| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 3748799 = | 6 (0.120) | 59 (1.180) | 44/102 | NT | 90.8% | coding (184/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity |
| ? | W3110S.gb | 4056222 = | NA (NA) | intergenic (‑564/+15) | yrhB/insB | hypothetical protein/IS1 transposase InsAB' | |||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
CAGGTGTTACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAA > W3110S.gb/3748729‑3748868 | ggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccc < 1:1625035‑M1/1‑1 (MQ=255) gagctccatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCt > 1:3459017‑M1/70‑71 (MQ=255) ttACCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGACCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCtaataa < 1:186197/71‑1 (MQ=255) catgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaataa > 1:2574031‑M1/64‑70 (MQ=255) atgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataaca > 1:2771661‑M1/63‑71 (MQ=255) aCCGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCtaataa > 1:4268078/1‑69 (MQ=255) ccGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCtaata < 1:4125842/67‑1 (MQ=255) ccGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTaataaca < 1:2407946/70‑1 (MQ=255) ccGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAg > 1:506856‑M2/1‑70 (MQ=255) ccGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAg < 1:1388029‑M2/71‑2 (MQ=255) ccGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAg > 1:899318‑M2/1‑70 (MQ=255) aTTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt < 1:3356267‑M2/70‑4 (MQ=255) ttAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTc < 1:1684677/58‑1 (MQ=255) aagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCt < 1:1619785‑M1/2‑1 (MQ=255) aaTCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatg > 1:311493‑M2/1‑63 (MQ=255) tcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCgg > 1:1338357‑M1/54‑71 (MQ=255) aTCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgct > 1:2468881‑M2/1‑62 (MQ=255) catcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCgg < 1:2996192‑M1/18‑1 (MQ=255) cgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaa < 1:808506‑M1/4‑1 (MQ=255) cgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAAt < 1:3651603‑M1/21‑1 (MQ=255) tGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgcca > 1:1781942‑M2/1‑57 (MQ=255) tGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaactt > 1:1545168‑M2/1‑54 (MQ=255) cattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGc > 1:3924462‑M1/46‑71 (MQ=255) aTGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttac < 1:2464647‑M2/71‑20 (MQ=255) tatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCAt < 1:4125060‑M1/28‑1 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataaca > 1:2985610‑M1/42‑50 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCAtt > 1:652991‑M1/42‑70 (MQ=255) tctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCt > 1:3769954‑M1/41‑42 (MQ=255) tctgaacataaaacactatcaataagctggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTg > 1:1179913‑M1/41‑70 (MQ=255) gtgtTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactga > 1:248457‑M2/1‑49 (MQ=255) tgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaataa > 1:3255404‑M1/39‑45 (MQ=255) tgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGa < 1:251445‑M1/31‑1 (MQ=255) gtTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgat < 1:2136674‑M2/70‑24 (MQ=255) ttAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCt < 1:1038667/39‑1 (MQ=255) ttAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatt < 1:3827380‑M2/70‑25 (MQ=255) ttAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatt < 1:139475‑M2/70‑25 (MQ=255) gaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCtaat < 1:4019294‑M1/5‑1 (MQ=255) aacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCAtt < 1:500943‑M1/29‑1 (MQ=255) aacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaa > 1:4164650‑M1/37‑68 (MQ=255) acataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAAc < 1:2711717‑M1/35‑1 (MQ=255) aaaaCTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCtaata < 1:2030875/41‑1 (MQ=255) aaaaCTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttag < 1:1777943‑M2/71‑28 (MQ=255) aaaaCTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgattta > 1:1694602‑M2/1‑44 (MQ=255) cataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAAc < 1:4162663‑M1/35‑1 (MQ=255) cataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAAc < 1:94773‑M1/35‑1 (MQ=255) ataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCg > 1:1590178‑M1/34‑50 (MQ=255) aaCTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtg < 1:2889478‑M2/71‑30 (MQ=255) aaCTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtg > 1:3140756‑M2/1‑42 (MQ=255) aaCTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtg < 1:1150067‑M2/71‑30 (MQ=255) taaaacactatcaataagttggagtcattaccCta > 1:4527724‑M1/33‑35 (MQ=255) aaaacactatcaataagttggagtcataaccCTaataacaat < 1:2884846‑M1/11‑1 (MQ=255) aaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGc < 1:2128115‑M1/40‑1 (MQ=255) aacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCaa < 1:1811586‑M1/42‑1 (MQ=255) acactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCa < 1:1955126‑M1/27‑1 (MQ=255) gCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatg < 1:2264975‑M2/71‑37 (MQ=255) ctatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGAt > 1:3933657‑M1/26‑71 (MQ=255) ctatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGAt > 1:768013‑M1/26‑71 (MQ=255) cGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggt < 1:3992500‑M2/71‑39 (MQ=255) gACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaactta > 1:3904259‑M2/1‑32 (MQ=255) atcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAg > 1:4606322‑M1/24‑48 (MQ=255) tcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATa > 1:4612282‑M1/23‑69 (MQ=255) tcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAg < 1:4323060‑M1/49‑1 (MQ=255) caataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAAAGAAAAg < 1:65956‑M1/49‑1 (MQ=255) cGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtt > 1:1549893‑M2/1‑30 (MQ=255) cGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtt < 1:1676526‑M2/71‑42 (MQ=255) cGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgt < 1:1247746‑M2/60‑31 (MQ=255) cGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgat > 1:924195‑M2/1‑30 (MQ=255) gggATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttt < 1:262659‑M2/71‑43 (MQ=255) ataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAAc < 1:3438757‑M1/35‑1 (MQ=255) taagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa > 1:1285711‑M1/19‑71 (MQ=255) gATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 1:2940029‑M2/1‑27 (MQ=255) gATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 1:4503204‑M2/1‑27 (MQ=255) aagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGaa < 1:1879905‑M1/20‑1 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaa > 1:3057099‑M1/17‑70 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaa > 1:4345169‑M1/17‑70 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa < 1:2680997‑M1/53‑1 (MQ=255) aaTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaa < 1:1141483‑M2/38‑15 (MQ=255) ttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAgg < 1:572700‑M1/57‑1 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatga < 1:3870004‑M2/54‑35 (MQ=255) aaaTTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgct < 1:4229238‑M2/71‑53 (MQ=255) aaaTTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatga < 1:3798623‑M2/53‑35 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |