Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | W3110S.gb | 3,727,747 | T→C | 11.9% | V168V (GTT→GTC) | pstA → | phosphate transporter subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | W3110S.gb | 3,727,747 | 0 | T | C | 11.9% | 151.0 / 13.2 | 59 | V168V (GTT→GTC) | pstA | phosphate transporter subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/27); new base C (4/3); total (29/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.06e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.30e-01 |
GCGCAGATGGAGCACTTCTCCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTATGCGCTG > W3110S.gb/3727679‑3727813 | gcgcAGATGGAGCACTTCTCCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGTAGGTGCCGATTGTTAt < 1:3867647/71‑1 (MQ=255) cgcAGATGGAGCACTTCTCCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATc > 1:3806794/1‑71 (MQ=255) cAGATGGAGCACTTCTCCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCg < 1:3052844/71‑1 (MQ=255) cAGATGGAGCACTTCTCCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCg < 1:3057615/71‑1 (MQ=255) aGATGGAGCACTTCTCCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGc < 1:1931433/71‑1 (MQ=255) tctcCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGaa > 1:973786/1‑70 (MQ=255) ctcCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTAt > 1:91929/1‑54 (MQ=255) ctcCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGaa < 1:293929/69‑1 (MQ=255) ctcCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACa > 1:1631406/1‑71 (MQ=255) cGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACa < 1:279218/68‑1 (MQ=255) ggCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCt < 1:647610/71‑1 (MQ=255) ggcgggcgTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGaaa < 1:2083268/70‑1 (MQ=255) ggcgggcgTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAAc < 1:1389546/71‑1 (MQ=255) ggcgggcgTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAAc > 1:936205/1‑71 (MQ=255) ggcgggcgTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAAc > 1:711331/1‑71 (MQ=255) cgggcgTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTg < 1:2281380/71‑1 (MQ=255) gggcgTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCgaga > 1:1160328/1‑56 (MQ=255) gcgTGATTGCCCTGGCGTTGTTTCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTg > 1:2653973/1‑71 (MQ=255) tGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGcgg < 1:3234745/71‑3 (MQ=255) gATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAAc < 1:3914083/62‑1 (MQ=255) gATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCg > 1:2508558/1‑70 (MQ=255) aTTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTa > 1:1115702/1‑71 (MQ=255) aTTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCAGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGaaa > 1:819738/1‑60 (MQ=255) ttGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTa > 1:3066019/1‑70 (MQ=255) ttGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTa > 1:883792/1‑70 (MQ=255) ttGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTAc < 1:3501634/71‑1 (MQ=255) tGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTa > 1:644390/1‑69 (MQ=255) tGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTa > 1:1140315/1‑69 (MQ=255) tGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTa > 1:3460121/1‑69 (MQ=255) gCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAg > 1:3150861/1‑71 (MQ=255) tGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACa > 1:254143/1‑66 (MQ=255) ggCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGc > 1:1898344/1‑71 (MQ=255) gCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCg > 1:4078334/1‑71 (MQ=255) gttgttGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTg < 1:3779080/71‑1 (MQ=255) ttgttgCAGGTGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGa < 1:2393537/71‑1 (MQ=255) tgttgCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGa < 1:25825/70‑1 (MQ=255) ttgCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAg < 1:1224912/70‑1 (MQ=255) tgCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGc > 1:3196921/1‑70 (MQ=255) gCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCgg > 1:1412398/1‑71 (MQ=255) gCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCg < 1:1962846/70‑1 (MQ=255) cAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCgg < 1:3029995/70‑1 (MQ=255) cAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCgg < 1:190916/70‑1 (MQ=255) cAGGTGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGc < 1:39268/71‑1 (MQ=255) aGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCt < 1:1880379/71‑1 (MQ=255) aGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCt < 1:1337209/71‑1 (MQ=255) ggTGCCGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCtt < 1:693407/71‑1 (MQ=255) gTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAAc < 1:1987461/40‑1 (MQ=255) gTGCAGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTa > 1:2831743/1‑71 (MQ=255) tGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTAt < 1:164663/71‑1 (MQ=255) tGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTAt < 1:144433/71‑1 (MQ=255) gCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAg > 1:2155815/1‑62 (MQ=255) gCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTAt > 1:2859632/1‑70 (MQ=255) ccGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTATgc < 1:2703433/71‑1 (MQ=255) ccGATTGTCATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTATgc > 1:2605943/1‑71 (MQ=255) gATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTATgcgc < 1:2276508/71‑1 (MQ=255) aTTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTATGCGCt < 1:306056/71‑1 (MQ=255) ttGTTATCCGCACCACCGAGAACATGATGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTATGCGCTg > 1:3843965/1‑71 (MQ=255) tGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGaa > 1:3100062/1‑55 (MQ=255) tGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGc > 1:1122093/1‑57 (MQ=255) | GCGCAGATGGAGCACTTCTCCGGCTGGGCGGGCGTGATTGCCCTGGCGTTGTTGCAGGTGCCGATTGTTATCCGCACCACCGAGAACATGCTGAAACTGGTGCCGTACAGCCTGCGTGAAGCGGCTTATGCGCTG > W3110S.gb/3727679‑3727813 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |