| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,303,631 | C→T | 100% | Q246Y (CAG→TAT) | oppA → | oligopeptide transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,303,631 | 0 | C | T | 100.0% | 169.7 / NA | 58 | Q246Y (CAG→TAT) | oppA | oligopeptide transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (31/27); total (31/27) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
AAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTG > W3110S.gb/1303567‑1303691 | aaaCGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTaa > 1:479269/1‑71 (MQ=255) aacgaacgAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAAc > 1:2251040/1‑71 (MQ=255) aacgaacgAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAAc > 1:161524/1‑71 (MQ=255) acgaacgaATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAAcc < 1:2786845/71‑1 (MQ=255) gaacgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTa < 1:1874998/71‑1 (MQ=255) gaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGACCAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAtt > 1:4232478/1‑69 (MQ=255) aTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc < 1:869725/71‑1 (MQ=255) aTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc < 1:3883920/71‑1 (MQ=255) tCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc > 1:673480/1‑70 (MQ=255) tCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCt < 1:2136116/71‑1 (MQ=255) gTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTAt < 1:2799442/71‑1 (MQ=255) gTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTAt < 1:2794322/71‑1 (MQ=255) tCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAtt > 1:4124236/1‑62 (MQ=255) aaCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCt < 1:3059668/71‑1 (MQ=255) aCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAAcc < 1:1825477/52‑1 (MQ=255) aCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:2311218/71‑1 (MQ=255) aCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATAAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:484835/71‑1 (MQ=255) cAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAg > 1:1578604/1‑71 (MQ=255) ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCtt < 1:3398033/61‑1 (MQ=255) ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTa < 1:866872/70‑1 (MQ=255) cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTa < 1:3031910/46‑1 (MQ=39) cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAcc < 1:2200592/71‑1 (MQ=255) gACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCg < 1:1281141/71‑1 (MQ=255) ccTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGAt < 1:1951610/71‑1 (MQ=255) tACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTa < 1:2778380/49‑1 (MQ=39) aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGt > 1:1430164/1‑70 (MQ=255) cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAt > 1:2447473/1‑40 (MQ=38) cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTc < 1:2261622/70‑1 (MQ=255) cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCa < 1:3194763/71‑1 (MQ=255) tGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGAt > 1:3839177/1‑66 (MQ=255) tGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGAt > 1:1540168/1‑66 (MQ=255) ggAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAAc > 1:2665764/1‑71 (MQ=255) gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTAt > 1:3312051/1‑45 (MQ=38) gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAc > 1:2354909/1‑60 (MQ=255) gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAAcc > 1:258255/1‑71 (MQ=255) gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAAcc > 1:3841093/1‑71 (MQ=255) aacaacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAtt > 1:14069/1‑37 (MQ=37) aacaacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCg > 1:3193697/1‑71 (MQ=255) acaacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCg > 1:3535201/1‑70 (MQ=255) acaacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGc < 1:1298245/71‑1 (MQ=255) caacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc < 1:2965094/39‑1 (MQ=37) acGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCg > 1:3252471/1‑57 (MQ=255) acGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCg > 1:464944/1‑57 (MQ=255) acGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTAc < 1:541679/71‑1 (MQ=255) gcgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa > 1:2481807/1‑62 (MQ=255) gcgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa > 1:2490885/1‑62 (MQ=255) cgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa < 1:1121063/47‑1 (MQ=39) cgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCg > 1:924915/1‑70 (MQ=255) cgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCg > 1:3746068/1‑70 (MQ=255) ataaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTc < 1:3095529/55‑1 (MQ=255) aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGa < 1:2741502/53‑1 (MQ=255) aaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAg > 1:2166500/1‑45 (MQ=38) aaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTc > 1:1648414/1‑39 (MQ=37) aaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAgtg > 1:3338298/1‑71 (MQ=255) cGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAgtggtg < 1:1954003/71‑1 (MQ=255) ttattaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTa > 1:2432013/1‑42 (MQ=38) attaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGc > 1:1960162/1‑54 (MQ=255) ttaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCg > 1:476754/1‑42 (MQ=38) | AAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTG > W3110S.gb/1303567‑1303691 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |