| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 2018571 = | 7 (0.130) | 51 (1.020) | 32/92 | NT | 88.6% | coding (567/687 nt) | fliH | flagellar biosynthesis protein |
| ? | W3110S.gb | 2519723 = | NA (NA) | intergenic (+33/‑54) | nupC/insL | nucleoside (except guanosine) transporter/predicted transposase | |||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
CCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGT > W3110S.gb/2018502‑2018639 | gtgagagtaattcatcggcactttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg > 1:882968‑M1/70‑71 (MQ=255)gtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg > 1:4098486‑M1/70‑71 (MQ=255)gtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg < 1:1544644‑M1/2‑1 (MQ=255)gtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg > 1:4587910‑M1/70‑71 (MQ=255)gtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg > 1:729577‑M1/70‑71 (MQ=255) tgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg > 1:135671‑M1/69‑71 (MQ=255) tgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg > 1:168313‑M1/69‑71 (MQ=255) gtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATc < 1:2428327‑M1/8‑1 (MQ=255) taattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg > 1:581680‑M1/63‑65 (MQ=255) atCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATcc > 1:1502701/1‑70 (MQ=255) atCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATcc > 1:546628/1‑70 (MQ=255) atCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATcc > 1:4773803/1‑70 (MQ=255) tCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGATGGCGCTTGCGGGGCGATCCCa > 1:3194571/1‑71 (MQ=255) tcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCAcc < 1:3550343‑M1/13‑1 (MQ=255) gCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATc > 1:171319/1‑65 (MQ=255) gCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCa > 1:1469814‑M1/1‑70 (MQ=255) catcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCAccc < 1:3891926‑M1/14‑1 (MQ=255) cAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCa < 1:1830331/67‑1 (MQ=255) cAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCa > 1:872970‑M1/1‑69 (MQ=255) aaCGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCata < 1:2220087‑M1/71‑4 (MQ=255) cacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCAt < 1:2117157‑M1/19‑1 (MQ=255) cacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATc < 1:520946‑M1/20‑1 (MQ=255) gttgatgatatgCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgc > 1:4815662‑M1/4‑63 (MQ=255) gttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCAccc > 1:2180364‑M1/49‑62 (MQ=255) ggATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGc > 1:2318607/1‑52 (MQ=255) ttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTgg > 1:1962545‑M1/48‑71 (MQ=255) taaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg < 1:4737584‑M1/2‑1 (MQ=255) aaatcatatcaggggtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTggcg < 1:565119‑M1/26‑1 (MQ=255) gatATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCgg > 1:5040423/1‑45 (MQ=255) gatATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCgg > 1:3557334/1‑45 (MQ=255) atatGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaactta < 1:4470183‑M1/71‑16 (MQ=255) atatGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCACGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaactt < 1:2547826‑M1/70‑15 (MQ=255) tcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCa > 1:4699609‑M1/43‑53 (MQ=255) tatGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaactt > 1:1592381‑M1/1‑55 (MQ=255) catatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTc < 1:4850699‑M1/16‑1 (MQ=255) catatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTc < 1:4213163‑M1/16‑1 (MQ=255) tGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagg < 1:3725252‑M1/71‑19 (MQ=255) tGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagg < 1:3731121‑M1/71‑19 (MQ=255) atatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGt > 1:3378828‑M1/41‑71 (MQ=255) tatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGt < 1:2442890‑M1/31‑1 (MQ=255) cTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggt > 1:520460‑M1/1‑51 (MQ=255) tcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTaa > 1:676992‑M1/38‑70 (MQ=255) tCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggtt > 1:3405226‑M1/1‑50 (MQ=255) caggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg > 1:2641772‑M1/37‑38 (MQ=255) caggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg > 1:1189421‑M1/37‑38 (MQ=255) caggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCa > 1:1615916‑M1/37‑54 (MQ=255) ggCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttg < 1:1004493‑M1/70‑23 (MQ=255) ggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGtc > 1:202074‑M1/35‑71 (MQ=255) ggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGtc > 1:3434466‑M1/35‑71 (MQ=255) gcTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaacc < 1:2423054‑M1/71‑27 (MQ=255) gcTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaac > 1:2255223‑M1/1‑45 (MQ=255) cgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCt > 1:3128788‑M1/33‑54 (MQ=255) cgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCt > 1:4132368‑M1/33‑54 (MQ=255) gtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCa < 1:2564202‑M1/18‑1 (MQ=255) ccTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatct > 1:3600741‑M1/1‑41 (MQ=255) ataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTccgcc < 1:146453‑M1/43‑1 (MQ=255) ataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTccgcc < 1:1278404‑M1/43‑1 (MQ=255) ataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTccgcc < 1:279780‑M1/43‑1 (MQ=255) taccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATccc > 1:1535435‑M1/28‑37 (MQ=255) taccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGtc > 1:3875997‑M1/28‑64 (MQ=255) cTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctg < 1:3176169‑M1/71‑32 (MQ=255) accacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCAccc < 1:4216108‑M1/14‑1 (MQ=255) accacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCt < 1:1806638‑M1/15‑1 (MQ=255) accacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCt < 1:1925388‑M1/15‑1 (MQ=255) acaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATg < 1:5056782‑M1/47‑1 (MQ=255) aGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaag < 1:1012262‑M1/70‑35 (MQ=255) aGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaag < 1:2641423‑M1/70‑35 (MQ=255) gTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaa < 1:1458012‑M1/59‑25 (MQ=255) gTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataag > 1:3622433‑M1/1‑35 (MQ=255) aacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAg > 1:4003115‑M1/22‑71 (MQ=255) ttGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataa > 1:1351559‑M1/1‑33 (MQ=255) acccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGtc > 1:3376308‑M1/21‑57 (MQ=255) acccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATTAAgg < 1:651090‑M1/51‑1 (MQ=255) gCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgc < 1:2164258‑M1/70‑40 (MQ=255) ccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGc < 1:400609‑M1/52‑1 (MQ=255) cttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGa < 1:1453319‑M1/54‑1 (MQ=255) cATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgc < 1:3303809‑M1/69‑40 (MQ=255) ttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGAt < 1:2286691‑M1/55‑1 (MQ=255) taagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGAtc < 1:4462619‑M1/56‑1 (MQ=255) aagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGAt > 1:3902444‑M1/15‑69 (MQ=255) gctggcGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcc > 1:1269200‑M1/1‑26 (MQ=255) agttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGAtctc > 1:3117884‑M1/14‑71 (MQ=255) ttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAg > 1:226645‑M1/12‑46 (MQ=255) ttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAg > 1:4922513‑M1/12‑46 (MQ=255) gcgcTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaaggg < 1:2407662‑M1/41‑20 (MQ=255) gcgcTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaaggg < 1:4650722‑M1/41‑20 (MQ=255) gcgcTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaaggg < 1:1729354‑M1/41‑20 (MQ=255) gcTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtg > 1:1743292‑M1/1‑20 (MQ=255) gcTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtg > 1:3078661‑M1/1‑20 (MQ=255) gcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCa > 1:446752‑M1/7‑71 (MQ=255) cTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaag < 1:4943645‑M1/53‑35 (MQ=255) cTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaag < 1:3869093‑M1/53‑35 (MQ=255) cttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTa > 1:4225161‑M1/6‑37 (MQ=255) cttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTa > 1:1521164‑M1/6‑37 (MQ=255) cttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTa > 1:3735848‑M1/6‑37 (MQ=255) tGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccat > 1:4306707‑M1/1‑17 (MQ=255) tatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTaa > 1:4552948‑M1/4‑36 (MQ=255) gCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgc > 1:1151616‑M1/1‑16 (MQ=255) cGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccat > 1:3724884‑M1/1‑15 (MQ=255) atGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAgtgt < 1:779373‑M1/69‑1 (MQ=255) | CCCGGATGATCTGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGT > W3110S.gb/2018502‑2018639 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |