| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 70,434 | C→T | 47.8% | N16N (AAC→AAT) | araC → | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 70,434 | 0 | C | T | 47.8% | 10.5 / 96.4 | 67 | N16N (AAC→AAT) | araC | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/19); new base T (12/20); total (28/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
ATGGTGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGAC > W3110S.gb/70367‑70501 | aTGGTGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGcc < 1:1984713/71‑1 (MQ=255) tggtggGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGcc > 1:3746461/1‑70 (MQ=255) gtggGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCAt < 1:3900823/71‑1 (MQ=255) gtggGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCAt < 1:3896121/71‑1 (MQ=255) tggGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATc > 1:963097/1‑71 (MQ=255) aGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCtggt > 1:696838/1‑71 (MQ=255) gTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCtggtg > 1:1090787/1‑71 (MQ=255) aTGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGc > 1:3164807/1‑71 (MQ=255) 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1:4062804/71‑1 (MQ=255) tATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTaa > 1:774133/1‑71 (MQ=255) aTGGCTGAAGCGCAAAATGATGCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAAc > 1:11754/1‑71 (MQ=255) aTGGCTGAAGCGCAAAATGATACCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTACCGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAAc > 1:2951839/1‑71 (MQ=255) tGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGc > 1:4031056/1‑49 (MQ=255) tGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAAc < 1:1914860/70‑1 (MQ=255) gCTGAAGCGCATAATGATCCCGTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGcc < 1:3412399/71‑1 (MQ=255) gCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGcc < 1:2698087/71‑1 (MQ=255) tGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCtg < 1:2298305/52‑1 (MQ=255) tGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGTTTTAACGCCGa > 1:1774761/1‑71 (MQ=255) tGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:218341/63‑1 (MQ=255) 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tCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGtt < 1:2440542/71‑1 (MQ=255) cccTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAg < 1:2783826/59‑1 (MQ=255) cccTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAt < 1:3258240/71‑1 (MQ=255) tgctgcCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:791937/43‑1 (MQ=255) tgctgcCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAtct > 1:3863/1‑70 (MQ=255) gctgcCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTaa > 1:461009/1‑44 (MQ=255) ctgcCGGGATACTCGTTTAATGGCCATCTGGTGGc < 1:2778574/35‑1 (MQ=37) ctgcCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGa > 1:1195976/1‑71 (MQ=255) ctgcCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGa > 1:1388188/1‑71 (MQ=255) ccGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTaa > 1:2599361/1‑40 (MQ=255) ggATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAtttttt < 1:3253541/71‑1 (MQ=255) 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cTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATc < 1:3289532/70‑1 (MQ=255) cTCGTTTAATGCCCATCTGGGGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAttt < 1:3580164/63‑1 (MQ=255) tCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAtttttt < 1:1489106/65‑1 (MQ=255) tCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGAATGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcga > 1:1443013/1‑71 (MQ=255) ttAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAt < 1:308119/56‑1 (MQ=255) tAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgaccgac > 1:1360916/1‑71 (MQ=255) aaCGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAtc > 1:3536461/1‑49 (MQ=255) | ATGGTGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGAC > W3110S.gb/70367‑70501 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |