| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,746,008 | T→A | 7.3% | F280I (TTT→ATT) | mdtK → | multidrug efflux system transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,746,008 | 0 | T | A | 7.3% | 310.5 / 13.6 | 110 | F280I (TTT→ATT) | mdtK | multidrug efflux system transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (51/51); new base A (6/2); total (57/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
TGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGT > W3110S.gb/1745938‑1746076 | tGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACt > 1:4395132/1‑71 (MQ=255)tGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACt > 1:233837/1‑71 (MQ=255) gCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACt < 1:6416277/70‑1 (MQ=255) ccGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTTAACttt < 1:4670655/71‑1 (MQ=255) ccGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACttt < 1:3377569/71‑1 (MQ=255) ccGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACtt < 1:6551379/70‑1 (MQ=255) cgtcgtGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACtt > 1:6018282/1‑69 (MQ=255) gtcgtGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATAGCCCTGAACta > 1:4813091/1‑67 (MQ=255) cgtGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGtt > 1:7035941/1‑71 (MQ=255) gtGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGtt < 1:1255580/70‑1 (MQ=255) gtGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGtt < 1:5250608/70‑1 (MQ=255) gCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACt < 1:5171525/71‑1 (MQ=255) gCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTAAAGTTCag < 1:4259525/70‑2 (MQ=255) tGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATg > 1:2020581/1‑71 (MQ=255) ttAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATg < 1:2590057/69‑1 (MQ=255) ttAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATg < 1:2088173/69‑1 (MQ=255) aGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCg > 1:7040404/1‑71 (MQ=255) gtgtCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGt < 1:7876384/71‑1 (MQ=255) tgtCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTc < 1:4931693/68‑1 (MQ=255) ctcCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCa > 1:7660724/1‑56 (MQ=255) ctcCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCtt > 1:1874364/1‑71 (MQ=255) ctcCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTAAAGTTCagg > 1:477960/1‑56 (MQ=255) ctcCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTAAAGTTCagg > 1:3153850/1‑56 (MQ=255) cGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGtt > 1:5649802/1‑51 (MQ=255) cGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAAt > 1:252493/1‑58 (MQ=255) cGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAAt > 1:6353498/1‑58 (MQ=255) cGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTc < 1:3046366/69‑1 (MQ=255) gCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCATGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCaa < 1:6962731/71‑1 (MQ=255) cTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAAt < 1:1175890/71‑1 (MQ=255) cTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAAt < 1:7813226/71‑1 (MQ=255) tCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATg > 1:7027320/1‑71 (MQ=255) cGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGt > 1:2829649/1‑71 (MQ=255) ggTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTc < 1:6974278/71‑1 (MQ=255) gTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTc < 1:7342369/70‑1 (MQ=255) tATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACttt < 1:4431283/40‑1 (MQ=255) tATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACttt < 1:4386613/40‑1 (MQ=255) tATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGt > 1:4981553/1‑57 (MQ=255) ttgttgATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCa < 1:1459110/44‑1 (MQ=255) ttgttgATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCt < 1:4123700/70‑1 (MQ=255) ttgttgATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTg > 1:3629285/1‑71 (MQ=255) ttgttgATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTg > 1:7503507/1‑71 (MQ=255) ttgttgATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTg > 1:6372782/1‑71 (MQ=255) gttgATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGtt < 1:3941109/40‑1 (MQ=255) gttgATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGtt < 1:1193945/40‑1 (MQ=255) gttgATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGt > 1:5613654/1‑49 (MQ=255) gttgATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGt > 1:1698320/1‑49 (MQ=255) gttgATGTCGCAGGACACCAGATTACCCTGAACTTTAGTTCACTAATGt > 1:2702811/1‑49 (MQ=255) ttgATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAg > 1:5117356/1‑37 (MQ=255) ttgATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAg > 1:6967524/1‑37 (MQ=255) tGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTggcggc < 1:4581825/69‑1 (MQ=255) gTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGc > 1:7692650/1‑71 (MQ=255) cGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACATTAGTGAACTaaag < 1:2163741/40‑3 (MQ=18) cGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACATTAGTGAACTaaag < 1:6610041/40‑3 (MQ=18) gCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGc > 1:1486992/1‑68 (MQ=255) gCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGc > 1:4095656/1‑68 (MQ=255) gCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCgg > 1:7863857/1‑70 (MQ=255) gCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGt < 1:3302284/71‑1 (MQ=255) cAGGACACCAGATTGCCCTGAACATTAGTGAACTAAAGtt > 1:1011271/1‑40 (MQ=17) cAGGACACCAGATTGCCCTGAACATTAGTGAACTAAAGtt > 1:2306258/1‑40 (MQ=17) cAGGACACCAGATTGCCCTGAACATTAGTGAACTAAAGtt > 1:5502172/1‑40 (MQ=17) cAGGACACCAGATTGCCCTGAACATTAGTGAACTAAAGt > 1:5948181/1‑39 (MQ=17) cAGGACACCAGATTGCCCTGAACATTAGTGAACTAAAGt > 1:3628221/1‑39 (MQ=17) gACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACt < 1:3757491/71‑1 (MQ=255) acCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTGACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATc < 1:876131/71‑1 (MQ=255) acCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAg < 1:6862821/60‑1 (MQ=255) acCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATc < 1:7713019/71‑1 (MQ=255) acCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATc < 1:124230/71‑1 (MQ=255) acCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATc < 1:5613051/71‑1 (MQ=255) ccAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCg < 1:6258067/61‑1 (MQ=255) ccAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATc < 1:4087423/70‑1 (MQ=255) cAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGc > 1:7571647/1‑37 (MQ=255) cAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGc > 1:6126037/1‑37 (MQ=255) cAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAg > 1:7494249/1‑58 (MQ=255) cAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCcg > 1:4321650/1‑71 (MQ=255) gATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCcgcg > 1:4221528/1‑71 (MQ=255) aTTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTg < 1:1645725/48‑1 (MQ=255) aTTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTg < 1:3383458/48‑1 (MQ=255) aTTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGt < 1:2715100/71‑1 (MQ=255) gCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGAGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAg < 1:2845032/70‑1 (MQ=255) ccTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTggcggc < 1:4183616/48‑1 (MQ=255) ccTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTa < 1:2349045/67‑1 (MQ=255) cTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATg > 1:3366092/1‑36 (MQ=255) cTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTggcggc < 1:4690615/47‑1 (MQ=255) cTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGTCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTa < 1:3643394/71‑1 (MQ=255) cTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGt < 1:1813759/53‑1 (MQ=255) cTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTa < 1:5924873/71‑1 (MQ=255) cTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTa < 1:1491624/71‑1 (MQ=255) gAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCa > 1:4255535/1‑46 (MQ=255) gAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATc > 1:6142352/1‑71 (MQ=255) gAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATc > 1:5148377/1‑71 (MQ=255) gAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATc > 1:3092577/1‑71 (MQ=255) gAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATc > 1:4756688/1‑71 (MQ=255) aaCTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTGGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATc < 1:2714952/70‑1 (MQ=255) aaCTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTa > 1:773948/1‑51 (MQ=255) aaCTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATc < 1:591674/70‑1 (MQ=255) aaCTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCg > 1:2331468/1‑71 (MQ=255) aCTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCg > 1:6793359/1‑70 (MQ=255) aCTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGt < 1:7189405/71‑1 (MQ=255) aCTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGt < 1:3147848/71‑1 (MQ=255) cTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACt < 1:4811079/52‑1 (MQ=255) | TGCCGTCGTGGCTCTGTTAGTGTCTCCGCTCGGTATTGTTGATGTCGCAGGACACCAGATTGCCCTGAACTTTAGTTCACTAATGTTCGTGCTTCCAATGTCGCTGGCGGCAGCGGTAACTATCCGCGTAGGTTATCGT > W3110S.gb/1745938‑1746076 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |