| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,295,635 | T→C | 57.7% | Y178H (TAC→CAC) | tdk → | thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,295,635 | 0 | T | C | 57.7% | 10.5 / 28.9 | 26 | Y178H (TAC→CAC) | tdk | thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (7/4); new base C (7/8); total (14/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTCTTGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCAGG > W3110S.gb/1295570‑1295701 | gTCTTGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGtt < 1:569113/71‑1 (MQ=255)gTCTTGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGtt < 1:567082/71‑1 (MQ=255) tCTTGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGttt > 1:637268/1‑71 (MQ=255) gcagACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTaaa < 1:345736/71‑1 (MQ=255) agACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAaca > 1:659453/1‑71 (MQ=255) agACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTAt > 1:1284141/1‑61 (MQ=255) cTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTg < 1:129434/54‑1 (MQ=255) cTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAaca < 1:544511/67‑1 (MQ=255) tataACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGcc > 1:1546232/1‑58 (MQ=255) tataACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACtata > 1:248301/1‑70 (MQ=255) ataACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATaa < 1:910292/70‑1 (MQ=255) aaCGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATaaa > 1:1532821/1‑69 (MQ=255) aaCGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATaaa > 1:138521/1‑69 (MQ=255) aCGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAaga < 1:755618/70‑1 (MQ=255) gAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGt > 1:277354/1‑47 (MQ=255) aGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGt < 1:128167/71‑1 (MQ=255) aGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTAc > 1:1227591/1‑69 (MQ=255) gCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAg > 1:659510/1‑71 (MQ=255) cAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATaaa < 1:1391437/57‑1 (MQ=255) aaTTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCAt > 1:366138/1‑71 (MQ=255) aTTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCAtt < 1:187421/71‑1 (MQ=255) aTTGATGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCAtt < 1:198244/71‑1 (MQ=255) ggtggtAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATaaa > 1:111144/1‑45 (MQ=255) aaTGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATaaa > 1:1036366/1‑39 (MQ=255) aTGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTAc < 1:1144077/48‑1 (MQ=255) cGATACTTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCAgg > 1:1679738/1‑70 (MQ=255) | GTCTTGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCAGG > W3110S.gb/1295570‑1295701 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |