| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,350,232 | G→A | 8.3% | R3C (CGC→TGC) | yjdF ← | conserved inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,350,232 | 0 | G | A | 8.3% | 264.2 / 10.9 | 84 | R3C (CGC→TGC) | yjdF | conserved inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (37/40); new base A (2/5); total (39/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
GCCGGTATAAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGAAATTACAATCGCAA > W3110S.gb/4350164‑4350302 | gCCGGTATAAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCggg > 1:1056418/1‑71 (MQ=255)gCCGGTATAAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCggg > 1:2794135/1‑71 (MQ=255) ccGGTATAAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGt < 1:2945974/71‑1 (MQ=255) ccGGTATAAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGt < 1:1139910/71‑1 (MQ=255) ggTATAAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCa < 1:1602975/71‑1 (MQ=255) gTATAAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCAt < 1:1955677/71‑1 (MQ=255) gTATAAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCAt > 1:3755110/1‑71 (MQ=255) tataAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATg < 1:3343013/71‑1 (MQ=255) tataAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATg < 1:2153073/71‑1 (MQ=255) ataAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATgg > 1:31853/1‑71 (MQ=255) ataAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATgg > 1:3808426/1‑71 (MQ=255) ataAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTAGAGTGTGCGGGTCATgg > 1:1459565/1‑71 (MQ=255) taAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATgg < 1:1332496/70‑1 (MQ=255) taAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGt > 1:3175238/1‑71 (MQ=255) taAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGt > 1:3717649/1‑71 (MQ=255) aTCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAg > 1:1634589/1‑71 (MQ=255) aGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTc > 1:1352217/1‑71 (MQ=255) aGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTc > 1:1623211/1‑71 (MQ=255) aTTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCa < 1:3176751/71‑1 (MQ=255) ttAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCa > 1:1844925/1‑70 (MQ=255) ttAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCa > 1:1097770/1‑70 (MQ=255) ttAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCa > 1:4201826/1‑70 (MQ=255) aaCGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTTACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCaaa > 1:4128427/1‑70 (MQ=255) aCGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGTTCATGGTGAGTTCGCAAATc < 1:3654980/71‑1 (MQ=255) aCGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAAt > 1:3390186/1‑70 (MQ=255) aCGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATc < 1:903940/71‑1 (MQ=255) aCGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATc < 1:917618/71‑1 (MQ=255) aCGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATc < 1:1099072/71‑1 (MQ=255) cGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGGGAGTTCGCAAATCa < 1:3526082/71‑1 (MQ=255) ttAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTg < 1:3684426/56‑1 (MQ=255) ttAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAgg < 1:421055/71‑1 (MQ=255) aGCGTCAGTGCGCTGGTTTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCgg > 1:984672/1‑45 (MQ=255) aGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAggg > 1:3563271/1‑70 (MQ=255) cGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGaaa < 1:1643261/71‑1 (MQ=255) tCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCa < 1:1859551/63‑1 (MQ=255) tCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCa < 1:2272811/63‑1 (MQ=255) tCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTg < 1:2370305/50‑1 (MQ=255) aGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATa < 1:1834888/70‑1 (MQ=255) aGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATa < 1:1829954/70‑1 (MQ=255) aGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATAc > 1:616297/1‑71 (MQ=255) gTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACt < 1:2046729/71‑1 (MQ=255) gTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACt < 1:2684309/71‑1 (MQ=255) tGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCaa < 1:3023066/55‑1 (MQ=255) tGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCa < 1:947986/54‑1 (MQ=255) cgcTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGt > 1:2680651/1‑43 (MQ=255) cgcTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGt > 1:104243/1‑47 (MQ=255) cgcTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGc > 1:3032135/1‑51 (MQ=255) cgcTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGc > 1:1715073/1‑51 (MQ=255) cgcTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCa > 1:1985538/1‑57 (MQ=255) ggTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAgg < 1:829892/55‑1 (MQ=255) gtgtTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAAt > 1:1918868/1‑50 (MQ=255) gtgtTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAAt > 1:4033205/1‑50 (MQ=255) gtgtTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTAt < 1:1683399/69‑1 (MQ=255) ttAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGt < 1:1144459/35‑1 (MQ=255) ttAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGt < 1:4247127/35‑1 (MQ=255) ttAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCAc < 1:3597072/70‑1 (MQ=255) aaGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAg > 1:619899/1‑71 (MQ=255) aaGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGCTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAg > 1:3233506/1‑71 (MQ=255) aGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGTGTCATGGTGAGTTCGCAAAt < 1:4194332/44‑1 (MQ=255) gAATTATCGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGaaa > 1:549717/1‑51 (MQ=255) aaTTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGtt > 1:360019/1‑35 (MQ=255) ttAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGa < 1:1992224/46‑1 (MQ=255) ttAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGc > 1:3314187/1‑71 (MQ=255) ttAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGaa < 1:2019/47‑1 (MQ=255) ttAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGaa < 1:3201151/47‑1 (MQ=255) aaCGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCa < 1:653420/35‑1 (MQ=255) aaCGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGaa > 1:1513997/1‑45 (MQ=255) aCGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATa > 1:1089992/1‑48 (MQ=255) aCGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTg < 1:4272278/71‑1 (MQ=255) cGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGaa < 1:3821694/43‑1 (MQ=255) cGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGt > 1:3028489/1‑69 (MQ=255) cGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGt < 1:2931128/69‑1 (MQ=255) cGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTg > 1:3310207/1‑70 (MQ=255) ggCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGaa < 1:4195416/42‑1 (MQ=255) ggCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGaa < 1:3807039/71‑1 (MQ=255) gCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGaaa > 1:4004292/1‑71 (MQ=255) gCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGaa > 1:571234/1‑70 (MQ=255) cTTAAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGc < 1:3072867/60‑1 (MQ=255) gAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATa < 1:3728367/41‑1 (MQ=255) gAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGAAATTa > 1:3095298/1‑70 (MQ=255) aGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGAAATTAc < 1:1533116/70‑1 (MQ=255) gtgtGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGAAATTACaa < 1:4665/71‑1 (MQ=255) gtgtGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGAAATTACaa > 1:3531000/1‑71 (MQ=255) tgtgCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAg < 1:706294/53‑1 (MQ=255) gtgCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGaaa > 1:1411977/1‑63 (MQ=255) gtgCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGaaa > 1:3152833/1‑63 (MQ=255) cGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGAAATTACAATCg > 1:652606/1‑69 (MQ=255) gggTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGAAATTACAATCGCaa < 1:39758/71‑1 (MQ=255) | GCCGGTATAAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGAAATTACAATCGCAA > W3110S.gb/4350164‑4350302 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |