| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,886,994 | G→A | 5.5% | S226N (AGC→AAC) | yiaV → | membrane fusion protein (MFP) component of efflux pump, signal anchor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,886,994 | 0 | G | A | 5.5% | 297.7 / 5.1 | 91 | S226N (AGC→AAC) | yiaV | membrane fusion protein (MFP) component of efflux pump, signal anchor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (39/47); new base A (3/2); total (42/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.91e-01 | |||||||||||
ATCGCCAGCCTGAAAGCACAGCTCGCGGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTCCGGGTACCTATGCCGCGTCGCTGCCGCTACGTCCGGTG > W3110S.gb/3886924‑3887064 | aTCGCCAGCCTGAAAGCACAGCTCGCGGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAg < 1:4065219/71‑1 (MQ=255) tCGCCAGCCTGAAAGCTCAGCTCGCGGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGc < 1:664496/71‑1 (MQ=255) tCGCCAGCCTGAAAGCACAGCTCGCGGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGc > 1:949366/1‑71 (MQ=255) tCGCCAGCCTGAAAGCACAGCTCGCGGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGc < 1:2268806/71‑1 (MQ=255) tCGCCAGCCTGAAAGCACAGCTCGCGGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGc < 1:3339672/71‑1 (MQ=255) gCCTGAAAGCACAGCTCGCGGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGt > 1:2652081/1‑71 (MQ=255) gCCTGAAAGCACAGCTCGCGGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGt > 1:2979366/1‑71 (MQ=255) gCCTGAAAGCACAGCTCGCGGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGt < 1:1508791/71‑1 (MQ=255) ccTGAAAGCACAGCTCGCGGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGtt < 1:3676398/71‑1 (MQ=255) ccTGAAAGCACAGCTCGCGGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAACGATGGt > 1:3120665/1‑70 (MQ=255) cTGAAAGCACAGCTCGCGGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTa < 1:271107/71‑1 (MQ=255) tGAAAGCACAGCTCGCGGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGc < 1:3759678/62‑1 (MQ=255) gAAAGCACAGCTCGCGGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCTTGCGCCGAGCGATGGTTAtg > 1:3323992/1‑71 (MQ=255) aaaGCACAGCTCGCGGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTAtgt > 1:4155969/1‑71 (MQ=255) aaaGCACAGCTCGCGGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTAtgt > 1:1061148/1‑71 (MQ=255) aaaGCACAGCTCGCGGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAACGATGGTTAtgt < 1:1486554/71‑1 (MQ=255) aaGCACAGCTCTCGGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTAtgt > 1:1848024/1‑70 (MQ=255) aaGCACAGCTCGCGGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTAtgtg < 1:110778/71‑1 (MQ=255) aaGCACAGCTCGCGGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTAtgtg < 1:3497686/71‑1 (MQ=255) aaGCACAGCTCGCGGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTAtgtg < 1:538001/71‑1 (MQ=255) aaGCACAGCTCGCGGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTAtgt > 1:3185827/1‑70 (MQ=255) aaGCAAAGCTCGCGGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTAtgt > 1:2961534/1‑70 (MQ=255) cacaGCTCGCGGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGc < 1:1595093/56‑1 (MQ=255) cacaGCTCGCGGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGa > 1:716029/1‑69 (MQ=255) acaGCTCGCGGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGAccc < 1:2282038/71‑1 (MQ=255) aGCTCGCGGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAg > 1:4256540/1‑71 (MQ=255) cTCGCGGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTAtg > 1:3391604/1‑61 (MQ=255) cTCGCGGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAACGATGGTTATGTGACCCAgg > 1:1226958/1‑70 (MQ=255) cgcgGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATg > 1:2543307/1‑53 (MQ=255) gcgGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTa < 1:1542630/56‑1 (MQ=255) gcgGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTa < 1:912104/69‑1 (MQ=255) gcgGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACt > 1:1057264/1‑71 (MQ=255) gcgGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACt > 1:1780208/1‑71 (MQ=255) ggAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGa < 1:726365/71‑1 (MQ=255) ggAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGa < 1:1325930/71‑1 (MQ=255) gAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGAt < 1:3177203/71‑1 (MQ=255) gAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGAt < 1:135809/71‑1 (MQ=255) aaGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGAtt > 1:1918414/1‑71 (MQ=255) aaGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGAtt > 1:3001764/1‑71 (MQ=255) aGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGa > 1:1986741/1‑45 (MQ=255) gCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGa < 1:1648619/67‑1 (MQ=255) gCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCg > 1:465281/1‑71 (MQ=255) cAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCg < 1:813494/42‑1 (MQ=255) cAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGAccc < 1:1995546/57‑1 (MQ=255) aaaaTATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCg < 1:4009369/41‑1 (MQ=255) aaaaTATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTg < 1:1188229/64‑1 (MQ=255) aaaTATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCa < 1:2882967/56‑1 (MQ=255) aaaTATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGa > 1:1484497/1‑64 (MQ=255) aaaTATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTcc > 1:4164904/1‑71 (MQ=255) aaaTATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTcc > 1:3154005/1‑71 (MQ=255) aaTATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGc < 1:1833990/38‑1 (MQ=255) aaTATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGt < 1:1105022/44‑1 (MQ=255) aaTATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGa > 1:3590994/1‑51 (MQ=255) aaTATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACt > 1:779772/1‑61 (MQ=255) aaTATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTc > 1:2060761/1‑66 (MQ=255) aaTATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTCCg > 1:3982694/1‑71 (MQ=255) aaTATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTCCg < 1:3309914/71‑1 (MQ=255) aaTATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTCCg < 1:4231407/71‑1 (MQ=255) aaTATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTCCg < 1:1148223/71‑1 (MQ=255) aaTATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTCCg < 1:3674697/71‑1 (MQ=255) atatAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTCCg < 1:67962/70‑1 (MQ=255) tataACCTTTAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATgg < 1:2273744/41‑1 (MQ=255) tataACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATg > 1:3209144/1‑40 (MQ=255) tataACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATg < 1:166275/40‑1 (MQ=255) ataACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTAt > 1:1613017/1‑44 (MQ=255) ccTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACt < 1:3542801/54‑1 (MQ=255) cTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTCCGGGTACCTa > 1:940271/1‑71 (MQ=255) ttGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTa < 1:3046592/37‑1 (MQ=255) ttGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTcc > 1:793867/1‑61 (MQ=255) ttGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTcc > 1:568445/1‑61 (MQ=255) ttGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTCCGGGTACCTAt > 1:699377/1‑71 (MQ=255) ttGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTCCGGGTACCTAt > 1:4132049/1‑71 (MQ=255) tGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACt < 1:2249932/51‑1 (MQ=255) tGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTCCGGGTACCTATg > 1:3919241/1‑71 (MQ=255) tGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTCCGGGTACCTATg > 1:610963/1‑71 (MQ=255) aGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGGTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTCCGGGt < 1:1438139/59‑1 (MQ=255) aCGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGa < 1:575066/46‑1 (MQ=255) aCGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGAtt < 1:2948992/48‑1 (MQ=255) aCGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGAtt < 1:2868907/48‑1 (MQ=255) gATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTCCggg > 1:3311675/1‑54 (MQ=255) aTAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGa < 1:802728/43‑1 (MQ=255) aTAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGa < 1:3477950/43‑1 (MQ=255) aTAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTCCg > 1:1569115/1‑51 (MQ=255) tAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTCCGGGTACCTATGCCGCGTCGCTg > 1:3052558/1‑71 (MQ=255) gtgcgtgcGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTCCGGGTACCTATGCCGCGTCGCTGcc > 1:1646814/1‑71 (MQ=255) gtgcgtgcGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTCCGGGTACCTATGCCGCGTCGCTGc < 1:2161865/70‑1 (MQ=255) gtgcgtgcGCCGAACGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTCCGGGTACCTATGCCGCGTCGCTGcc > 1:2094275/1‑71 (MQ=255) cgcCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTCCGGGTACCTATGCCGCGTCGCTGCCGCTACg < 1:3513347/70‑1 (MQ=255) ccGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTCCGGGTACCTATGCCGCGTCGCTGCCGCTACGTcc < 1:1034782/71‑1 (MQ=255) cGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTCCGGGTACCTATGCCGCGTCGCTGCCGCTACGTCCg < 1:476065/71‑1 (MQ=255) cGAACGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTCCGGGTACCTATGCCGCGTCGCTGCCGCTACGTCCg < 1:2617616/71‑1 (MQ=255) aGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTCCGGGTACCTATGCCGCGTCGCTGc < 1:2210023/58‑1 (MQ=255) gCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTCCGGGTACCTATGCCGCGTCGCTGCCGCTACGTCCGGTg < 1:1661464/71‑1 (MQ=255) | ATCGCCAGCCTGAAAGCACAGCTCGCGGAAGCAAAATATAACCTTGAGCAGACGATAGTGCGTGCGCCGAGCGATGGTTATGTGACCCAGGTACTGATTCGTCCGGGTACCTATGCCGCGTCGCTGCCGCTACGTCCGGTG > W3110S.gb/3886924‑3887064 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |