| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 566000 = | NA (NA) | 92 (1.730) | 41/98 | NT | 100% | intergenic (+90/‑56) | ybcD/insE | DLP12 prophage region; ECK0532:JW0527:b4508; predicted replication protein fragment/IS3 element protein InsE |
| ? | W3110S.gb | = 576913 | 0 (0.000) | coding (78/498 nt) | ybcS | predicted lysozyme | |||||
AGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/566061‑566000‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCG < W3110S.gb/576913‑576851 AGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAA > 1:753092/1‑71AGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAA < 1:1450340/71‑1AGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAA > 1:222975/1‑71AGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAA < 1:1682418/71‑1AGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTA > 1:107781/1‑70 ACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACT > 1:2971797/1‑71 CCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGAT < 1:4790820/63‑1 CCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGAT < 1:3670178/63‑1 CTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAAC < 1:968672/66‑1 TCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGAT > 1:4788540/1‑71 TCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAA < 1:2516091/64‑1 TCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGT < 1:4517378/58‑1 CTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATT > 1:2486472/1‑61 TGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGC > 1:1130431/1‑71 TGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGC > 1:4753340/1‑71 TGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGC > 1:2767200/1‑71 TGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATG > 1:3739001/1‑70 TGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGAT > 1:1158683/1‑69 TGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACAC > 1:1343089/1‑65 TGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACAC > 1:421332/1‑65 TGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACAC > 1:1363661/1‑65 ACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGC < 1:370920/69‑1 CTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGT < 1:2643669/53‑1 TGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTA > 1:4384091/1‑69 AGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGC < 1:3434135/71‑1 AGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGC < 1:1146728/71‑1 AGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGC < 1:591625/71‑1 AGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGC < 1:3513988/71‑1 AGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGC < 1:1454930/71‑1 AGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAG > 1:2229407/1‑70 GAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCA < 1:1736029/71‑1 TTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATT < 1:4969176/71‑1 ACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGC < 1:2120597/66‑1 ACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACAC > 1:1147183/1‑48 ACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACAC > 1:4806816/1‑48 ACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACAC > 1:1241262/1‑48 ACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACAC > 1:4315163/1‑48 CTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGC < 1:3729787/65‑1 CTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGC < 1:2965973/65‑1 CTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGT < 1:2402883/38‑1 CTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAG < 1:2283849/37‑1 CTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAG < 1:3503261/37‑1 TTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCA < 1:1358528/59‑1 TTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCA < 1:2028772/59‑1 TTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGC < 1:2512345/58‑1 TTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACT < 1:3333246/47‑1 TAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCAC > 1:4744668/1‑71 GCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCA < 1:4363843/71‑1 CGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAAT < 1:1959653/71‑1 CGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGC < 1:2746527/53‑1 GCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAA > 1:2777390/1‑69 GCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACC < 1:2338612/67‑1 GCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGC < 1:3877062/52‑1 CGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAG < 1:3106298/71‑1 CGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAA > 1:3268678/1‑53 CGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAA > 1:1696116/1‑53 GTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAG < 1:2689506/70‑1 TGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCA < 1:1469770/71‑1 TGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCA < 1:4465085/50‑1 TCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGC < 1:2904060/47‑1 TCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCT < 1:2245196/42‑1 TCCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCT < 1:2551337/42‑1 CCACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAG > 1:1172909/1‑69 CACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAG > 1:837350/1‑71 CACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCA < 1:3833321/46‑1 CACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAG > 1:1567211/1‑44 ACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTTATTAACACTGATGCTATAGC < 1:1847545/44‑1 ACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGC < 1:4217239/71‑1 ACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGC < 1:4196504/71‑1 ACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATA > 1:4372552/1‑63 ACTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGC < 1:95884/44‑1 CTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCA < 1:2071177/71‑1 CTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAA > 1:1608673/1‑60 CTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACC < 1:2275928/58‑1 CTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACC < 1:1957947/58‑1 CTATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCACCGCCACCAATAGCAG > 1:5140982/1‑66 TATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAA > 1:333547/1‑71 TATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAA > 1:2252092/1‑71 TATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAA > 1:441824/1‑71 TATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAA > 1:4077911/1‑71 TATTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCAGCCACCAATAGCAGCAGCAA > 1:3675090/1‑71 TTGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAAC < 1:4778896/70‑1 TGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAG > 1:1640989/1‑62 TGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAG > 1:2265628/1‑62 TGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCA > 1:4100184/1‑61 TGCTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCA < 1:1963669/40‑1 CTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCATCAACGGC < 1:2538909/70‑1 CTGGGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGC < 1:3683306/70‑1 GGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTT < 1:2070796/70‑1 GGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTT < 1:1757694/70‑1 GGTAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTT < 1:5112725/70‑1 TAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAA > 1:2113617/1‑61 TAAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGC < 1:3502126/43‑1 AAGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCG > 1:2930963/1‑70 AGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCG > 1:1535485/1‑69 AGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAA > 1:3641208/1‑47 AGATCAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAA > 1:384260/1‑47 CAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTT > 1:2516121/1‑62 CAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCA < 1:3980851/51‑1 CAAGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTACGCCACCA > 1:3580001/1‑42 AGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/566061‑566000‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGTGATTAACACTGATGCTATAGCAATTGCTCCGCCACCAATAGCAGCAGCAACGGCTTTTCG < W3110S.gb/576913‑576851 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |