| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,350,232 | G→A | 11.9% | R3C (CGC→TGC) | yjdF ← | conserved inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,350,232 | 0 | G | A | 11.9% | 170.5 / 11.8 | 59 | R3C (CGC→TGC) | yjdF | conserved inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/32); new base A (3/4); total (23/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.34e-01 | |||||||||||
ATGCCGGTATAAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGAAATTACAATCGC > W3110S.gb/4350162‑4350300 | aTGCCGGTATAAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCg > 1:4430316/1‑71 (MQ=255) tataAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATg < 1:446162/71‑1 (MQ=255) tataAATCAGGATTAACGTTAGCGTCACTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATg < 1:145933/71‑1 (MQ=255) ataAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATgg > 1:1208051/1‑71 (MQ=255) taAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATgg < 1:4197226/70‑1 (MQ=255) taAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGt > 1:4142756/1‑71 (MQ=255) aaTCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGt > 1:3913141/1‑69 (MQ=255) aaTCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTg < 1:1257750/70‑1 (MQ=255) aTCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAg < 1:2818982/71‑1 (MQ=255) tCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGt < 1:727107/71‑1 (MQ=255) tCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGt < 1:2305619/71‑1 (MQ=255) tCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGt < 1:809534/71‑1 (MQ=255) cAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGa > 1:924712/1‑68 (MQ=255) aGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCggg < 1:90299/58‑1 (MQ=255) aGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCggg < 1:1187332/58‑1 (MQ=255) aGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTc < 1:549298/71‑1 (MQ=255) gATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGc < 1:1691845/71‑1 (MQ=255) gATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTc < 1:965840/58‑1 (MQ=255) ttAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCa > 1:3858534/1‑70 (MQ=255) ttAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCa > 1:3985726/1‑70 (MQ=255) tAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCaaa > 1:285278/1‑71 (MQ=255) aaCGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCaaa < 1:343217/70‑1 (MQ=255) aaCGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCaaa < 1:2894512/70‑1 (MQ=255) aaCGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAAt > 1:2255168/1‑71 (MQ=255) aCGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAAt < 1:4331429/70‑1 (MQ=255) gTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTc > 1:1888073/1‑62 (MQ=255) gTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAg < 1:1695416/71‑1 (MQ=255) ttAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAgg < 1:898102/71‑1 (MQ=255) ttAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCa < 1:893087/51‑1 (MQ=255) aGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGt > 1:4120796/1‑53 (MQ=255) aGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAggg > 1:841285/1‑70 (MQ=255) gCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATg < 1:2585529/50‑1 (MQ=255) gTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGaaaa < 1:2327542/71‑1 (MQ=255) tCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGt < 1:4573753/49‑1 (MQ=255) tCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGaaaa < 1:2350547/70‑1 (MQ=255) aGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATAc > 1:2347377/1‑71 (MQ=255) aGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATAc > 1:4514703/1‑71 (MQ=255) tGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGa > 1:1620876/1‑47 (MQ=255) tGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCATGGAAAATACTg < 1:4461841/71‑1 (MQ=255) tGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTg < 1:1175327/71‑1 (MQ=255) gcgcTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGa > 1:2592640/1‑71 (MQ=255) cTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTa < 1:4207729/71‑1 (MQ=255) gtgtTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTAtt < 1:1939500/70‑1 (MQ=255) ttAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCAc < 1:537778/70‑1 (MQ=255) aaGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATa > 1:2705637/1‑56 (MQ=255) aaGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATa > 1:2711210/1‑56 (MQ=255) aGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGc < 1:2145782/71‑1 (MQ=255) gAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGc > 1:2807832/1‑70 (MQ=255) tAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAggg < 1:3721307/44‑1 (MQ=255) aCGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAAt < 1:1664673/47‑1 (MQ=255) cGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTc < 1:2311325/57‑1 (MQ=255) cGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTg > 1:3001012/1‑70 (MQ=255) ggCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCAc < 1:120879/58‑1 (MQ=255) ggCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGa < 1:725089/70‑1 (MQ=255) gAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGAAATTa > 1:2716891/1‑70 (MQ=255) aGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGAAATTAc < 1:3701997/70‑1 (MQ=255) aGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGAAATTAc < 1:37002/70‑1 (MQ=255) gtgtGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGAAATTACaa > 1:410613/1‑71 (MQ=255) tgtgCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGaaa < 1:2693502/64‑1 (MQ=255) tgCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGAAATTACAATCg < 1:1915448/71‑1 (MQ=255) cGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGa > 1:3831990/1‑58 (MQ=255) cGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGAAATTACAATCGc > 1:476549/1‑70 (MQ=255) | ATGCCGGTATAAATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTGAAATTACAATCGC > W3110S.gb/4350162‑4350300 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |