| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,295,635 | T→C | 7.9% | Y178H (TAC→CAC) | tdk → | thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,295,635 | 0 | T | C | 7.9% | 241.5 / 11.8 | 89 | Y178H (TAC→CAC) | tdk | thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/34); new base C (4/3); total (52/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
CTGCGTCTTGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCAGG > W3110S.gb/1295566‑1295701 | ctgcGTCTAGATCAATCAGGCAGACCTTATAACGAAGGAGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATa > 1:2897547/1‑71 (MQ=255) tgcGTCTTGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATAc > 1:2753776/1‑71 (MQ=255) gcGTCTTGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACg > 1:1954276/1‑71 (MQ=255) gcGTCTTGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACg > 1:1572960/1‑71 (MQ=255) cGTCTTGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATAc < 1:2671014/69‑1 (MQ=255) ttGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCt > 1:2035926/1‑71 (MQ=255) ttGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCt > 1:3237695/1‑71 (MQ=255) ttGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCt > 1:3714864/1‑71 (MQ=255) 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gAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACtat < 1:3373869/57‑1 (MQ=255) gAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTAc > 1:1962481/1‑70 (MQ=255) gAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTAc > 1:2572646/1‑70 (MQ=255) aGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTAc > 1:851122/1‑69 (MQ=255) aGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTAc > 1:1041870/1‑69 (MQ=255) aGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTc < 1:2756654/71‑1 (MQ=255) aGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTCTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTc < 1:1411925/71‑1 (MQ=255) gtggtAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTc < 1:1109469/69‑1 (MQ=255) tggtAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGAc < 1:998887/71‑1 (MQ=255) tggtAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGAc < 1:1064249/71‑1 (MQ=255) 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ggtggtAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGAc > 1:1518931/1‑63 (MQ=255) ggtggtAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAAc > 1:4111272/1‑71 (MQ=255) ggtggtAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAAc > 1:4269258/1‑71 (MQ=255) ggtAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAacac > 1:2414326/1‑36 (MQ=255) ggtAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAAcata > 1:2419426/1‑68 (MQ=255) tAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCa > 1:4162102/1‑61 (MQ=255) aaTGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTAt > 1:1564547/1‑71 (MQ=255) aaTGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTAt > 1:1054015/1‑71 (MQ=255) aTGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACaa > 1:1150063/1‑50 (MQ=255) aTGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAg > 1:3547508/1‑51 (MQ=255) aTGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTAtt < 1:1198866/71‑1 (MQ=255) tGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATaaa < 1:2542211/37‑1 (MQ=255) tGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTAtt > 1:877604/1‑70 (MQ=255) aaCGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAaga > 1:3532308/1‑37 (MQ=255) aaCGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAaga > 1:1345901/1‑37 (MQ=255) aaCGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCAg > 1:2822502/1‑71 (MQ=255) aaCGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCAg > 1:3624403/1‑71 (MQ=255) aCGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCa > 1:3131226/1‑69 (MQ=255) cGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCAgg > 1:3684304/1‑70 (MQ=255) | CTGCGTCTTGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCAGG > W3110S.gb/1295566‑1295701 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |