New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | W3110S.gb | 3748799 = | 4 (0.090) | 51 (1.100) | 41/102 | NT | 92.7% | coding (184/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity |
? | W3110S.gb | 4056222 = | NA (NA) | intergenic (‑564/+15) | yrhB/insB | hypothetical protein/IS1 transposase InsAB' |
TTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/3748868‑3748799 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTC > W3110S.gb/4056222‑4056290 TTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGG > 1:59112/1‑71 TTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGG > 1:910434/1‑70 TTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGG > 1:1202292/1‑70 TTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGG > 1:1936262/1‑70 CTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAA < 1:595079/70‑1 GGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGAC > 1:3736076/1‑71 GGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGA < 1:589791/70‑1 TGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCC < 1:2855448/71‑1 CTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAAC > 1:1822572/1‑71 TTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACT > 1:1769954/1‑70 TATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTA > 1:3245121/1‑71 TATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTA > 1:3322622/1‑71 TATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACT < 1:561726/69‑1 TATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGG > 1:967445/1‑54 TCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACT > 1:4129018/1‑61 CTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGA < 1:1882057/71‑1 CTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGA > 1:582657/1‑71 CTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACT < 1:2044020/65‑1 CTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACT < 1:3875856/65‑1 TTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAAT < 1:1768100/54‑1 ATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAG > 1:2957054/1‑71 ATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAG > 1:995298/1‑71 ATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGAT < 1:475097/69‑1 TGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTT > 1:1660736/1‑71 TGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACT < 1:1095697/51‑1 GCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTT < 1:970307/70‑1 CCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTA < 1:2101287/71‑1 CCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCC > 1:4241915/1‑51 TGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATG > 1:3738198/1‑71 TTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTT > 1:2336076/1‑69 TTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCA < 1:2653274/70‑1 TTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCA < 1:2024117/70‑1 TTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCA < 1:4099057/70‑1 TTCAATGATTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTT > 1:2865551/1‑68 CAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGA > 1:1095160/1‑70 CAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGA < 1:1107974/52‑1 AATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATA < 1:4282202/71‑1 TGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAAT > 1:1195454/1‑71 TGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGAC < 1:982717/36‑1 CTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGC < 1:2631196/71‑1 CTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGC > 1:473914/1‑71 CATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTT < 1:1931398/39‑1 TTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATG < 1:3173832/54‑1 TCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTT < 1:3181722/48‑1 CCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAA > 1:1360722/1‑61 CGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG < 1:2301832/44‑1 GTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTT < 1:2286622/71‑1 TTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTG < 1:3441411/71‑1 TATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGT > 1:3669314/1‑71 ATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAA > 1:2325585/1‑54 TTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATTTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCA < 1:178270/71‑1 TTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTG < 1:2661875/68‑1 TGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCAT > 1:2279428/1‑71 GTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATG > 1:23362/1‑71 GTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATG > 1:2550777/1‑71 GTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCACGATGACTTTGTCATG > 1:1703070/1‑71 TTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGC < 1:529416/71‑1 tTTAGGGTAATGACTGCAACTTATTGATAGTGTTT < 1:3588507/34‑1 AGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGGAGCT < 1:4193454/70‑1 AGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTC > 1:3529484/1‑71 AGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGT > 1:4149740/1‑61 GGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTC < 1:4252989/70‑1 GGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGT < 1:3957789/60‑1 TTTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/3748868‑3748799 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTC > W3110S.gb/4056222‑4056290 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |