| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 2018583 | 3 (0.060) | 38 (0.860) | 28/98 | NT | 93.0% | coding (579/687 nt) | fliH | flagellar biosynthesis protein |
| ? | W3110S.gb | = 2521059 | NA (NA) | intergenic (+170/+30) | insL/yfeA | predicted transposase/predicted diguanylate cyclase | |||||
TGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTGGC > W3110S.gb/2018513‑2018653 | tcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCAcc < 1:1767539‑M1/13‑1 (MQ=255) gCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCa > 1:2517159‑M1/1‑70 (MQ=255) aCGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCat > 1:1947974‑M1/1‑67 (MQ=255) tgGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgct < 1:344658‑M1/71‑10 (MQ=255) tgGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgc > 1:3005637‑M1/1‑62 (MQ=255) ggATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgct > 1:1337436‑M1/1‑61 (MQ=255) ggATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgct > 1:424736‑M1/1‑61 (MQ=255) gatgatATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaa < 1:275855‑M1/71‑12 (MQ=255) taaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTgg < 1:3837719‑M1/24‑1 (MQ=255) atgatATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgct < 1:3840500‑M1/68‑10 (MQ=255) aaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCt < 1:2407789‑M1/22‑1 (MQ=255) gatATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCTATCCCACCataagcgctaact > 1:3348372‑M1/1‑57 (MQ=255) gatATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaact > 1:4257894‑M1/1‑57 (MQ=255) aatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTggcg < 1:3905783‑M1/26‑1 (MQ=255) atcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTggcgg > 1:572846‑M1/44‑70 (MQ=255) atatGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaactta < 1:2574237‑M1/71‑16 (MQ=255) atatGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaactta < 1:2500756‑M1/71‑16 (MQ=255) atatGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaactta < 1:2441158‑M1/71‑16 (MQ=255) tGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctatcttaag < 1:3261‑M1/70‑18 (MQ=255) tGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagg > 1:2142783‑M1/1‑53 (MQ=255) cTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggt > 1:2999828‑M1/1‑51 (MQ=255) tcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTaaa > 1:3252949‑M1/38‑71 (MQ=255) tcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTaaa > 1:1967284‑M1/38‑71 (MQ=255) tCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggtt > 1:4032440‑M1/1‑50 (MQ=255) ggCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttg < 1:1279812‑M1/70‑23 (MQ=255) ggCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttg < 1:2354532‑M1/70‑23 (MQ=255) gcgcTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaa < 1:4048901‑M1/71‑25 (MQ=255) gcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGtct > 1:237942‑M1/34‑71 (MQ=255) gcTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaacc < 1:3568999‑M1/71‑27 (MQ=255) gtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTcc > 1:3526288‑M1/32‑71 (MQ=255) cTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaactt < 1:3456675‑M1/58‑15 (MQ=255) accacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGa < 1:926012‑M1/45‑1 (MQ=255) accacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGa < 1:2801450‑M1/45‑1 (MQ=255) tAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctg > 1:3085338‑M1/1‑38 (MQ=255) cacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATg > 1:2864126‑M1/25‑71 (MQ=255) aaGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctg > 1:1960681‑M1/1‑37 (MQ=255) aGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaag < 1:429673‑M1/70‑35 (MQ=255) aGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaag < 1:2439170‑M1/70‑35 (MQ=255) caacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATg < 1:8227‑M1/47‑1 (MQ=255) tttGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCat < 1:453285‑M1/36‑3 (MQ=255) aacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAg < 1:3596859‑M1/50‑1 (MQ=255) tGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgc > 1:1128185‑M1/1‑32 (MQ=255) cccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGc > 1:396539‑M1/20‑71 (MQ=255) gCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgc < 1:1215516‑M1/70‑40 (MQ=255) cttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGa > 1:3613373‑M1/18‑71 (MQ=255) cATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaa > 1:2524988‑M1/1‑30 (MQ=255) ggctggcGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgc > 1:117525‑M1/1‑27 (MQ=255) aagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGAtct < 1:3434357‑M1/57‑1 (MQ=255) agttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGAtctc > 1:706889‑M1/14‑71 (MQ=255) agttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGAtctc > 1:421894‑M1/14‑71 (MQ=255) gttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGa > 1:4035381‑M1/13‑60 (MQ=255) tagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGAc < 1:4165033‑M1/61‑1 (MQ=255) gcgcTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcg < 1:67460‑M1/70‑49 (MQ=255) agcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACg < 1:3359483‑M1/62‑1 (MQ=255) ttGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgc > 1:3098333‑M1/1‑18 (MQ=255) cttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAg < 1:2673243‑M1/66‑1 (MQ=255) tGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcct > 1:2561131‑M1/1‑17 (MQ=255) tGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcgg > 1:1880747‑M1/1‑17 (MQ=255) tGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcga > 1:1797680‑M1/1‑17 (MQ=255) gCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctc < 1:1477732‑M1/58‑48 (MQ=255) cGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaag < 1:3190167‑M1/71‑62 (MQ=255) aTCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagac < 1:3867089‑M1/71‑64 (MQ=255) aTCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaag < 1:2991494‑M1/42‑35 (MQ=255) aTCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaa < 1:3256757‑M1/41‑34 (MQ=255) tCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacg < 1:447667‑M1/71‑65 (MQ=255) tCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagac < 1:1197489‑M1/70‑64 (MQ=255) tCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTc < 1:1718314/71‑1 (MQ=255) cccACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCg > 1:868045/1‑71 (MQ=255) cccACCCTCCATCCTCGCGGCTGTAAACTCTCCGCCGATGAAGGCCATCTCGACGCCAGTGTCGCCAc > 1:1593381/1‑68 (MQ=255) ccaccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacga < 1:3864188‑M1/70‑66 (MQ=255) ccaccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcc < 1:3145593‑M1/58‑54 (MQ=255) cACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGa > 1:1293015/1‑45 (MQ=255) accataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcgg > 1:1945132‑M1/1‑3 (MQ=255) aCCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTg < 1:301978/71‑1 (MQ=255) ccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgc > 1:3177769‑M1/1‑2 (MQ=255) cataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcct < 1:1685709‑M1/71‑71 (MQ=255) cataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaag < 1:3428618‑M1/35‑35 (MQ=255) cataagagctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcct > 1:548346‑M1/1‑1 (MQ=255) | TGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTGGC > W3110S.gb/2018513‑2018653 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |