71‑1 (MQ=255) acCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCAACGACCTTCTAAGTCGTGGGCCGCa < 1:3008944/71‑1 (MQ=255) acCGCAATGCGGTGTAATCGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCAACGACCTTCTAAGTCGTgg > 1:6961930/1‑65 (MQ=37) cGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCAACGACCTTCTAAGTCGTg > 1:4187558/1‑62 (MQ=255) cGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCAACGACCTTCTAAGTCGTGGGCCGCAg > 1:4096589/1‑70 (MQ=255) gCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGATGGATAGAGCAACGACCTTCTAAGTCGTGGGCCGCAGGt < 1:6952872/71‑1 (MQ=255) cATTGGGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCAACGACCTTCTAAGTCg > 1:751853/1‑58 (MQ=255) cATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCAACGACCTTCTAAGTCg > 1:4491848/1‑58 (MQ=255) ttGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCAACGACCTTCTAAGTCGTTGGCCGCAGGTTCg < 1:3132359/71‑1 (MQ=255) | GTTCAGCAACCAGATCAAAAGCCATTGACTCAGCAAGGGTTGACCGTATAATTCACGCGATTACACCGCATTGCGGTATCAACGCGCCCTTAGCTCAGTTGGATAGAGCAACGACCTTCTAAGTCGTGGGCCGCAGGTTCG > W3110S.gb/563863‑564003 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |