| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 2026073 = | 88 (1.760) | 4 (0.090) | 3/96 | NT | 5.6% | intergenic (+258/‑32) | fliR/rcsA | flagellar export pore protein/DNA‑binding transcriptional co‑regulator with RcsB |
| ? | W3110S.gb | 2026120 = | 53 (1.130) | coding (16/624 nt) | rcsA | DNA‑binding transcriptional co‑regulator with RcsB | |||||
TGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAA > W3110S.gb/2026053‑2026186 | tgaAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATgg < 1:3455307/71‑1 (MQ=255)tgaAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATgg < 1:4538751/71‑1 (MQ=255) aaaTATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGAttatta > 1:1782970/1‑66 (MQ=255) atatTGAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGAttt < 1:1000596/71‑1 (MQ=255) atatTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGAtt > 1:3271463/1‑70 (MQ=255) ctacataaatccataataatcgttgacatggcataccctcactcaatgcgtaacgataattATGGATTTAt > 1:2787216‑M2/62‑71 (MQ=255) tCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATtattat > 1:4577356/1‑61 (MQ=255) cAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATg > 1:926354/1‑69 (MQ=255) 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1:3209918/1‑58 (MQ=255) gTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGtt > 1:3624732/1‑71 (MQ=255) ttACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGttt < 1:1003725/71‑1 (MQ=255) ttACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGttt < 1:2070993/71‑1 (MQ=255) ttACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGttt < 1:2446635/71‑1 (MQ=255) aCGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTaca > 1:316208/1‑56 (MQ=255) aCGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAgg > 1:3730678/1‑66 (MQ=255) gCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGt < 1:3869822/47‑1 (MQ=255) gCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAg < 1:1761185/63‑1 (MQ=255) gCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAAcc < 1:2730622/71‑1 (MQ=255) gCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAAcc < 1:3760645/71‑1 (MQ=255) 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tattatGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGtt < 1:2394629/51‑1 (MQ=255) attATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTaaaaaaa < 1:332922‑M2/67‑1 (MQ=255) attATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTaaaaaaa < 1:2224625‑M2/67‑1 (MQ=255) | TGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAA > W3110S.gb/2026053‑2026186 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |